Opracowanie ukierunkowanej sekwencji RNA do diagnostyki stwardnienia zanikowego bocznego (ROSA)
Diagnostyka genetyczna stwardnienia zanikowego bocznego (ALS) mogłaby zidentyfikować pochodzenie choroby, potencjalnie umożliwiając pacjentowi podjęcie terapii celowanej/genowej. Jednakże wiele rodzinnych postaci ALS pozostaje genetycznie niezdiagnozowanych, albo dlatego, że nie wykryto żadnego wariantu w genach będących przedmiotem zainteresowania, albo dlatego, że wykryte warianty mają niepewne znaczenie. Obecnie diagnostyka molekularna przebiega w dwóch etapach: 1) Poszukiwanie ekspansji GGGGCC w genie C9ORF72 metodą RP-PCR; 2) Analiza regionów kodujących poprzez wysokowydajne sekwencjonowanie panelu 30 genów zaangażowanych w ALS.
Wiele z tych wariantów o niepewnym znaczeniu wpływa na splicing. Ich wpływ można przewidzieć za pomocą narzędzi in silico, jednak dopiero analiza RNA pacjenta może potwierdzić ich patogenny charakter. Obecnie analizę transkryptów przeprowadza się jedynie a posteriori, gdy w DNA pacjenta wykryty zostanie wariant, który ma mieć wpływ na składanie. Następnie RT-PCR, po którym następuje sekwencjonowanie Sangera, weryfikuje wpływ wariantów splicingu. Metoda ta potwierdziła wpływ niektórych wariantów splotu na pacjentów. Jednakże metoda ta jest czasochłonna i wymaga niestandardowego opracowania oraz zależy od mutacji/genu/pacjenta. Natomiast wysokoprzepustowe sekwencjonowanie RNA (RNA-Seq) jednocześnie analizuje splicing wielu genów, stosując podejście globalne, mające zastosowanie do wszystkich pacjentów. W podejściu tym unika się niestandardowego projektowania starterów, na które może wpływać interpretacja przewidywań splicingu, podczas gdy RNA-Seq systematycznie wychwytuje i sekwencjonuje wszystkie transkrypty. Wreszcie, RNA-Seq dostarcza dodatkowych informacji w porównaniu do sekwencjonowania DNA, takich jak wykrywanie pominięć egzonów, inkluzji intronów i tworzenia transkryptów fuzyjnych.
W projekcie GTEx (Konsorcjum GTEx, 2013) określono ilościowo poziomy ekspresji transkryptów ludzkiego genomu za pomocą RNA-Seq. Korzystając z tych wyników, badacze zmierzyli ekspresję transkryptów znanych genów ALS w pełnej krwi. Stosując wartość progową 0,5 transkryptów na milion odczytów (TPM), 25 z 30 genów ALS obecnie analizowanych przez NGS w rutynowej diagnostyce w Szpitalu Uniwersyteckim w Nîmes mogłoby kwalifikować się do pełnej analizy metodą RNA-Seq. Żadne z francuskich laboratoriów prowadzących analizy genetyczne ALS nie opracowało dotychczas RNA-Seq jako rutynowego narzędzia diagnostycznego. Laboratorium badawcze otrzymuje rocznie ponad 600 wniosków o diagnostykę genetyczną pacjentów z ALS. Celem tego badania jest zatem opracowanie globalnej metody analizy transkryptów RNA genów ALS w celu kategoryzacji mutacji w celu usprawnienia postępowania diagnostycznego z pacjentami.
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Claire Guissart
- Numer telefonu: 04 66 68 32 07
- E-mail: claire.guissart@chu-nimes.fr
Lokalizacje studiów
-
-
-
Bordeaux, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Bordeaux
-
Kontakt:
- Gwendal Le Masson
- E-mail: gwendal.le-masson@chu-bordeaux.fr
-
Główny śledczy:
- Gwendal Le Masson
-
Pod-śledczy:
- Stephane Mathis
-
Clermont-Ferrand, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Clermont-Ferrand
-
Kontakt:
- Nathalie Guy
- E-mail: nguy@chu-clermontferrand.fr
-
Główny śledczy:
- Nathalie Guy
-
Pod-śledczy:
- Annaick Desmaison
-
Lyon, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Lyon
-
Główny śledczy:
- Emilien Bernard
-
Kontakt:
- Emilien Bernard
- E-mail: emilien.bernard@chu-lyon.fr
-
Marseille, Francja
- Rekrutacyjny
- La Timone
-
Kontakt:
- Annie Verschueren
- E-mail: annie.verschueren@ap-hm.fr
-
Główny śledczy:
- Annie Verschueren
-
Pod-śledczy:
- Aude-Marie Grapperon
-
Montpellier, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Montpellier
-
Kontakt:
- Elisa De la Cruz
- E-mail: e-delacruz@chu-montpellier.fr
-
Główny śledczy:
- Elisa De la Cruz
-
Pod-śledczy:
- Florence Esselin
-
Pod-śledczy:
- Alix Durand
-
Nîmes, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Nîmes
-
Kontakt:
- Anissa Megzari
- Numer telefonu: 04.66.68.42.36
- E-mail: drc@chu-nimes.fr
-
Główny śledczy:
- Claire Guissart
-
Toulouse, Francja
- Rekrutacyjny
- CHU de Toulouse
-
Kontakt:
- Blandine Acket
- E-mail: acket.b@chu-toulouse.fr
-
Główny śledczy:
- Blandine Acket
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Mieć receptę na diagnostykę genetyczną ALS (lub rodzinną hipercholesterolemię w kohorcie kontrolnej)
- Wyrazili świadomą zgodę na badania genetyczne i biobank
- Pacjent musi być członkiem lub beneficjentem planu ubezpieczenia zdrowotnego
Kryteria wyłączenia:
- Pacjent znajduje się pod opieką wymiaru sprawiedliwości lub kurateli państwowej
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Kontrole pozytywne
6 pacjentów już w bazie.
6 potwierdzonych mutacji splicingowych to: DCTN1 (NM_004082.5):
c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1)
: c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4)
: ok. 764+8T>A, GRN (NM_002087.4):
ok. 835+1G>A, GRN (NM_002087.4):
c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4):
c.3039-5T>G
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) z próbki krwi pacjenta
|
|
Kontrole negatywne
30 pacjentów z rodzinną hipercholesterolemią.
Brak anomalii splicingu w genach SLA po potwierdzeniu metodą RT-PCR, a następnie sekwencjonowaniu Sangera pod kątem braku anomalii dla 6 wariantów wymienionych powyżej dla każdego z 30 osobników.
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) z próbki krwi pacjenta
|
|
Kohorta eksploracyjna
156 ALS: 20 pacjentów z ALS z wariantami splicingowymi, które według oprogramowania do przewidywania in silico przewidywano jako szkodliwe; 136 pacjentów z ALS, u których wynik analizy panelowej był negatywny (priorytet będzie traktowany rodzinnie z ALS)
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) z próbki krwi pacjenta
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Zgodność między wynikami RNA-Seq (tekst indeksu) w porównaniu z wynikami RT-PCR, po którym następuje sekwencjonowanie Sangera (technika referencyjna) na kontrolach dodatnich i ujemnych
Ramy czasowe: Dzień 0
|
Wykres Sashimi zwizualizowany w przeglądarce Integrative Genomics
|
Dzień 0
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Częstotliwość nieprawidłowości splicingu wykrytych u pacjentów z ALS w „kohorcie eksploracyjnej” w porównaniu z kontrolami negatywnymi.
Ramy czasowe: Dzień 0
|
Częstotliwość
|
Dzień 0
|
Współpracownicy i badacze
Współpracownicy
Śledczy
- Główny śledczy: Claire Guissart, CHU de Nîmes
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Szacowany)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- NIMAO/LOCAL/2023/CG-01
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .