Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Ontwikkeling van gerichte RNA-Seq voor diagnose van amyotrofische laterale sclerose (ROSA)

15 mei 2025 bijgewerkt door: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Genetische diagnose van Amyotrofische Laterale Sclerose (ALS) zou de oorsprong van de ziekte kunnen identificeren, waardoor de patiënt mogelijk gerichte gentherapie kan volgen. Veel familiale vormen van ALS zijn echter genetisch niet gediagnosticeerd, hetzij omdat er geen variant is gedetecteerd in de genen van belang, hetzij omdat de gedetecteerde variant(en) een onzekere betekenis hebben. Momenteel vindt de moleculaire diagnose plaats in twee fasen: 1) Zoeken naar de GGGGCC-expansie in het C9ORF72-gen door middel van RP-PCR; 2) Analyse van de coderende regio's door middel van high-throughput sequencing van een panel van 30 genen betrokken bij ALS.

Veel van deze varianten van onzekere betekenis beïnvloeden de splitsing. Hun impact kan worden voorspeld met behulp van in silico-instrumenten, maar alleen een analyse van het RNA van de patiënt kan hun pathogene aard bevestigen. Momenteel wordt de analyse van transcripten pas a posteriori uitgevoerd, wanneer een variant waarvan wordt voorspeld dat deze de splitsing beïnvloedt, wordt gedetecteerd op het DNA van de patiënt. RT-PCR gevolgd door Sanger-sequencing verifieert vervolgens de impact van de splitsingsvarianten. Deze methode bevestigde de impact van bepaalde splicevarianten bij patiënten. Deze methode is echter tijdrovend, vereist ontwikkeling op maat en is mutatie-/gen-/patiëntafhankelijk. High-throughput RNA-sequencing (RNA-Seq) analyseert daarentegen tegelijkertijd de splitsing van talrijke genen, met een globale aanpak, toepasbaar op alle patiënten. Deze aanpak vermijdt het aangepaste ontwerp van primers, dat vertekend kan zijn door de interpretatie van splitsingsvoorspellingen, terwijl RNA-Seq alle transcripten systematisch vangt en sequentieert. Ten slotte biedt RNA-Seq aanvullende informatie vergeleken met DNA-sequencing, zoals de detectie van exon-skipping, intron-inclusie en de creatie van fusietranscripten.

In het GTEx-project (GTEx Consortium, 2013) werden de expressieniveaus van transcripten van het menselijk genoom gekwantificeerd door RNA-Seq. Met behulp van deze resultaten maten de onderzoekers van de studie de expressie van transcripten van bekende ALS-genen in volbloed. Door een drempelwaarde van 0,5 transcripties per miljoen lezingen (TPM) toe te passen, zouden 25 van de 30 ALS-genen die momenteel door NGS worden geanalyseerd in routinematige diagnostiek in het Universitair Ziekenhuis van Nîmes in aanmerking kunnen komen voor een volledige analyse door RNA-Seq. Geen van de Franse laboratoria die genetische analyses van ALS uitvoeren, heeft RNA-Seq tot nu toe ontwikkeld als een routinematig diagnostisch hulpmiddel. Het onderzoekslaboratorium ontvangt jaarlijks meer dan 600 aanvragen voor genetische diagnose van ALS-patiënten. Het doel van deze studie is daarom om een ​​globale methode te ontwikkelen voor het analyseren van RNA-transcripten van ALS-genen om de mutaties te categoriseren en zo de diagnostische behandeling van patiënten te verbeteren.

Studie Overzicht

Toestand

Werving

Conditie

Interventie / Behandeling

Studietype

Observationeel

Inschrijving (Geschat)

192

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studiecontact

Studie Locaties

  • Frankrijk
      • Bordeaux, Frankrijk
      • Clermont-Ferrand, Frankrijk
        • Werving
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Contact:
        • Hoofdonderzoeker:
          • Nathalie Guy
        • Onderonderzoeker:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Frankrijk
      • Marseille, Frankrijk
        • Werving
        • La Timone
        • Contact:
        • Hoofdonderzoeker:
          • Annie Verschueren
        • Onderonderzoeker:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Frankrijk
        • Werving
        • CHU de Montpellier
        • Contact:
        • Hoofdonderzoeker:
          • Elisa De la Cruz
        • Onderonderzoeker:
          • Florence Esselin
        • Onderonderzoeker:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Frankrijk
        • Werving
        • CHU de Nîmes
        • Contact:
        • Hoofdonderzoeker:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Frankrijk

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

  • Volwassen
  • Oudere volwassene

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Bemonsteringsmethode

Niet-waarschijnlijkheidssteekproef

Studie Bevolking

Patiënten zullen worden gerekruteerd tijdens een consultatie voor een klinische diagnose van ALS waarvoor een verzoek om een ​​genetische diagnose is ingediend in een van de voorschrijfcentra: CHU Lyon, Universitair Ziekenhuis Montpellier, Universitair Ziekenhuis Marseille, Universitair Ziekenhuis Clermont-Ferrand, Universiteit Bordeaux Ziekenhuis, Universitair Ziekenhuis van Toulouse.

Beschrijving

Inclusiecriteria:

  • Een recept hebben voor een genetische diagnose van ALS (of familiale hypercholesterolemie voor het controlecohort)
  • Hebben geïnformeerde toestemming gegeven voor het genetische onderzoek en de biobank
  • De patiënt moet aangesloten of begunstigde zijn van een ziektekostenverzekering

Uitsluitingscriteria:

  • De patiënt staat onder bescherming van justitie of staatsvoogdij

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

Cohorten en interventies

Groep / Cohort
Interventie / Behandeling
Positieve controles
Er zijn al 6 patiënten in de database. De 6 bevestigde splitsingsmutaties zijn: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4): c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4): c.3039-5T>G
Ander: RNA-sequencing
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) uit bloedmonster van de patiënt
Negatieve controles
30 patiënten met familiale hypercholesterolemie. De afwezigheid van splitsingsafwijkingen in de SLA-genen na bevestiging door RT-PCR gevolgd door Sanger-sequencing van de afwezigheid van afwijkingen voor de 6 hierboven genoemde varianten voor elk van de 30 individuen.
Ander: RNA-sequencing
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) uit bloedmonster van de patiënt
Verkennend cohort
156 ALS: 20 ALS-patiënten met splitsingsvarianten waarvan wordt voorspeld dat ze schadelijk zijn door in silico-voorspellingssoftware; 136 panelanalyse-negatieve ALS-patiënten (er zal prioriteit worden gegeven aan familiale ALS)
Ander: RNA-sequencing
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) uit bloedmonster van de patiënt

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Concordantie tussen de RNA-Seq-resultaten (indextekst) versus RT-PCR gevolgd door Sanger-sequencing (referentietechniek) op positieve plus negatieve controles
Tijdsspanne: Dag 0
Sashimi-plot gevisualiseerd in Integrative Genomics Viewer
Dag 0

Secundaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Frequentie van splitsingsafwijkingen gedetecteerd bij ALS-patiënten in het "verkennende cohort" versus negatieve controles.
Tijdsspanne: Dag 0
Frequentie
Dag 0

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Medewerkers

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Onderzoekers

  • Hoofdonderzoeker: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Werkelijk)

22 november 2023

Primaire voltooiing (Geschat)

1 mei 2027

Studie voltooiing (Geschat)

1 mei 2027

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

9 oktober 2023

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

9 oktober 2023

Eerst geplaatst (Werkelijk)

16 oktober 2023

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Geschat)

20 mei 2025

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

15 mei 2025

Laatst geverifieerd

1 mei 2025

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

NEE

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

product vervaardigd in en geëxporteerd uit de V.S.

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Abonneren