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Sviluppo di RNA-Seq mirati per la diagnosi di sclerosi laterale amiotrofica (ROSA)

15 maggio 2025 aggiornato da: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

La diagnosi genetica della sclerosi laterale amiotrofica (SLA) potrebbe identificare l’origine della malattia, consentendo potenzialmente al paziente di perseguire una terapia genica/mirata. Tuttavia, molte forme familiari di SLA sono geneticamente non diagnosticate, sia perché non è stata rilevata alcuna variante nei geni di interesse, sia perché le varianti rilevate hanno un significato incerto. Attualmente la diagnosi molecolare avviene in due fasi: 1) Ricerca dell'espansione GGGGCC nel gene C9ORF72 mediante RP-PCR; 2) Analisi delle regioni codificanti mediante sequenziamento ad alto rendimento di un pannello di 30 geni coinvolti nella SLA.

Molte di queste varianti di significato incerto influenzano lo splicing. Il loro impatto può essere previsto utilizzando strumenti in silico, ma solo un'analisi dell'RNA del paziente può confermarne la natura patogena. Attualmente, l'analisi delle trascrizioni viene effettuata solo a posteriori, quando viene rilevata una variante che potrebbe avere un impatto sullo splicing sul DNA del paziente. La RT-PCR seguita dal sequenziamento di Sanger verifica quindi l'impatto delle varianti di giunzione. Questo metodo ha confermato l'impatto di alcune varianti di giunzione nei pazienti. Tuttavia, questo metodo richiede molto tempo e uno sviluppo personalizzato ed è dipendente dalla mutazione/gene/paziente. Al contrario, il sequenziamento dell’RNA ad alto rendimento (RNA-Seq) analizza simultaneamente lo splicing di numerosi geni, con un approccio globale, applicabile a tutti i pazienti. Questo approccio evita la progettazione personalizzata dei primer, che può essere influenzata dall'interpretazione delle previsioni di splicing, mentre RNA-Seq cattura e sequenzia sistematicamente tutte le trascrizioni. Infine, RNA-Seq fornisce informazioni aggiuntive rispetto al sequenziamento del DNA, come il rilevamento del salto degli esoni, l'inclusione degli introni e la creazione di trascritti di fusione.

Nel progetto GTEx (GTEx Consortium, 2013), i livelli di espressione delle trascrizioni del genoma umano sono stati quantificati mediante RNA-Seq. Utilizzando questi risultati, i ricercatori dello studio hanno misurato l’espressione delle trascrizioni dei geni noti della SLA nel sangue intero. Applicando un valore soglia di 0,5 trascritti per milione di letture (TPM), 25 dei 30 geni della SLA attualmente analizzati da NGS nella diagnostica di routine presso l'ospedale universitario di Nîmes potrebbero essere idonei per un'analisi completa mediante RNA-Seq. Nessuno dei laboratori francesi che effettuano analisi genetiche sulla SLA ha ancora sviluppato l’RNA-Seq come strumento diagnostico di routine. Il laboratorio dello studio riceve più di 600 richieste di diagnosi genetica di pazienti affetti da SLA all'anno. Lo scopo di questo studio è quindi quello di sviluppare un metodo globale per analizzare le trascrizioni di RNA dei geni della SLA per classificare le mutazioni per migliorare la gestione diagnostica dei pazienti.

Panoramica dello studio

Stato

Reclutamento

Condizioni

Intervento / Trattamento

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

192

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Luoghi di studio

  • Francia
      • Bordeaux, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Bordeaux
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Gwendal Le Masson
        • Sub-investigatore:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Nathalie Guy
        • Sub-investigatore:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Francia
      • Marseille, Francia
        • Reclutamento
        • La Timone
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Annie Verschueren
        • Sub-investigatore:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Montpellier
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Elisa De la Cruz
        • Sub-investigatore:
          • Florence Esselin
        • Sub-investigatore:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Nîmes
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Toulouse
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Blandine Acket

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

  • Adulto
  • Adulto più anziano

Accetta volontari sani

No

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

I pazienti saranno reclutati durante una consultazione per una diagnosi clinica di SLA per i quali è stata presentata una richiesta di diagnosi genetica in uno dei centri di prescrizione: CHU Lyon, Ospedale universitario di Montpellier, Ospedale universitario di Marsiglia, Ospedale universitario di Clermont-Ferrand, Università di Bordeaux Ospedale, Ospedale universitario di Tolosa.

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Avere una prescrizione per una diagnosi genetica di SLA (o ipercolesterolemia familiare per la coorte di controllo)
  • Hanno dato il loro consenso informato per lo studio genetico e la biobanca
  • Il paziente deve essere membro o beneficiario di un piano di assicurazione sanitaria

Criteri di esclusione:

  • Il paziente è sotto la tutela della giustizia o della tutela statale

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Intervento / Trattamento
Controlli positivi
6 pazienti già nel database. Le 6 mutazioni di splicing confermate sono: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4): c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4): c.3039-5T>G
Altro: Sequenziamento dell'RNA
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) dal campione di sangue del paziente
Controlli negativi
30 pazienti con ipercolesterolemia familiare. L'assenza di anomalie di splicing nei geni SLA dopo la conferma mediante RT-PCR seguita dal sequenziamento Sanger dell'assenza di anomalie per le 6 varianti sopra elencate per ciascuno dei 30 individui.
Altro: Sequenziamento dell'RNA
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) dal campione di sangue del paziente
Gruppo esplorativo
156 SLA: 20 pazienti affetti da SLA con varianti di giunzione previste come deleterie dal software di previsione in silico; 136 pazienti con SLA negativi all'analisi del pannello (la priorità sarà data alla SLA familiare)
Altro: Sequenziamento dell'RNA
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) dal campione di sangue del paziente

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Concordanza tra i risultati RNA-Seq (testo indice) rispetto a RT-PCR seguita dal sequenziamento Sanger (tecnica di riferimento) su controlli positivi e negativi
Lasso di tempo: Giorno 0
Grafico Sashimi visualizzato in Integrative Genomics Viewer
Giorno 0

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Frequenza delle anomalie di splicing rilevate nei pazienti con SLA nella "coorte esplorativa" rispetto ai controlli negativi.
Lasso di tempo: Giorno 0
Frequenza
Giorno 0

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Collaboratori

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Investigatori

  • Investigatore principale: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

22 novembre 2023

Completamento primario (Stimato)

1 maggio 2027

Completamento dello studio (Stimato)

1 maggio 2027

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

9 ottobre 2023

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

9 ottobre 2023

Primo Inserito (Effettivo)

16 ottobre 2023

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Stimato)

20 maggio 2025

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

15 maggio 2025

Ultimo verificato

1 maggio 2025

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

prodotto fabbricato ed esportato dagli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

Prove cliniche su Sclerosi laterale amiotrofica

Prove cliniche su Sequenziamento dell'RNA

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