Medicina de Rede, Epigenética e Obesidade (NEWTON)
Estudo de associação ampla do epigenoma baseado em rede na medicina de precisão da obesidade: ensaio clínico de NEWTON
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O estudo populacional será recrutado no Departamento Clínico de Medicina Interna e Especialidades, Departamento de Ciências Clínicas e Cirúrgicas Avançadas pertencente à Universidade da Campânia "Luigi Vanvitelli". Este estudo será realizado de acordo com os princípios descritos na Declaração de Helsinque. Os tecidos adiposos subcutâneos localizados na incisão cirúrgica serão retirados sem o uso de dispositivos cirúrgicos, a fim de evitar a degradação da amostra biológica de 50 indivíduos obesos (25 indivíduos obesos com diabetes tipo 2 vs 25 indivíduos obesos sem diabetes tipo 2) submetidos à bariátrica cirurgia. Como controles (n=50) recrutaremos tecidos adiposos subcutâneos de pacientes sem histórico clínico de doenças cardiovasculares ou dismetabólicas submetidos a cirurgia para hérnia inguinal de estresse. As características clínicas e demográficas da população do estudo estarão disponíveis a partir de conjuntos de dados gerados por médicos.
Das amostras de tecidos serão extraídos o DNA genômico e o RNA total. O DNA genômico será extraído usando o kit DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN), de acordo com o protocolo do fabricante. Amostras agrupadas de DNA consistindo em quantidades iguais de DNA (2 µg) de casos e controles serão enviadas para Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service, para realizar uma análise global de metilação do DNA. Para tanto, será utilizada a plataforma Human Methylation 27K BeadChip utilizando a tecnologia de conversão de bissulfito (BBRS-Seq). O RNA total será extraído dos tecidos usando o RNeasy Mini Kit (QIAGEN) de acordo com o protocolo do fabricante. A preparação da biblioteca de cDNA será realizada a partir de 4 ug de RNA total usando Illumina TruSeq Libraries e então sequenciada em alta cobertura na plataforma Illumina HiSeq 2500 NGS. As concentrações de ácido nucleico e o controle de qualidade do Genomix4Life serão avaliados usando espectrofotômetro Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) e ensaio Qubit (Thermo Fisher Scientific) e TapeStation 4200 (Agilent). A rede PPI de metilação de DNA humano ponderada (WMPN) será construída para obter um interatoma de obesidade em ambos os subgrupos (obesos e obesos com DM2 vs controles) com base em genes metilados diferencialmente para identificar biomarcadores de diagnóstico úteis putativos. O algoritmo TargetScan, pesquisando as regiões de pareamento de sementes conservadas nas regiões 3' não traduzidas (UTR) de genes com base no alinhamento do genoma inteiro, será usado para prever de forma robusta pares de genes miRNA-alvo da mesma população de estudo.
Tipo de estudo
Inscrição (Antecipado)
Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
Aceita Voluntários Saudáveis
Gêneros Elegíveis para o Estudo
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critério de inclusão:
- Atende às diretrizes atuais da American Diabetes Association para diagnóstico de diabetes (grupo diabético) e obesidade
- Deve estar disposto e capaz de cumprir os requisitos do estudo
- Deve indicar sua compreensão do estudo e vontade de participar, assinando um formulário de consentimento informado apropriado
Critério de exclusão:
- História de câncer
- Distúrbios de malignidade
- infecções ativas
- Doenças crônicas ou imunomediadas
- Doença primária que requer intervenção cirúrgica
- Incapaz de cumprir a triagem de complicações
- Menos de 18 anos de idade
- Grávida ou planejando engravidar durante a investigação
- Expectativa de vida <12 m
- Atualmente participando de qualquer outra investigação clínica
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Modelos de observação: Controle de caso
- Perspectivas de Tempo: Prospectivo
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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assuntos de controle
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Ferramentas de epigenômica combinadas com análise bioinformática para correlacionar biomarcadores clínicos úteis putativos com características clínicas
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Indivíduos obesos com e sem DM2
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Ferramentas de epigenômica combinadas com análise bioinformática para correlacionar biomarcadores clínicos úteis putativos com características clínicas
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Padrão de metilação do DNA em tecidos adiposos
Prazo: 3 meses
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Usando a plataforma Methylation 27K BeadChip baseada na tecnologia de conversão de bissulfito, será realizado o perfil de metilação do DNA em tecidos adiposos de 25 indivíduos obesos pré-selecionados e 25 indivíduos obesos em relação aos controles (n = 50).
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3 meses
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Análise de bioinformática para prever novos genes candidatos putativos subjacentes ao fenótipo da obesidade
Prazo: 6 meses
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O algoritmo baseado em rede "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" será aplicado aos dados de metiloma para obter um módulo de doença contendo os genes diferencialmente metilados cruciais em pacientes obesos e pacientes obesos com DM2 em comparação com controles.
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6 meses
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Análise de sequenciamento de RNA em tecidos adiposos
Prazo: 3 meses
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A análise de sequenciamento de RNA usando a plataforma Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) será realizada para identificar alvos de micro-RNA e mRNA expressos diferencialmente em pacientes obesos e pacientes obesos com DM2 em comparação com controles.
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3 meses
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Análise de curvas ROC para avaliar interações putativas de metilação de DNA/microRNA
Prazo: 12 meses
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Análise de curvas ROC para avaliar interações putativas de metilação de DNA/microRNA como biomarcadores diagnósticos para discriminar subgrupos de obesidade.
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12 meses
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Análise de regressão linear e IMC (Kg/m2).
Prazo: 12 meses
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Regressão linear para correlacionar biomarcadores epigenéticos com IMC (Kg/m2) em diferentes subgrupos.
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12 meses
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Regressão linear para correlacionar biomarcadores epigenéticos com citocinas pró-inflamatórias
Prazo: 12 meses
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Regressão linear para correlacionar biomarcadores epigenéticos com níveis de citocinas pró-inflamatórias (TNF-α,IL-6, PCR) em diferentes subgrupos.
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12 meses
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Regressão linear para correlacionar biomarcadores epigenéticos com índice HOMA
Prazo: 12 meses
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Regressão linear para correlacionar biomarcadores epigenéticos com variáveis clínicas, como índice HOMA glicemia (mmol/L) x insulinemia (mUI/L)/ 22,5, em diferentes subgrupos.
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12 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Antecipado)
Conclusão Primária (Antecipado)
Conclusão do estudo (Antecipado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- PRIN2017F8ZB89 (Número de outro subsídio/financiamento: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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