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Entwicklung einer gezielten RNA-Sequenz für die Diagnose von Amyotropher Lateralsklerose (ROSA)

15. Mai 2025 aktualisiert von: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Die genetische Diagnose der Amyotrophen Lateralsklerose (ALS) könnte den Ursprung der Krankheit identifizieren und dem Patienten möglicherweise eine gezielte Gentherapie ermöglichen. Viele familiäre Formen von ALS werden jedoch genetisch nicht diagnostiziert, entweder weil in den interessierenden Genen keine Variante nachgewiesen wurde oder weil die nachgewiesene(n) Variante(n) unsichere Bedeutung hat(en). Derzeit erfolgt die molekulare Diagnostik in zwei Schritten: 1) Suche nach der GGGGCC-Expansion im C9ORF72-Gen mittels RP-PCR; 2) Analyse der kodierenden Regionen durch Hochdurchsatzsequenzierung einer Gruppe von 30 an ALS beteiligten Genen.

Viele dieser Varianten ungewisser Bedeutung wirken sich auf das Spleißen aus. Ihre Auswirkungen können mithilfe von In-silico-Tools vorhergesagt werden, aber nur eine Analyse der RNA des Patienten kann ihre pathogene Natur bestätigen. Derzeit erfolgt die Analyse von Transkripten nur im Nachhinein, wenn eine Variante, von der vorhergesagt wird, dass sie sich auf das Spleißen auswirkt, in der DNA des Patienten entdeckt wird. RT-PCR mit anschließender Sanger-Sequenzierung überprüft dann die Auswirkung der Spleißvarianten. Diese Methode bestätigte die Auswirkungen bestimmter Spleißvarianten bei Patienten. Diese Methode ist jedoch zeitaufwändig, erfordert eine individuelle Entwicklung und ist mutations-/gen-/patientenabhängig. Im Gegensatz dazu analysiert die Hochdurchsatz-RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) gleichzeitig das Spleißen zahlreicher Gene mit einem globalen Ansatz, der auf alle Patienten anwendbar ist. Dieser Ansatz vermeidet das individuelle Design von Primern, die durch die Interpretation von Spleißvorhersagen verzerrt werden können, während RNA-Seq systematisch alle Transkripte erfasst und sequenziert. Schließlich liefert RNA-Seq im Vergleich zur DNA-Sequenzierung zusätzliche Informationen, z. B. die Erkennung von Exon-Skipping, Intron-Einschluss und die Erstellung von Fusionstranskripten.

Im GTEx-Projekt (GTEx Consortium, 2013) wurden die Expressionsniveaus menschlicher Genomtranskripte durch RNA-Seq quantifiziert. Anhand dieser Ergebnisse haben die Forscher die Expression von Transkripten bekannter ALS-Gene im Vollblut gemessen. Bei Anwendung eines Schwellenwerts von 0,5 Transkripten pro Million Reads (TPM) könnten 25 der 30 ALS-Gene, die derzeit von NGS in der Routinediagnostik am Universitätsklinikum Nîmes analysiert werden, für eine vollständige Analyse durch RNA-Seq in Frage kommen. Keines der französischen Labore, die genetische Analysen von ALS durchführen, hat bisher RNA-Seq als routinemäßiges Diagnoseinstrument entwickelt. Das Studienlabor erhält pro Jahr mehr als 600 Anfragen zur genetischen Diagnostik von ALS-Patienten. Ziel dieser Studie ist es daher, eine globale Methode zur Analyse von RNA-Transkripten von ALS-Genen zu entwickeln, um die Mutationen zu kategorisieren und so das diagnostische Management von Patienten zu verbessern.

Studienübersicht

Status

Rekrutierung

Bedingungen

Intervention / Behandlung

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Geschätzt)

192

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienkontakt

Studienorte

  • Frankreich
      • Bordeaux, Frankreich
        • Rekrutierung
        • CHU de Bordeaux
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Gwendal Le Masson
        • Unterermittler:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, Frankreich
        • Rekrutierung
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Nathalie Guy
        • Unterermittler:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Frankreich
      • Marseille, Frankreich
        • Rekrutierung
        • La Timone
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Annie Verschueren
        • Unterermittler:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Frankreich
        • Rekrutierung
        • CHU de Montpellier
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Elisa De la Cruz
        • Unterermittler:
          • Florence Esselin
        • Unterermittler:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Frankreich
        • Rekrutierung
        • CHU de Nîmes
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Frankreich
        • Rekrutierung
        • CHU de Toulouse
        • Kontakt:
        • Hauptermittler:
          • Blandine Acket

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

  • Erwachsene
  • Älterer Erwachsener

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Patienten werden im Rahmen einer Konsultation für eine klinische Diagnose von ALS rekrutiert, für die eine genetische Diagnose in einem der Verschreibungszentren beantragt wurde: CHU Lyon, Universitätsklinikum Montpellier, Universitätsklinikum Marseille, Universitätsklinikum Clermont-Ferrand, Universität Bordeaux Krankenhaus, Universitätsklinikum Toulouse.

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • Haben Sie ein Rezept für eine genetische Diagnose von ALS (oder familiärer Hypercholesterinämie für die Kontrollkohorte)
  • Sie haben ihre Einverständniserklärung für die genetische Studie und die Biobank abgegeben
  • Der Patient muss Mitglied oder Begünstigter einer Krankenversicherung sein

Ausschlusskriterien:

  • Der Patient steht unter richterlicher oder staatlicher Vormundschaft

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
Intervention / Behandlung
Positivkontrollen
6 Patienten bereits in der Datenbank. Die 6 bestätigten Spleißmutationen sind: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4): c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4): c.3039-5T>G
Sonstiges: RNA-Sequenzierung
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) aus der Blutprobe des Patienten
Negativkontrollen
30 Patienten mit familiärer Hypercholesterinämie. Das Fehlen von Spleißanomalien in den SLA-Genen nach Bestätigung durch RT-PCR und anschließende Sanger-Sequenzierung des Fehlens von Anomalien für die 6 oben aufgeführten Varianten für jedes der 30 Individuen.
Sonstiges: RNA-Sequenzierung
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) aus der Blutprobe des Patienten
Explorative Kohorte
156 ALS: 20 ALS-Patienten mit Spleißvarianten, die laut In-silico-Vorhersagesoftware als schädlich vorhergesagt wurden; 136 Panel-Analyse-negative ALS-Patienten (Vorrang wird familiärer ALS eingeräumt)
Sonstiges: RNA-Sequenzierung
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) aus der Blutprobe des Patienten

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Übereinstimmung zwischen den RNA-Seq-Ergebnissen (Indextext) und RT-PCR, gefolgt von Sanger-Sequenzierung (Referenztechnik) bei Positiv- und Negativkontrollen
Zeitfenster: Tag 0
Sashimi-Diagramm visualisiert im Integrative Genomics Viewer
Tag 0

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Häufigkeit von Spleißanomalien, die bei ALS-Patienten in der „Explorationskohorte“ im Vergleich zu Negativkontrollen festgestellt wurden.
Zeitfenster: Tag 0
Frequenz
Tag 0

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Mitarbeiter

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Ermittler

  • Hauptermittler: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

22. November 2023

Primärer Abschluss (Geschätzt)

1. Mai 2027

Studienabschluss (Geschätzt)

1. Mai 2027

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

9. Oktober 2023

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

9. Oktober 2023

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

16. Oktober 2023

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Geschätzt)

20. Mai 2025

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

15. Mai 2025

Zuletzt verifiziert

1. Mai 2025

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?

NEIN

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Produkt, das in den USA hergestellt und aus den USA exportiert wird

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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