Síťová medicína, epigenetika a obezita (NEWTON)
Síťová epigenomová asociační studie v přesné medicíně obezity: klinická studie NEWTON
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Populační studie bude přijata na klinickém oddělení vnitřního lékařství a specializace, oddělení pokročilých klinických a chirurgických věd, které patří kampánské univerzitě "Luigi Vanvitelli". Tato studie bude provedena podle zásad uvedených v Helsinské deklaraci. Subkutánní tuková tkáň umístěná v chirurgické incizi bude odebrána bez použití chirurgických zařízení, aby se zabránilo degradaci biologického vzorku od 50 obézních subjektů (25 obézních subjektů s diabetem 2. typu vs. 25 obézních subjektů bez diabetu 2. typu) podstupujících bariatrické vyšetření chirurgická operace. Jako kontroly (n=50) budeme získávat subkutánní tukovou tkáň od pacientů bez klinické anamnézy kardiovaskulárních nebo dysmetabolických onemocnění podstupujících operaci stresové tříselné kýly. Klinické a demografické charakteristiky studované populace budou dostupné ze souborů dat vytvořených lékaři.
Ze vzorků tkáně bude extrahována genomová DNA a celková RNA. Genomická DNA bude extrahována pomocí soupravy DNeasy Blood & Tissue kit (QIAGEN) podle protokolu výrobce. Spojené vzorky DNA sestávající ze stejných množství DNA (2 µg) z případů a kontrol budou odeslány do Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service, aby provedla globální analýzu metylace DNA. Pro tento účel bude použita platforma Human Methylation 27K BeadChip s využitím technologie konverze bisulfitu (BBRS-Seq). Celková RNA bude extrahována z tkání pomocí RNeasy Mini Kit (QIAGEN) podle protokolu výrobce. Příprava knihovny cDNA bude provedena počínaje 4 ug celkové RNA pomocí knihoven Illumina TruSeq a poté sekvenována při vysokém pokrytí na platformě Illumina HiSeq 2500 NGS. Koncentrace nukleových kyselin a kontrola kvality z Genomix4Life budou hodnoceny pomocí spektrofotometru Nanodrop (Thermo Fisher Scientific) a testu Qubit (Thermo Fisher Scientific) a TapeStation 4200 (Agilent). Bude zkonstruována vážená lidská DNA methylační PPI síť (WMPN) pro získání interaktomu obezity v obou podskupinách (obézní a obézní s T2D vs. kontroly) na základě diferenciálně metylovaných genů za účelem identifikace domnělých užitečných diagnostických biomarkerů. Algoritmus TargetScan prohledáváním konzervovaných oblastí párování semen v 3' netranslatovaných oblastech (UTR) genů na základě zarovnání celého genomu bude použit k robustní predikci párů miRNA-cílový gen ze stejné studované populace.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Splňuje aktuální směrnici American Diabetes Association pro diagnostiku diabetu (diabetická skupina) a obezity
- Musí být ochoten a schopen splnit studijní požadavky
- Musí dát najevo, že rozumí studii a ochotu se zúčastnit, a to podpisem příslušného formuláře informovaného souhlasu
Kritéria vyloučení:
- Historie rakoviny
- Maligní poruchy
- Aktivní infekce
- Chronická nebo imunitně podmíněná onemocnění
- Primární onemocnění vyžadující chirurgický zákrok
- Nelze vyhovět screeningu komplikací
- Méně než 18 let
- Těhotné nebo těhotenství plánují během trvání vyšetřování
- Předpokládaná délka života <12 m
- V současné době se účastní jakýchkoli jiných klinických studií
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Observační modely: Case-Control
- Časové perspektivy: Budoucí
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
kontrolní subjekty
|
Epigenomické nástroje kombinované s bioinformatickou analýzou ke korelaci domnělých užitečných klinických biomarkerů s klinickými rysy
|
|
Obézní subjekty s a bez T2D
|
Epigenomické nástroje kombinované s bioinformatickou analýzou ke korelaci domnělých užitečných klinických biomarkerů s klinickými rysy
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Vzorec metylace DNA v tukových tkáních
Časové okno: 3 měsíce
|
Pomocí platformy Methylation 27K BeadChip založené na technologii bisulfitové konverze bude proveden profil metylace DNA v tukových tkáních 25 předem vybraných obézních subjektů a 25 obézních subjektů vzhledem ke kontrolám (n=50).
|
3 měsíce
|
|
Bioinformatická analýza k predikci domnělých nových kandidátních genů, které jsou základem fenotypu obezity
Časové okno: 6 měsíců
|
Síťový algoritmus "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" bude aplikován na methylomová data za účelem získání modulu onemocnění obsahujícího klíčové diferenciálně metylované geny jak u obézních pacientů, tak u obézních pacientů s T2D ve srovnání s kontrolami.
|
6 měsíců
|
|
Analýza sekvenování RNA v tukových tkáních
Časové okno: 3 měsíce
|
Analýza sekvenování RNA pomocí platformy Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) bude provedena pro identifikaci odlišně exprimovaných cílů mikro-RNA a mRNA jak u obézních pacientů, tak u obézních pacientů s T2D ve srovnání s kontrolami.
|
3 měsíce
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Analýza ROC křivek pro vyhodnocení domnělých interakcí methylace DNA/mikroRNA
Časové okno: 12 měsíců
|
Analýza ROC křivek k vyhodnocení domnělých interakcí methylace DNA/mikroRNA jako diagnostických biomarkerů k rozlišení podskupin obezity.
|
12 měsíců
|
|
Lineární regresní analýza a BMI (kg/m2).
Časové okno: 12 měsíců
|
Lineární regrese ke korelaci epigenetických biomarkerů s BMI (kg/m2) v různých podskupinách.
|
12 měsíců
|
|
Lineární regrese ke korelaci epigenetických biomarkerů s prozánětlivými cytokiny
Časové okno: 12 měsíců
|
Lineární regrese ke korelaci epigenetických biomarkerů s hladinami prozánětlivých cytokinů (TNF-α,IL-6, PCR) v různých podskupinách.
|
12 měsíců
|
|
Lineární regrese ke korelaci epigenetických biomarkerů s indexem HOMA
Časové okno: 12 měsíců
|
Lineární regrese ke korelaci epigenetických biomarkerů s klinickými proměnnými, jako je HOMA index glykémie (mmol/L) x inzulinémie (mUI/L)/ 22,5, v různých podskupinách.
|
12 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Očekávaný)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- PRIN2017F8ZB89 (Jiné číslo grantu/financování: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .