Kohdennettujen RNA-sekvenssien kehittäminen amyotrofisen lateraaliskleroosin diagnosointiin (ROSA)
Amyotrofisen lateraaliskleroosin (ALS) geneettinen diagnoosi voisi tunnistaa taudin alkuperän, jolloin potilas voi mahdollisesti jatkaa kohdennettua/geeniterapiaa. Monet ALS:n perhemuodot ovat kuitenkin geneettisesti diagnosoimattomia, joko siksi, että kiinnostuksen kohteena olevista geeneistä ei ole havaittu varianttia tai koska havaituilla varianteilla on epävarma merkitys. Tällä hetkellä molekyylidiagnoosi tapahtuu kahdessa vaiheessa: 1) GGGGCC-laajentumisen etsiminen C9ORF72-geenissä RP-PCR:llä; 2) Koodaavien alueiden analyysi suuren suorituskyvyn sekvensoinnilla 30 ALS:ään osallistuvan geenin paneelista.
Monet näistä epävarman merkityksen muunnelmista vaikuttavat silmukointiin. Niiden vaikutus voidaan ennustaa in silico -työkaluilla, mutta vain potilaan RNA:n analyysi voi vahvistaa niiden patogeenisuuden. Tällä hetkellä transkriptien analyysi tehdään vasta jälkikäteen, kun potilaan DNA:sta havaitaan variantti, jonka ennustetaan vaikuttavan silmukointiin. RT-PCR ja sen jälkeen Sanger-sekvensointi varmistaa sitten silmukointivarianttien vaikutuksen. Tämä menetelmä vahvisti tiettyjen silmukointivarianttien vaikutuksen potilaisiin. Tämä menetelmä on kuitenkin aikaa vievä ja vaatii räätälöityä kehitystä, ja se on mutaatio-/geeni-/potilasriippuvainen. Sitä vastoin korkean suorituskyvyn RNA-sekvensointi (RNA-Seq) analysoi samanaikaisesti useiden geenien silmukointia globaalilla lähestymistavalla, joka soveltuu kaikkiin potilaisiin. Tämä lähestymistapa välttää alukkeiden mukautetun suunnittelun, jota voi vääristää silmukointiennusteiden tulkinta, kun taas RNA-Seq kaappaa ja sekvensoi järjestelmällisesti kaikki transkriptit. Lopuksi RNA-Seq tarjoaa lisätietoa DNA-sekvensointiin verrattuna, kuten eksonin ohituksen havaitseminen, intronien inkluusio ja fuusiotranskriptien luominen.
GTEx-projektissa (GTEx Consortium, 2013) ihmisen genomin transkriptien ilmentymistasot kvantifioitiin RNA-Seq:llä. Näitä tuloksia käyttäen tutkijat mittasivat tunnettujen ALS-geenien transkriptien ilmentymistä kokoveressä. Käytettäessä kynnysarvoa 0,5 transkriptia miljoonaa lukua kohden (TPM), 25 30 ALS-geenistä, joita NGS tällä hetkellä analysoi Nîmesin yliopistollisen sairaalan rutiinidiagnostiikassa, voisi olla kelvollinen täydelliseen RNA-Seq-analyysiin. Yksikään ranskalainen laboratorio, joka suorittaa ALS:n geneettisiä analyyseja, ei ole vielä kehittänyt RNA-Seqiä rutiininomaiseksi diagnostiseksi työkaluksi. Tutkimuslaboratorioon tulee yli 600 ALS-potilaiden geneettistä diagnoosipyyntöä vuodessa. Tämän tutkimuksen tavoitteena on siksi kehittää globaali menetelmä ALS-geenien RNA-transkriptien analysoimiseksi mutaatioiden luokittelemiseksi potilaiden diagnostisen hoidon parantamiseksi.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Claire Guissart
- Puhelinnumero: 04 66 68 32 07
- Sähköposti: claire.guissart@chu-nimes.fr
Opiskelupaikat
-
-
-
Bordeaux, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Bordeaux
-
Ottaa yhteyttä:
- Gwendal Le Masson
- Sähköposti: gwendal.le-masson@chu-bordeaux.fr
-
Päätutkija:
- Gwendal Le Masson
-
Alatutkija:
- Stephane Mathis
-
Clermont-Ferrand, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Clermont-Ferrand
-
Ottaa yhteyttä:
- Nathalie Guy
- Sähköposti: nguy@chu-clermontferrand.fr
-
Päätutkija:
- Nathalie Guy
-
Alatutkija:
- Annaick Desmaison
-
Lyon, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Lyon
-
Päätutkija:
- Emilien Bernard
-
Ottaa yhteyttä:
- Emilien Bernard
- Sähköposti: emilien.bernard@chu-lyon.fr
-
Marseille, Ranska
- Rekrytointi
- La Timone
-
Ottaa yhteyttä:
- Annie Verschueren
- Sähköposti: annie.verschueren@ap-hm.fr
-
Päätutkija:
- Annie Verschueren
-
Alatutkija:
- Aude-Marie Grapperon
-
Montpellier, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Montpellier
-
Ottaa yhteyttä:
- Elisa De la Cruz
- Sähköposti: e-delacruz@chu-montpellier.fr
-
Päätutkija:
- Elisa De la Cruz
-
Alatutkija:
- Florence Esselin
-
Alatutkija:
- Alix Durand
-
Nîmes, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Nîmes
-
Ottaa yhteyttä:
- Anissa Megzari
- Puhelinnumero: 04.66.68.42.36
- Sähköposti: drc@chu-nimes.fr
-
Päätutkija:
- Claire Guissart
-
Toulouse, Ranska
- Rekrytointi
- CHU de Toulouse
-
Ottaa yhteyttä:
- Blandine Acket
- Sähköposti: acket.b@chu-toulouse.fr
-
Päätutkija:
- Blandine Acket
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Sinulla on resepti ALS:n (tai kontrollikohortin familiaalisen hyperkolesterolemian) geneettiseen diagnoosiin
- ovat antaneet tietoisen suostumuksensa geenitutkimukselle ja biopankille
- Potilaan tulee olla sairausvakuutuksen jäsen tai edunsaaja
Poissulkemiskriteerit:
- Potilas on oikeuden tai valtion holhouksen alainen
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Positiiviset kontrollit
6 potilasta jo tietokannassa.
6 vahvistettua silmukointimutaatiota ovat: DCTN1 (NM_004082.5):
c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1)
: c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4)
: c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4):
c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4):
c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4):
c.3039-5T>G
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) potilaan verinäytteestä
|
|
Negatiiviset kontrollit
30 potilasta, joilla on familiaalinen hyperkolesterolemia.
Silmukointipoikkeamien puuttuminen SLA-geeneistä sen jälkeen, kun RT-PCR:llä on varmistettu, mitä seurasi Sanger-sekvensointi poikkeavuuksien puuttumisesta kuudelle yllä luetellulle variantille kullekin 30 yksilöstä.
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) potilaan verinäytteestä
|
|
Tutkiva kohortti
156 ALS:a: 20 ALS-potilasta, joiden silmukointivarianttien ennustetaan olevan haitallisia in silico -ennustusohjelmistolla; 136 paneelianalyysin negatiivista ALS-potilasta (etusijalle annetaan perheellinen ALS)
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) potilaan verinäytteestä
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
RNA-Seq-tulosten (indeksiteksti) ja RT-PCR:n ja sen jälkeen Sangerin sekvensoinnin (vertailutekniikka) välinen vastaavuus positiivisilla ja negatiivisilla kontrolleilla
Aikaikkuna: Päivä 0
|
Sashimi Plot visualisoituna Integrative Genomics Viewerissa
|
Päivä 0
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
ALS-potilailla havaittujen silmukointipoikkeamien esiintymistiheys "tutkimuskohortissa" verrattuna negatiivisiin kontrolleihin.
Aikaikkuna: Päivä 0
|
Taajuus
|
Päivä 0
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Claire Guissart, CHU de Nîmes
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- NIMAO/LOCAL/2023/CG-01
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .