Netværksmedicin, epigenetik og fedme (NEWTON)
Netværksbaseret Epigenom-Wide Association Study in Obesity Precision Medicine: NEWTON Clinical Trial
Studieoversigt
Status
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
Befolkningsundersøgelse vil blive rekrutteret ved den kliniske afdeling for intern medicin og specialer, afdelingen for avancerede kliniske og kirurgiske videnskaber, der tilhører Campanias universitet "Luigi Vanvitelli". Denne undersøgelse vil blive udført i overensstemmelse med principperne i Helsinki-erklæringen. Subkutant fedtvæv lokaliseret i det kirurgiske snit vil blive trukket tilbage uden brug af kirurgisk udstyr for at undgå nedbrydning af den biologiske prøve fra 50 overvægtige forsøgspersoner (25 overvægtige forsøgspersoner med type 2-diabetes vs. 25 overvægtige forsøgspersoner uden type 2-diabetes), der gennemgår bariatrisk kirurgi. Som kontroller (n=50) vil vi rekruttere subkutant fedtvæv fra patienter uden en klinisk historie med kardiovaskulære eller dysmetaboliske sygdomme, der skal opereres for stress lyskebrok. Kliniske og demografiske karakteristika for undersøgelsespopulationen vil være tilgængelige fra datasæt genereret af læger.
Fra vævsprøver vil det genomiske DNA og det totale RNA blive ekstraheret. Genomisk DNA vil blive ekstraheret ved at bruge DNeasy Blood & Tissue kit (QIAGEN) i henhold til producentens protokol. Poolede DNA-prøver bestående af lige store mængder DNA (2 µg) fra sager og kontroller vil blive sendt til Genomix4Life Genomics and Bioinformatics Service for at udføre en global DNA-methyleringsanalyse. Til dette formål vil det blive brugt Human Methylation 27K BeadChip-platformen ved at bruge Bisulfite-konverteringsteknologi (BBRS-Seq). Total RNA vil blive ekstraheret fra væv ved hjælp af RNeasy Mini Kit (QIAGEN) i henhold til producentens protokol. Forberedelsen af cDNA-biblioteket vil blive udført fra 4 ug totalt RNA ved at bruge Illumina TruSeq Libraries og derefter sekventeres ved høj dækning på Illumina HiSeq 2500 NGS-platformen. Nukleinsyrekoncentrationer og kvalitetskontrol fra Genomix4Life vil blive vurderet ved hjælp af Nanodrop spektrofotometer (Thermo Fisher Scientific) og Qubit assay (Thermo Fisher Scientific) og TapeStation 4200 (Agilent). Det vægtede humane DNA-methylerings-PPI-netværk (WMPN) vil blive konstrueret til at opnå et fedme-interaktom i begge undergrupper (overvægtige og fede med T2D vs kontroller) baseret på differentielt methylerede gener for at identificere formodede nyttige diagnostiske biomarkører. TargetScan-algoritmen, ved at søge i de bevarede frøparringsregioner i de 3'-untraslaterede regioner (UTR) af gener baseret på helgenomjustering, vil blive brugt til robust forudsigelse af miRNA-målgenpar fra den samme undersøgelsespopulation.
Undersøgelsestype
Tilmelding (Forventet)
Deltagelseskriterier
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
Tager imod sunde frivillige
Køn, der er berettiget til at studere
Prøveudtagningsmetode
Studiebefolkning
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
- Opfylder den nuværende American Diabetes Association-retningslinje for diagnosticering af diabetes (diabetisk gruppe) og fedme
- Skal have lyst og evne til at leve op til studiekrav
- Skal angive deres forståelse af undersøgelsen og vilje til at deltage ved at underskrive en passende informeret samtykkeformular
Ekskluderingskriterier:
- Historie om kræft
- Malignitetsforstyrrelser
- Aktive infektioner
- Kroniske eller immunmedierede sygdomme
- Primær sygdom, der kræver kirurgisk indgreb
- Kan ikke overholde komplikationsscreeningen
- Mindre end 18 år gammel
- Gravid eller planlægger at blive gravid under undersøgelsens varighed
- Forventet levetid <12 m
- Deltager i øjeblikket i enhver anden klinisk undersøgelse
Studieplan
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
- Observationsmodeller: Case-Control
- Tidsperspektiver: Fremadrettet
Kohorter og interventioner
Gruppe / kohorte |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
kontrolfag
|
Epigenomiske værktøjer kombineret med bioinformatisk analyse for at korrelere formodede nyttige kliniske biomarkører med kliniske funktioner
|
|
Overvægtige forsøgspersoner med og uden T2D
|
Epigenomiske værktøjer kombineret med bioinformatisk analyse for at korrelere formodede nyttige kliniske biomarkører med kliniske funktioner
|
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
DNA-methyleringsmønster i fedtvæv
Tidsramme: 3 måneder
|
Ved at bruge Methylation 27K BeadChip-platform baseret på Bisulfite-konverteringsteknologi vil DNA-methyleringsprofilen i fedtvæv fra 25 forudvalgte overvægtige forsøgspersoner og 25 overvægtige forsøgspersoner med kontrol (n=50) blive udført.
|
3 måneder
|
|
Bioinformatikanalyse for at forudsige formodede nye kandidatgener, der ligger til grund for fedmefænotype
Tidsramme: 6 måneder
|
Den netværksbaserede algoritme "Weighted Human DNA methylation PPI network (WMPN)" vil blive anvendt på methylomdata for at opnå et sygdomsmodul, der indeholder de afgørende differentielt methylerede gener både hos overvægtige patienter og overvægtige patienter med T2D sammenlignet med kontroller.
|
6 måneder
|
|
RNA-sekventeringsanalyse i fedtvæv
Tidsramme: 3 måneder
|
RNA-sekventeringsanalyse ved hjælp af Illumina HiSeq2000 Next Generatin Sequencing (NGS) platform vil blive udført til at identificere differentielt udtrykt mikro-RNA og mRNA mål både hos overvægtige patienter og overvægtige patienter med T2D sammenlignet med kontroller.
|
3 måneder
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
ROC-kurveanalyse for at evaluere formodede DNA-methylering/mikroRNA-interaktioner
Tidsramme: 12 måneder
|
ROC-kurveanalyse for at evaluere formodet DNA-methylering/mikroRNA-interaktioner som diagnostiske biomarkører til at skelne mellem fedmeundergrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regressionsanalyse og BMI (Kg/m2).
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regression for at korrelere epigenetiske biomarkører med BMI (Kg/m2) i forskellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regression for at korrelere epigenetiske biomarkører med proinflammatoriske cytokiner
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regression for at korrelere epigenetiske biomarkører med proinflammatoriske cytokiner (TNF-α,IL-6, PCR) niveauer i forskellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
|
Lineær regression for at korrelere epigenetiske biomarkører med HOMA-indeks
Tidsramme: 12 måneder
|
Lineær regression for at korrelere epigenetiske biomarkører med kliniske variabler, såsom HOMA-indeksglykæmi(mmol/L) x insulinæmi (mUI/L)/22,5, i forskellige soubgrupper.
|
12 måneder
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Datoer for undersøgelser
Studer store datoer
Studiestart (Forventet)
Primær færdiggørelse (Forventet)
Studieafslutning (Forventet)
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
Først opslået (Faktiske)
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
Sidst verificeret
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Nøgleord
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- PRIN2017F8ZB89 (Andet bevillings-/finansieringsnummer: Italian Ministry of University and Research (MIUR))
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .