근위축성 측색경화증 진단을 위한 표적 RNA-seq 개발 (ROSA)
근위축성 측색경화증(ALS)의 유전 진단을 통해 질병의 원인을 확인할 수 있으며 잠재적으로 환자가 표적/유전자 치료법을 추구할 수 있습니다. 그러나 ALS의 많은 가족성 형태는 관심 유전자에서 변이가 검출되지 않았거나 검출된 변이가 불확실한 의미를 갖기 때문에 유전적으로 진단되지 않습니다. 현재 분자 진단은 두 단계로 이루어집니다. 1) RP-PCR을 통해 C9ORF72 유전자의 GGGGCC 확장을 검색합니다. 2) ALS와 관련된 30개 유전자 패널의 고처리량 시퀀싱을 통한 코딩 영역 분석.
중요성이 불확실한 이러한 변형 중 다수는 접합에 영향을 미칩니다. 인실리코(in silico) 도구를 사용하여 그 영향을 예측할 수 있지만 환자의 RNA 분석을 통해서만 병원성 특성을 확인할 수 있습니다. 현재 전사체 분석은 스플라이싱에 영향을 미칠 것으로 예상되는 변이가 환자의 DNA에서 검출되는 경우에만 사후적으로 수행됩니다. RT-PCR과 Sanger 시퀀싱을 통해 스플라이스 변형의 영향을 확인합니다. 이 방법은 환자의 특정 스플라이스 변형의 영향을 확인했습니다. 그러나 이 방법은 시간이 많이 걸리고 맞춤형 개발이 필요하며 돌연변이/유전자/환자에 따라 다릅니다. 대조적으로, 고처리량 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)은 모든 환자에게 적용할 수 있는 글로벌 접근 방식으로 수많은 유전자의 스플라이싱을 동시에 분석합니다. 이 접근법은 스플라이싱 예측의 해석에 의해 편향될 수 있는 맞춤형 프라이머 디자인을 피하는 반면, RNA-Seq은 모든 전사물을 체계적으로 포착하고 서열화합니다. 마지막으로, RNA-seq은 엑손 스키핑(exon skipping) 검출, 인트론 포함, 융합 전사체 생성 등 DNA 시퀀싱에 비해 추가 정보를 제공합니다.
GTEx 프로젝트(GTEx Consortium, 2013)에서는 인간 게놈 전사체의 발현 수준을 RNA-Seq로 정량화했습니다. 연구 연구자들은 이러한 결과를 사용하여 전혈에서 알려진 ALS 유전자의 전사체 발현을 측정했습니다. 백만 읽기당 0.5개의 전사체(TPM)라는 임계값을 적용하면 현재 Nîmes 대학 병원의 일상 진단에서 NGS가 분석하고 있는 30개의 ALS 유전자 중 25개가 RNA-Seq에 의한 완전한 분석에 적합할 수 있습니다. ALS의 유전자 분석을 수행하는 프랑스 실험실 중 어느 곳도 아직 RNA-Seq을 일상적인 진단 도구로 개발하지 않았습니다. 연구실에서는 연간 600건이 넘는 ALS 환자의 유전자 진단 요청을 받습니다. 따라서 본 연구의 목적은 ALS 유전자의 RNA 전사체를 분석하여 돌연변이를 분류하여 환자의 진단 관리를 개선하는 글로벌 방법을 개발하는 것입니다.
