Medycyna sieciowa, epigenetyka i otyłość (NEWTON)
Sieciowe badanie asocjacyjne całego epigenomu w medycynie precyzyjnej otyłości: badanie kliniczne NEWTON
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Badanie populacyjne będzie rekrutowane na Wydziale Klinicznym Chorób Wewnętrznych i Specjalistycznych Wydziału Zaawansowanych Nauk Klinicznych i Chirurgicznych Uniwersytetu Campania „Luigi Vanvitelli”. Badanie to zostanie przeprowadzone zgodnie z zasadami określonymi w Deklaracji Helsińskiej. Podskórna tkanka tłuszczowa zlokalizowana w nacięciu chirurgicznym zostanie pobrana bez użycia narzędzi chirurgicznych w celu uniknięcia degradacji próbki biologicznej od 50 osób otyłych (25 osób otyłych z cukrzycą typu 2 vs 25 osób otyłych bez cukrzycy typu 2) poddawanych zabiegom bariatrycznym chirurgia. Jako kontrole (n = 50) będziemy rekrutować podskórną tkankę tłuszczową od pacjentów bez historii klinicznej chorób sercowo-naczyniowych lub dysmetabolicznych poddawanych operacji przepukliny pachwinowej. Charakterystyka kliniczna i demograficzna badanej populacji będzie dostępna na podstawie zbiorów danych generowanych przez lekarzy.
Z próbek tkanek zostanie wyekstrahowany genomowy DNA i całkowity RNA. Genomowy DNA zostanie wyekstrahowany przy użyciu zestawu DNeasy Blood & Tissue kit (QIAGEN), zgodnie z protokołem producenta. Połączone próbki DNA składające się z równych ilości DNA (2 µg) z przypadków i kontroli zostaną wysłane do Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service w celu przeprowadzenia globalnej analizy metylacji DNA. W tym celu wykorzystana zostanie platforma Human Methylation 27K BeadChip z wykorzystaniem technologii konwersji Bisulfite (BBRS-Seq). Całkowity RNA zostanie wyekstrahowany z tkanek za pomocą zestawu RNeasy Mini Kit (QIAGEN) zgodnie z protokołem producenta. Przygotowanie biblioteki cDNA zostanie przeprowadzone począwszy od 4 μg całkowitego RNA przy użyciu bibliotek Illumina TruSeq, a następnie zsekwencjonowane z dużym pokryciem na platformie Illumina HiSeq 2500 NGS. Stężenia kwasów nukleinowych i kontrola jakości z Genomix4Life zostaną ocenione przy użyciu spektrofotometru Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) i testu Qubit (Thermo Fisher Scientific) oraz TapeStation 4200 (Agilent). Ważona sieć metylacji ludzkiego DNA PPI (WMPN) zostanie skonstruowana w celu uzyskania interakcji otyłości w obu podgrupach (osób otyłych i otyłych z T2D w porównaniu z grupą kontrolną) w oparciu o zróżnicowane geny metylowane w celu zidentyfikowania przypuszczalnych użytecznych biomarkerów diagnostycznych. Algorytm TargetScan, przeszukując konserwatywne regiony parowania nasion w nietraslowanych regionach 3' (UTR) genów w oparciu o dopasowanie całego genomu, zostanie wykorzystany do niezawodnego przewidywania par genów docelowych miRNA z tej samej badanej populacji.
Typ studiów
Zapisy (Oczekiwany)
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Płeć kwalifikująca się do nauki
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Spełnia aktualne wytyczne American Diabetes Association dotyczące diagnozowania cukrzycy (grupa diabetyków) i otyłości
- Musi być chętny i zdolny do spełnienia wymagań studiów
- Muszą wykazać zrozumienie badania i chęć udziału poprzez podpisanie odpowiedniego formularza świadomej zgody
Kryteria wyłączenia:
- Historia raka
- Choroby nowotworowe
- Aktywne infekcje
- Choroby przewlekłe lub o podłożu immunologicznym
- Pierwotna choroba wymagająca interwencji chirurgicznej
- Nie można zastosować się do badania przesiewowego komplikacji
- Mniej niż 18 lat
- Jesteś w ciąży lub planujesz zajść w ciążę w czasie trwania badania
- Oczekiwana długość życia <12 m
- Obecnie uczestniczy w jakimkolwiek innym badaniu klinicznym
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Modele obserwacyjne: Kontrola przypadków
- Perspektywy czasowe: Spodziewany
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
przedmioty kontrolne
|
Narzędzia epigenomiczne połączone z analizą bioinformatyczną w celu skorelowania przypuszczalnych użytecznych biomarkerów klinicznych z cechami klinicznymi
|
|
Osoby otyłe z T2D i bez T2D
|
Narzędzia epigenomiczne połączone z analizą bioinformatyczną w celu skorelowania przypuszczalnych użytecznych biomarkerów klinicznych z cechami klinicznymi
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Wzór metylacji DNA w tkance tłuszczowej
Ramy czasowe: 3 miesiące
|
Wykorzystując platformę Methylation 27K BeadChip opartą na technologii konwersji bisiarczynem, zostanie wykonany profil metylacji DNA w tkankach tłuszczowych 25 wstępnie wyselekcjonowanych osób otyłych i 25 osób otyłych w odniesieniu do grupy kontrolnej (n=50).
|
3 miesiące
|
|
Analiza bioinformatyczna w celu przewidywania potencjalnych nowych genów kandydujących leżących u podstaw fenotypu otyłości
Ramy czasowe: 6 miesięcy
|
Oparty na sieci algorytm „Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)” zostanie zastosowany do danych dotyczących metylomu w celu uzyskania modułu chorobowego zawierającego kluczowe, różnie metylowane geny zarówno u otyłych pacjentów, jak i otyłych pacjentów z T2D w porównaniu z grupą kontrolną.
|
6 miesięcy
|
|
Analiza sekwencjonowania RNA w tkance tłuszczowej
Ramy czasowe: 3 miesiące
|
Analiza sekwencjonowania RNA za pomocą platformy Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) zostanie przeprowadzona w celu identyfikacji docelowego mikro-RNA i mRNA o zróżnicowanej ekspresji zarówno u pacjentów otyłych, jak i pacjentów otyłych z T2D w porównaniu z grupą kontrolną.
|
3 miesiące
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Analiza krzywych ROC w celu oceny przypuszczalnych interakcji metylacji DNA/mikroRNA
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Analiza krzywych ROC w celu oceny przypuszczalnych interakcji metylacji DNA/mikroRNA jako diagnostycznych biomarkerów do rozróżnienia podgrup otyłości.
|
12 miesięcy
|
|
Analiza regresji liniowej i BMI (kg/m2).
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Regresja liniowa w celu skorelowania biomarkerów epigenetycznych z BMI (kg/m2) w różnych podgrupach.
|
12 miesięcy
|
|
Regresja liniowa w celu skorelowania biomarkerów epigenetycznych z cytokinami prozapalnymi
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Regresja liniowa w celu skorelowania biomarkerów epigenetycznych z poziomami cytokin prozapalnych (TNF-α, IL-6, PCR) w różnych podgrupach.
|
12 miesięcy
|
|
Regresja liniowa w celu skorelowania biomarkerów epigenetycznych z indeksem HOMA
Ramy czasowe: 12 miesięcy
|
Regresja liniowa w celu skorelowania biomarkerów epigenetycznych ze zmiennymi klinicznymi, takimi jak indeks HOMA glikemia (mmol/l) x insulinemia (mUI/l)/22,5, w różnych podgrupach.
|
12 miesięcy
|
Współpracownicy i badacze
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Oczekiwany)
Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)
Ukończenie studiów (Oczekiwany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- PRIN2017F8ZB89 (Inny numer grantu/finansowania: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .