Nettverksmedisin, epigenetikk og fedme (NEWTON)
Nettverksbasert epigenomomfattende assosiasjonsstudie i fedmepresisjonsmedisin: NEWTON Clinical Trial
Studieoversikt
Status
Forhold
Intervensjon / Behandling
Detaljert beskrivelse
Befolkningsstudien vil bli rekruttert ved den kliniske avdelingen for indremedisin og spesialister, avdeling for avanserte kliniske og kirurgiske vitenskaper som tilhører University of Campania "Luigi Vanvitelli". Denne studien vil bli utført i henhold til prinsippene skissert i Helsingfors-erklæringen. Subkutant fettvev lokalisert i det kirurgiske snittet vil bli trukket tilbake uten bruk av kirurgisk utstyr for å unngå nedbrytning av den biologiske prøven fra 50 overvektige personer (25 overvektige personer med type 2-diabetes vs 25 overvektige personer uten type 2-diabetes) som gjennomgår bariatrisk. kirurgi. Som kontroller (n=50) vil vi rekruttere subkutant fettvev fra pasienter uten en klinisk historie med kardiovaskulære eller dysmetabole sykdommer som skal opereres for stress inguinal brokk. Kliniske og demografiske kjennetegn ved studiepopulasjonen vil være tilgjengelig fra datasett generert av leger.
Fra vevsprøver vil det genomiske DNA og det totale RNA bli ekstrahert. Genomisk DNA vil bli ekstrahert ved å bruke DNeasy Blood & Tissue kit (QIAGEN), i henhold til produsentens protokoll. Samlede DNA-prøver bestående av like mengder DNA (2 µg) fra saker og kontroller vil bli sendt til Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service, for å utføre en global DNA-metyleringsanalyse. For dette formålet vil den bli brukt Human Methylation 27K BeadChip-plattformen ved å bruke Bisulfite-konverteringsteknologi (BBRS-Seq). Totalt RNA vil bli ekstrahert fra vev ved å bruke RNeasy Mini Kit (QIAGEN) i henhold til produsentens protokoll. Forberedelsen av cDNA-biblioteket vil bli utført fra 4 ug totalt RNA ved å bruke Illumina TruSeq Libraries og deretter sekvensert ved høy dekning på Illumina HiSeq 2500 NGS-plattformen. Nukleinsyrekonsentrasjoner og kvalitetskontroll fra Genomix4Life vil bli vurdert ved bruk av Nanodrop-spektrofotometer (Thermo Fisher Scientific) og Qubit-analyse (Thermo Fisher Scientific) og TapeStation 4200 (Agilent). Det vektede humane DNA-metylerings-PPI-nettverket (WMPN) vil bli konstruert for å oppnå et fedmeinteraktom i begge undergrupper (overvektige og overvektige med T2D vs kontroller) basert på differensielt metylerte gener for å identifisere antatte nyttige diagnostiske biomarkører. TargetScan-algoritmen, ved å søke i de bevarte frøparingsregionene i de 3' untraslaterte regionene (UTR) av gener basert på helgenomjustering, vil bli brukt til å robust forutsi miRNA-målgenpar fra samme studiepopulasjon.
Studietype
Registrering (Forventet)
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
Tar imot friske frivillige
Kjønn som er kvalifisert for studier
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Oppfyller gjeldende retningslinjer fra American Diabetes Association for diagnose av diabetes (diabetesgruppe) og fedme
- Må være villig og i stand til å overholde studiekrav
- Må angi deres forståelse av studien og vilje til å delta ved å signere et passende informert samtykkeskjema
Ekskluderingskriterier:
- Historie om kreft
- Malignitetsforstyrrelser
- Aktive infeksjoner
- Kroniske eller immunmedierte sykdommer
- Primærsykdom som krever kirurgisk inngrep
- Kan ikke overholde komplikasjonsscreeningen
- Under 18 år
- Gravid eller planlegger å bli gravid i løpet av undersøkelsen
- Forventet levealder <12 m
- Deltar for tiden i enhver annen klinisk undersøkelse
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
- Observasjonsmodeller: Case-Control
- Tidsperspektiver: Potensielle
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
kontrollemner
|
Epigenomikkverktøy kombinert med bioinformatisk analyse for å korrelere antatte nyttige kliniske biomarkører med kliniske funksjoner
|
|
Overvektige personer med og uten T2D
|
Epigenomikkverktøy kombinert med bioinformatisk analyse for å korrelere antatte nyttige kliniske biomarkører med kliniske funksjoner
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
DNA-metyleringsmønster i fettvev
Tidsramme: 3 måneder
|
Ved å bruke Methylation 27K BeadChip-plattform basert på Bisulfite-konverteringsteknologi, vil DNA-metyleringsprofil i fettvev hos 25 forhåndsutvalgte overvektige personer og 25 overvektige personer med kontroller (n=50) bli utført.
|
3 måneder
|
|
Bioinformatikkanalyse for å forutsi antatte nye kandidatgener som ligger til grunn for fedmefenotype
Tidsramme: 6 måneder
|
Den nettverksbaserte algoritmen "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" vil bli brukt på metylomdata for å oppnå en sykdomsmodul som inneholder de avgjørende differensielt metylerte genene både hos overvektige pasienter og overvektige pasienter med T2D sammenlignet med kontroller.
|
6 måneder
|
|
RNA-sekvenseringsanalyse i fettvev
Tidsramme: 3 måneder
|
RNA-sekvenseringsanalyse ved å bruke Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS)-plattformen vil bli utført for å identifisere differensielt uttrykte mikro-RNA- og mRNA-mål både hos overvektige pasienter og overvektige pasienter med T2D sammenlignet med kontroller.
|
3 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
ROC-kurveanalyse for å evaluere antatte DNA-metylering/mikroRNA-interaksjoner
Tidsramme: 12 måneder
|
ROC-kurveanalyse for å evaluere antatt DNA-metylering/mikroRNA-interaksjoner som diagnostiske biomarkører for å diskriminere fedmeundergrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regresjonsanalyse og BMI (Kg/m2).
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regresjon for å korrelere epigenetiske biomarkører med BMI (Kg/m2) i forskjellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regresjon for å korrelere epigenetiske biomarkører med proinflammatoriske cytokiner
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regresjon for å korrelere epigenetiske biomarkører med proinflammatoriske cytokiner (TNF-α, IL-6, PCR) nivåer i forskjellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regresjon for å korrelere epigenetiske biomarkører med HOMA-indeks
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regresjon for å korrelere epigenetiske biomarkører med kliniske variabler, slik som HOMA-indeksglykemi (mmol/L) x insulinemi (mUI/L)/22,5, i forskjellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Forventet)
Primær fullføring (Forventet)
Studiet fullført (Forventet)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Nøkkelord
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- PRIN2017F8ZB89 (Annet stipend/finansieringsnummer: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .