Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Разработка таргетного секвенирования РНК для диагностики бокового амиотрофического склероза (ROSA)

15 мая 2025 г. обновлено: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Генетическая диагностика бокового амиотрофического склероза (БАС) может выявить причину заболевания, что потенциально позволит пациенту продолжить таргетную/генную терапию. Однако многие семейные формы БАС генетически не диагностируются либо потому, что в интересующих генах не обнаружено вариантов, либо потому, что обнаруженный вариант(ы) имеет неопределенное значение. В настоящее время молекулярная диагностика проходит в два этапа: 1) Поиск экспансии GGGGCC в гене C9ORF72 методом RP-PCR; 2) Анализ кодирующих регионов путем высокопроизводительного секвенирования панели из 30 генов, участвующих в БАС.

Многие из этих вариантов неопределенного значения влияют на сплайсинг. Их влияние можно предсказать с помощью инструментов in silico, но только анализ РНК пациента может подтвердить их патогенную природу. В настоящее время анализ транскриптов проводится только апостериорно, когда в ДНК пациента обнаруживается вариант, который, как ожидается, повлияет на сплайсинг. RT-PCR с последующим секвенированием по Сэнгеру затем проверяет влияние вариантов сплайсинга. Этот метод подтвердил влияние определенных вариантов сплайсинга на пациентов. Однако этот метод требует много времени и требует индивидуальной разработки, а также зависит от мутации/гена/пациента. Напротив, высокопроизводительное секвенирование РНК (RNA-Seq) одновременно анализирует сплайсинг множества генов с глобальным подходом, применимым ко всем пациентам. Этот подход позволяет избежать индивидуального дизайна праймеров, который может быть искажен из-за интерпретации прогнозов сплайсинга, в то время как RNA-Seq систематически захватывает и секвенирует все транскрипты. Наконец, RNA-Seq предоставляет дополнительную информацию по сравнению с секвенированием ДНК, такую ​​как обнаружение пропуска экзонов, включения интронов и создание транскриптов слияния.

В проекте GTEx (GTEx Consortium, 2013) уровни экспрессии транскриптов генома человека определялись количественно с помощью RNA-Seq. Используя эти результаты, исследователи измерили экспрессию транскриптов известных генов БАС в цельной крови. Применяя пороговое значение 0,5 транскриптов на миллион чтений (TPM), 25 из 30 генов БАС, которые в настоящее время анализируются NGS в ходе рутинной диагностики в университетской больнице Нима, могут подходить для полного анализа с помощью RNA-Seq. Ни одна из французских лабораторий, проводящих генетический анализ БАС, еще не разработала RNA-Seq в качестве рутинного диагностического инструмента. В исследовательскую лабораторию ежегодно поступает более 600 запросов на генетическую диагностику больных БАС. Таким образом, цель этого исследования — разработать глобальный метод анализа РНК-транскриптов генов БАС для классификации мутаций и улучшения диагностического лечения пациентов.

Обзор исследования

Статус

Рекрутинг

Условия

Вмешательство/лечение

Тип исследования

Наблюдательный

Регистрация (Оцененный)

192

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Контакты исследования

Места учебы

  • Франция
      • Bordeaux, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Bordeaux
        • Контакт:
        • Главный следователь:
          • Gwendal Le Masson
        • Младший исследователь:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Контакт:
        • Главный следователь:
          • Nathalie Guy
        • Младший исследователь:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Lyon
        • Главный следователь:
          • Emilien Bernard
        • Контакт:
      • Marseille, Франция
        • Рекрутинг
        • La Timone
        • Контакт:
        • Главный следователь:
          • Annie Verschueren
        • Младший исследователь:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Montpellier
        • Контакт:
        • Главный следователь:
          • Elisa De la Cruz
        • Младший исследователь:
          • Florence Esselin
        • Младший исследователь:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Nîmes
        • Контакт:
          • Anissa Megzari
          • Номер телефона: 04.66.68.42.36
          • Электронная почта: drc@chu-nimes.fr
        • Главный следователь:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Франция
        • Рекрутинг
        • CHU de Toulouse
        • Контакт:
        • Главный следователь:
          • Blandine Acket

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

  • Взрослый
  • Пожилой взрослый

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Метод выборки

Невероятностная выборка

Исследуемая популяция

Пациенты будут набираться во время консультации для клинического диагноза БАС, для которого запрос на генетический диагноз был сделан в одном из центров назначения: CHU Lyon, Университетская больница Монпелье, Университетская больница Марселя, Университетская больница Клермон-Ферран, Университет Бордо. Больница Университетской больницы Тулузы.

Описание

Критерии включения:

  • Иметь рецепт на генетический диагноз БАС (или семейной гиперхолестеринемии для контрольной группы)
  • Дали информированное согласие на генетическое исследование и создание биобанка.
  • Пациент должен быть участником или бенефициаром плана медицинского страхования.

Критерий исключения:

  • Пациент находится под защитой правосудия или государственной опеки.

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

Когорты и вмешательства

Группа / когорта
Вмешательство/лечение
Положительный контроль
6 пациентов уже в базе данных. Шесть подтвержденных мутаций сплайсинга: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, ОПТН (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, ГРН (NM_002087.4): c.709-3C>G, СПГ11 (NM_025137.4): ок.3039-5T>G
Другой: Секвенирование РНК
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) из образца крови пациента
Отрицательный контроль
30 пациентов с семейной гиперхолестеринемией. Отсутствие аномалий сплайсинга в генах SLA после подтверждения методом RT-PCR с последующим секвенированием по Сэнгеру отсутствия аномалий для 6 перечисленных выше вариантов для каждого из 30 индивидуумов.
Другой: Секвенирование РНК
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) из образца крови пациента
Исследовательская когорта
156 БАС: 20 пациентов с БАС, у которых сплайсинговые варианты были предсказаны как вредные с помощью программного обеспечения для прогнозирования in silico; 136 пациентов с отрицательным результатом панельного анализа БАС (приоритет будет отдан семейному БАС)
Другой: Секвенирование РНК
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) из образца крови пациента

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Соответствие между результатами RNA-Seq (указательный текст) и результатами RT-PCR с последующим секвенированием по Сэнгеру (эталонный метод) на положительном и отрицательном контролях
Временное ограничение: День 0
График сашими, визуализированный в средстве просмотра Integrative Genomics Viewer
День 0

Вторичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Частота аномалий сплайсинга, обнаруженных у пациентов с БАС в «исследовательской когорте» по сравнению с отрицательным контролем.
Временное ограничение: День 0
Частота
День 0

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Соавторы

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Следователи

  • Главный следователь: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Действительный)

22 ноября 2023 г.

Первичное завершение (Оцененный)

1 мая 2027 г.

Завершение исследования (Оцененный)

1 мая 2027 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

9 октября 2023 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

9 октября 2023 г.

Первый опубликованный (Действительный)

16 октября 2023 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Оцененный)

20 мая 2025 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

15 мая 2025 г.

Последняя проверка

1 мая 2025 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Планирование данных отдельных участников (IPD)

Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?

НЕТ

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

продукт, произведенный в США и экспортированный из США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться