Medicina en Red, Epigenética y Obesidad (NEWTON)
Estudio de asociación de todo el epigenoma basado en la red en medicina de precisión de la obesidad: ensayo clínico NEWTON
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
La población de estudio será reclutada en el Departamento Clínico de Medicina Interna y Especialistas, Departamento de Ciencias Clínicas y Quirúrgicas Avanzadas perteneciente a la Universidad de Campania "Luigi Vanvitelli". Este estudio se realizará de acuerdo con los principios descritos en la Declaración de Helsinki. Los tejidos adiposos subcutáneos ubicados en la incisión quirúrgica se retirarán sin el uso de dispositivos quirúrgicos para evitar la degradación de la muestra biológica de 50 sujetos obesos (25 sujetos obesos con diabetes tipo 2 vs 25 sujetos obesos sin diabetes tipo 2) sometidos a cirugía bariátrica. cirugía. Como controles (n=50) reclutaremos tejidos adiposos subcutáneos de pacientes sin antecedentes clínicos de enfermedades cardiovasculares o dismetabólicas sometidos a cirugía por hernia inguinal de estrés. Las características clínicas y demográficas de la población del estudio estarán disponibles a partir de conjuntos de datos generados por los médicos.
De las muestras de tejido se extraerá el ADN genómico y el ARN total. El ADN genómico se extraerá utilizando el kit DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN), según el protocolo del fabricante. Las muestras de ADN agrupadas que consisten en cantidades iguales de ADN (2 µg) de casos y controles se enviarán al Servicio de Genómica y Bioinformática de Genomix4Life para realizar un análisis global de metilación del ADN. Para ello, se utilizará la plataforma BeadChip 27K de metilación humana mediante el uso de tecnología de conversión de bisulfito (BBRS-Seq). El ARN total se extraerá de los tejidos utilizando el RNeasy Mini Kit (QIAGEN) de acuerdo con el protocolo del fabricante. La preparación de la biblioteca de ADNc se realizará a partir de 4 ug de ARN total mediante el uso de bibliotecas Illumina TruSeq y luego se secuenciará con alta cobertura en la plataforma Illumina HiSeq 2500 NGS. Las concentraciones de ácido nucleico y el control de calidad de Genomix4Life se evaluarán mediante el espectrofotómetro Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) y el ensayo Qubit (Thermo Fisher Scientific) y TapeStation 4200 (Agilent). La red PPI de metilación del ADN humano ponderada (WMPN) se construirá para obtener un interactoma de obesidad en ambos subgrupos (obesos y obesos con T2D frente a controles) en función de genes metilados diferencialmente para identificar biomarcadores de diagnóstico putativos útiles. El algoritmo TargetScan, mediante la búsqueda de las regiones de emparejamiento de semillas conservadas en las regiones 3' no traducidas (UTR) de genes basadas en la alineación del genoma completo, se usará para predecir de manera sólida los pares de genes diana-miARN de la misma población de estudio.
Tipo de estudio
Inscripción (Anticipado)
Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Géneros elegibles para el estudio
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Cumple con las pautas actuales de la Asociación Estadounidense de Diabetes para el diagnóstico de diabetes (grupo de diabéticos) y obesidad
- Debe estar dispuesto y ser capaz de cumplir con los requisitos del estudio.
- Debe indicar su comprensión del estudio y su voluntad de participar mediante la firma de un formulario de consentimiento informado apropiado
Criterio de exclusión:
- historia del cancer
- Trastornos de malignidad
- Infecciones activas
- Enfermedades crónicas o inmunomediadas
- Enfermedad primaria que requiere intervención quirúrgica.
- Incapaz de cumplir con el tamizaje de complicaciones
- Menos de 18 años
- Embarazada o planea quedar embarazada durante la duración de la investigación.
- Esperanza de vida <12 m
- Participando actualmente en cualquier otra investigación clínica.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Control de caso
- Perspectivas temporales: Futuro
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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sujetos de control
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Herramientas epigenómicas combinadas con análisis bioinformático para correlacionar biomarcadores clínicos supuestamente útiles con características clínicas
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Sujetos obesos con y sin DT2
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Herramientas epigenómicas combinadas con análisis bioinformático para correlacionar biomarcadores clínicos supuestamente útiles con características clínicas
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Patrón de metilación del ADN en tejidos adiposos
Periodo de tiempo: 3 meses
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Usando la plataforma Methylation 27K BeadChip basada en la tecnología de conversión de bisulfito, se realizará el perfil de metilación del ADN en tejidos adiposos de 25 sujetos obesos preseleccionados y 25 sujetos obesos con respecto a los controles (n = 50).
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3 meses
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Análisis bioinformático para predecir nuevos genes candidatos putativos que subyacen al fenotipo de la obesidad
Periodo de tiempo: 6 meses
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El algoritmo basado en red "Red de PPI de metilación de ADN humano ponderado (WMPN)" se aplicará a los datos de metiloma para obtener un módulo de enfermedad que contenga los genes metilados diferencialmente cruciales tanto en pacientes obesos como en pacientes obesos con DT2 en comparación con los controles.
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6 meses
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Análisis de secuenciación de ARN en tejidos adiposos
Periodo de tiempo: 3 meses
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Se realizará un análisis de secuenciación de ARN mediante el uso de la plataforma Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) para identificar objetivos de micro-ARN y ARNm expresados diferencialmente tanto en pacientes obesos como en pacientes obesos con DT2 en comparación con los controles.
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3 meses
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Análisis de curvas ROC para evaluar interacciones putativas de metilación de ADN/microARN
Periodo de tiempo: 12 meses
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Análisis de curvas ROC para evaluar interacciones putativas de metilación de ADN/microARN como biomarcadores de diagnóstico para discriminar subgrupos de obesidad.
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12 meses
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Análisis de regresión lineal e IMC (Kg/m2).
Periodo de tiempo: 12 meses
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Regresión lineal para correlacionar biomarcadores epigenéticos con IMC (Kg/m2) en diferentes subgrupos.
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12 meses
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Regresión lineal para correlacionar biomarcadores epigenéticos con citocinas proinflamatorias
Periodo de tiempo: 12 meses
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Regresión lineal para correlacionar biomarcadores epigenéticos con niveles de citoquinas proinflamatorias (TNF-α, IL-6, PCR) en diferentes subgrupos.
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12 meses
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Regresión lineal para correlacionar biomarcadores epigenéticos con el índice HOMA
Periodo de tiempo: 12 meses
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Regresión lineal para correlacionar biomarcadores epigenéticos con variables clínicas, como índice HOMA glucemia (mmol/L) x insulinemia (mUI/L)/ 22,5, en diferentes subgrupos.
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12 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Anticipado)
Finalización primaria (Anticipado)
Finalización del estudio (Anticipado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- PRIN2017F8ZB89 (Otro número de subvención/financiamiento: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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