연구 개요
연구 유형
등록 (추정된)
연락처 및 위치
연구 연락처
- 이름: Claire Guissart
- 전화번호: 04 66 68 32 07
- 이메일: claire.guissart@chu-nimes.fr
연구 장소
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Bordeaux, 프랑스
- 모병
- CHU de Bordeaux
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연락하다:
- Gwendal Le Masson
- 이메일: gwendal.le-masson@chu-bordeaux.fr
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수석 연구원:
- Gwendal Le Masson
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부수사관:
- Stephane Mathis
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Clermont-Ferrand, 프랑스
- 모병
- CHU de Clermont-Ferrand
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연락하다:
- Nathalie Guy
- 이메일: nguy@chu-clermontferrand.fr
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수석 연구원:
- Nathalie Guy
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부수사관:
- Annaick Desmaison
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Lyon, 프랑스
- 모병
- CHU de Lyon
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수석 연구원:
- Emilien Bernard
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연락하다:
- Emilien Bernard
- 이메일: emilien.bernard@chu-lyon.fr
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Marseille, 프랑스
- 모병
- La Timone
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연락하다:
- Annie Verschueren
- 이메일: annie.verschueren@ap-hm.fr
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수석 연구원:
- Annie Verschueren
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부수사관:
- Aude-Marie Grapperon
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Montpellier, 프랑스
- 모병
- CHU de Montpellier
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연락하다:
- Elisa De la Cruz
- 이메일: e-delacruz@chu-montpellier.fr
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수석 연구원:
- Elisa De la Cruz
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부수사관:
- Florence Esselin
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부수사관:
- Alix Durand
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Nîmes, 프랑스
- 모병
- CHU de Nîmes
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연락하다:
- Anissa Megzari
- 전화번호: 04.66.68.42.36
- 이메일: drc@chu-nimes.fr
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수석 연구원:
- Claire Guissart
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Toulouse, 프랑스
- 모병
- CHU de Toulouse
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연락하다:
- Blandine Acket
- 이메일: acket.b@chu-toulouse.fr
-
수석 연구원:
- Blandine Acket
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
- 성인
- 고령자
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
샘플링 방법
연구 인구
설명
포함 기준:
- ALS(또는 대조 코호트의 경우 가족성 고콜레스테롤혈증)의 유전적 진단을 위한 처방전이 있어야 합니다.
- 유전자 연구 및 바이오뱅크에 대한 사전 동의를 얻었습니다.
- 환자는 건강 보험 플랜의 회원이거나 수혜자여야 합니다.
제외 기준:
- 환자가 사법 또는 국가 후견인의 보호를 받고 있습니다.
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
코호트 및 개입
그룹/코호트 |
개입 / 치료 |
|---|---|
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양성 대조군
이미 데이터베이스에 6명의 환자가 있습니다.
확인된 6개의 스플라이싱 돌연변이는 다음과 같습니다: DCTN1(NM_004082.5):
c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1)
: c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4)
: c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4):
c.835+1G>A, GRN(NM_002087.4):
c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4):
c.3039-5T>G
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환자 혈액 샘플의 RNA-Seq(Sureselect XT HS2 RNA)
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부정적인 통제
가족성 고콜레스테롤혈증 환자 30명.
RT-PCR을 통해 확인한 후 SLA 유전자에 스플라이싱 이상이 없음을 확인한 후 Sanger 시퀀싱을 통해 30명 각각에 대해 위에 나열된 6개 변종에 대한 이상이 없음을 확인했습니다.
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환자 혈액 샘플의 RNA-Seq(Sureselect XT HS2 RNA)
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탐색적 코호트
156 ALS: 인실리코 예측 소프트웨어에 의해 해로울 것으로 예측되는 스플라이스 변형을 가진 20명의 ALS 환자; 패널 분석 음성 ALS 환자 136명(가족성 ALS에 우선권 부여)
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환자 혈액 샘플의 RNA-Seq(Sureselect XT HS2 RNA)
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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RNA-Seq 결과(색인 텍스트)와 RT-PCR 간의 일치성과 양성 및 음성 대조군에 대한 Sanger 시퀀싱(참조 기술)
기간: 0일차
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Integrative Genomics Viewer에서 시각화된 사시미 플롯
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0일차
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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"탐색 코호트" 대 음성 대조군의 ALS 환자에서 스플라이싱 변칙이 발견된 빈도.
기간: 0일차
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빈도
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0일차
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공동 작업자 및 조사자
수사관
- 수석 연구원: Claire Guissart, CHU de Nîmes
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (추정된)
연구 완료 (추정된)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (추정된)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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