Verkkolääketiede, epigenetiikka ja lihavuus (NEWTON)
Verkkopohjainen Epigenomin laajuinen yhdistystutkimus liikalihavuuden tarkkuuslääketieteessä: NEWTONin kliininen tutkimus
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Väestötutkimus rekrytoidaan Campanian yliopiston "Luigi Vanvitellin" sisätautien ja erikoislääkärin kliiniselle osastolle, Advanced Clinical and Surgical Sciences -osastolle. Tämä tutkimus tehdään Helsingin julistuksessa esitettyjen periaatteiden mukaisesti. Ihonalaiset rasvakudokset, jotka sijaitsevat kirurgisessa viillossa, poistetaan ilman kirurgisia laitteita, jotta vältetään 50 lihavan koehenkilön biologisen näytteen hajoaminen (25 lihavia tyypin 2 diabetesta sairastavia henkilöitä vs 25 lihavia henkilöitä, joilla ei ole tyypin 2 diabetesta). leikkaus. Kontrolleiksi (n=50) rekrytoimme ihonalaisia rasvakudoksia potilailta, joilla ei ole kliinistä sydän- ja verisuonisairauksia tai dysmetabolisia sairauksia ja jotka joutuvat leikkaukseen rasitusnivustyrän vuoksi. Tutkimuspopulaation kliiniset ja demografiset ominaisuudet ovat saatavilla lääkäreiden luomista tietokokonaisuuksista.
Kudosnäytteistä erotetaan genominen DNA ja kokonais-RNA. Genominen DNA uutetaan käyttämällä DNeasy Blood & Tissue -sarjaa (QIAGEN) valmistajan protokollan mukaisesti. Yhdistetyt DNA-näytteet, jotka koostuvat yhtä suuresta määrästä DNA:ta (2 µg) tapauksista ja kontrolleista, toimitetaan Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Servicelle maailmanlaajuisen DNA-metylaatioanalyysin suorittamiseksi. Tätä tarkoitusta varten siinä käytetään Human Methylation 27K BeadChip -alustaa käyttämällä Bisulfite-konversioteknologiaa (BBRS-Seq). Kokonais-RNA uutetaan kudoksista käyttämällä RNeasy Mini Kitiä (QIAGEN) valmistajan ohjeiden mukaisesti. cDNA-kirjaston valmistelu suoritetaan alkaen 4 ug:sta kokonais-RNA:ta käyttämällä Illumina TruSeq Libraries -kirjastoja ja sekvensoidaan sitten suurella peitolla Illumina HiSeq 2500 NGS -alustalla. Genomix4Lifen nukleiinihappopitoisuudet ja laadunvalvonta arvioidaan käyttämällä Nanodrop-spektrofotometriä (Thermo Fisher Scientific) ja Qubit-määritystä (Thermo Fisher Scientific) ja TapeStation 4200:ta (Agilent). Painotettu ihmisen DNA:n metylaatio-PPI-verkko (WMPN) rakennetaan liikalihavuuden vuorovaikutuksen saamiseksi molemmissa alaryhmissä (lihava ja lihava T2D vs kontrollit) perustuen differentiaalisesti metyloituihin geeneihin, jotta voidaan tunnistaa oletetut hyödylliset diagnostiset biomarkkerit. TargetScan-algoritmia, joka etsii konservoituneita siemenparialueita geenien 3' untraslated -alueilla (UTR) koko genomin kohdistuksen perusteella, käytetään miRNA-kohdegeeniparien ennustamiseen samasta tutkimuspopulaatiosta.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Odotettu)
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Täyttää nykyiset American Diabetes Associationin diabeteksen (diabeettinen ryhmä) ja liikalihavuuden diagnosointiohjeet
- Hänen tulee olla halukas ja kyettävä noudattamaan opintojen vaatimuksia
- On ilmaistava ymmärrys tutkimuksesta ja halukkuutensa osallistua allekirjoittamalla asianmukainen tietoinen suostumuslomake
Poissulkemiskriteerit:
- Syövän historia
- Pahanlaatuiset häiriöt
- Aktiiviset infektiot
- Krooniset tai immuunivälitteiset sairaudet
- Ensisijainen sairaus, joka vaatii kirurgista toimenpidettä
- Ei pysty noudattamaan komplikaatioseulontaa
- Alle 18-vuotias
- Raskaana tai suunnittelet raskautta tutkimuksen aikana
- Elinajanodote <12 m
- Osallistuu tällä hetkellä muihin kliinisiin tutkimuksiin
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Havaintomallit: Case-Control
- Aikanäkymät: Tulevaisuuden
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
kontrollikohteita
|
Epigenomiikkatyökalut yhdistettynä bioinformaattiseen analyysiin korreloimaan oletettuja hyödyllisiä kliinisiä biomarkkereita kliinisten ominaisuuksien kanssa
|
|
Liikalihavat kohteet T2D:n kanssa ja ilman
|
Epigenomiikkatyökalut yhdistettynä bioinformaattiseen analyysiin korreloimaan oletettuja hyödyllisiä kliinisiä biomarkkereita kliinisten ominaisuuksien kanssa
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
DNA:n metylaatiokuvio rasvakudoksissa
Aikaikkuna: 3 kuukautta
|
Bisulfiittikonversioteknologiaan perustuvaa Methylation 27K BeadChip -alustaa käyttämällä suoritetaan DNA-metylaatioprofiili 25 ennalta valitun lihavan henkilön ja 25 lihavan henkilön rasvakudoksissa suhteessa kontrolliin (n=50).
|
3 kuukautta
|
|
Bioinformatiikka-analyysi ennustaa oletettuja uusia ehdokasgeenejä liikalihavuuden fenotyypin taustalla
Aikaikkuna: 6 kuukautta
|
Verkkopohjaista algoritmia "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" sovelletaan metylomitietoihin, jotta saadaan sairausmoduuli, joka sisältää tärkeät differentiaalisesti metyloidut geenit sekä lihavilla potilailla että lihavilla potilailla, joilla on T2D verrattuna kontrolleihin.
|
6 kuukautta
|
|
RNA-sekvensointianalyysi rasvakudoksissa
Aikaikkuna: 3 kuukautta
|
RNA-sekvensointianalyysi Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) -alustaa käyttäen suoritetaan eri tavalla ilmentyneiden mikro-RNA- ja mRNA-kohteiden tunnistamiseksi sekä lihavilla potilailla että lihavilla potilailla, joilla on T2D verrattuna kontrolleihin.
|
3 kuukautta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
ROC-käyräanalyysi arvioida oletettuja DNA-metylaatio/mikroRNA-vuorovaikutuksia
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
ROC-käyräanalyysi arvioidakseen oletettuja DNA-metylaatio/mikroRNA-vuorovaikutuksia diagnostisina biomarkkereina liikalihavuuden alaryhmien erottamiseksi.
|
12 kuukautta
|
|
Lineaarinen regressioanalyysi ja BMI (kg/m2).
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Lineaarinen regressio epigeneettisten biomarkkerien korreloimiseksi BMI:n (kg/m2) kanssa eri alaryhmissä.
|
12 kuukautta
|
|
Lineaarinen regressio korreloimaan epigeneettisiä biomarkkereita proinflammatoristen sytokiinien kanssa
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Lineaarinen regressio korreloimaan epigeneettisiä biomarkkereita proinflammatoristen sytokiinien (TNF-α, IL-6, PCR) tasojen kanssa eri alaryhmissä.
|
12 kuukautta
|
|
Lineaarinen regressio epigeneettisten biomarkkerien korreloimiseksi HOMA-indeksin kanssa
Aikaikkuna: 12 kuukautta
|
Lineaarinen regressio epigeneettisten biomarkkerien korreloimiseksi kliinisten muuttujien kanssa, kuten HOMA-indeksin glykemia (mmol/L) x insulinemia (mUI/L)/22,5, eri alaryhmissä.
|
12 kuukautta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Odotettu)
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- PRIN2017F8ZB89 (Muu apuraha/rahoitusnumero: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .