Utvikling av målrettet RNA-Seq for diagnose av amyotrofisk lateral sklerose (ROSA)
Genetisk diagnose av amyotrofisk lateral sklerose (ALS) kan identifisere opprinnelsen til sykdommen, og muligens gjøre det mulig for pasienten å forfølge målrettet/genterapi. Imidlertid er mange familiære former for ALS genetisk udiagnostisert, enten fordi ingen variant er påvist i genene av interesse, eller fordi den eller de påviste variantene har usikker betydning. For tiden foregår molekylær diagnose i to stadier: 1) Søk etter GGGGCC-ekspansjonen i C9ORF72-genet ved hjelp av RP-PCR; 2) Analyse av de kodende regionene ved høykapasitetssekvensering av et panel på 30 gener involvert i ALS.
Mange av disse variantene av usikker betydning påvirker skjøting. Påvirkningen deres kan forutses ved bruk av silico-verktøy, men bare en analyse av pasientens RNA kan bekrefte deres patogene natur. Foreløpig gjøres analysen av transkripsjoner bare i etterkant, når en variant som er spådd å påvirke spleising blir oppdaget på pasientens DNA. RT-PCR etterfulgt av Sanger-sekvensering verifiserer deretter virkningen av skjøtevariantene. Denne metoden bekreftet virkningen av visse spleisevarianter hos pasienter. Denne metoden er imidlertid tidkrevende og krever tilpasset utvikling, og er mutasjons-/gen-/pasientavhengig. I motsetning til dette analyserer RNA-sekvensering med høy gjennomstrømning (RNA-Seq) samtidig spleisingen av en rekke gener, med en global tilnærming som gjelder alle pasienter. Denne tilnærmingen unngår tilpasset design av primere, som kan være partisk av tolkningen av spleiseprediksjoner, mens RNA-Seq systematisk fanger og sekvenserer alle transkripsjonene. Til slutt gir RNA-Seq tilleggsinformasjon sammenlignet med DNA-sekvensering som påvisning av eksonhopping, introninkludering og opprettelse av fusjonstranskripsjoner.
I GTEx-prosjektet (GTEx Consortium, 2013) ble ekspresjonsnivåer av transkripsjoner av humant genom kvantifisert ved RNA-Seq. Ved å bruke disse resultatene målte studieforskerne ekspresjon av transkripsjoner av kjente ALS-gener i fullblod. Ved å bruke en terskelverdi på 0,5 transkripsjoner per million avlesninger (TPM), kan 25 av de 30 ALS-genene som for tiden analyseres av NGS i rutinediagnostikk ved Nîmes universitetssykehus være kvalifisert for en fullstendig analyse av RNA-Seq. Ingen av de franske laboratoriene som utfører genetiske analyser av ALS har ennå utviklet RNA-Seq som et rutinemessig diagnostisk verktøy. Studielaboratoriet mottar mer enn 600 forespørsler om genetisk diagnose av ALS-pasienter per år. Målet med denne studien er derfor å utvikle en global metode for å analysere RNA-transkripsjoner av ALS-gener for å kategorisere mutasjonene for å forbedre diagnostisk behandling av pasienter.
Studieoversikt
Status
Forhold
Intervensjon / Behandling
Studietype
Registrering (Antatt)
Kontakter og plasseringer
Studiekontakt
- Navn: Claire Guissart
- Telefonnummer: 04 66 68 32 07
- E-post: claire.guissart@chu-nimes.fr
Studiesteder
-
-
-
Bordeaux, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Bordeaux
-
Ta kontakt med:
- Gwendal Le Masson
- E-post: gwendal.le-masson@chu-bordeaux.fr
-
Hovedetterforsker:
- Gwendal Le Masson
-
Underetterforsker:
- Stephane Mathis
-
Clermont-Ferrand, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Clermont-Ferrand
-
Ta kontakt med:
- Nathalie Guy
- E-post: nguy@chu-clermontferrand.fr
-
Hovedetterforsker:
- Nathalie Guy
-
Underetterforsker:
- Annaick Desmaison
-
Lyon, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Lyon
-
Hovedetterforsker:
- Emilien Bernard
-
Ta kontakt med:
- Emilien Bernard
- E-post: emilien.bernard@chu-lyon.fr
-
Marseille, Frankrike
- Rekruttering
- La Timone
-
Ta kontakt med:
- Annie Verschueren
- E-post: annie.verschueren@ap-hm.fr
-
Hovedetterforsker:
- Annie Verschueren
-
Underetterforsker:
- Aude-Marie Grapperon
-
Montpellier, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Montpellier
-
Ta kontakt med:
- Elisa De la Cruz
- E-post: e-delacruz@chu-montpellier.fr
-
Hovedetterforsker:
- Elisa De la Cruz
-
Underetterforsker:
- Florence Esselin
-
Underetterforsker:
- Alix Durand
-
Nîmes, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Nîmes
-
Ta kontakt med:
- Anissa Megzari
- Telefonnummer: 04.66.68.42.36
- E-post: drc@chu-nimes.fr
-
Hovedetterforsker:
- Claire Guissart
-
Toulouse, Frankrike
- Rekruttering
- CHU de Toulouse
-
Ta kontakt med:
- Blandine Acket
- E-post: acket.b@chu-toulouse.fr
-
Hovedetterforsker:
- Blandine Acket
-
-
Deltakelseskriterier
Kvalifikasjonskriterier
Alder som er kvalifisert for studier
- Voksen
- Eldre voksen
Tar imot friske frivillige
Prøvetakingsmetode
Studiepopulasjon
Beskrivelse
Inklusjonskriterier:
- Få resept på en genetisk diagnose av ALS (eller familiær hyperkolesterolemi for kontrollkohorten)
- Har gitt sitt informerte samtykke til den genetiske studien og biobanken
- Pasienten må være medlem eller begunstiget av en helseforsikringsplan
Ekskluderingskriterier:
- Pasienten er under beskyttelse av rettferdighet eller statlig vergemål
Studieplan
Hvordan er studiet utformet?
Designdetaljer
Kohorter og intervensjoner
Gruppe / Kohort |
Intervensjon / Behandling |
|---|---|
|
Positive kontroller
6 pasienter allerede i databasen.
De 6 bekreftede spleisemutasjonene er: DCTN1 (NM_004082.5):
c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1)
: c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4)
: c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4):
c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4):
c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4):
c.3039-5T>G
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra pasientens blodprøve
|
|
Negative kontroller
30 pasienter med familiær hyperkolesterolemi.
Fraværet av spleiseanomalier i SLA-genene etter bekreftelse med RT-PCR etterfulgt av Sanger-sekvensering av fraværet av anomalier for de 6 variantene som er oppført ovenfor for hver av de 30 individene.
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra pasientens blodprøve
|
|
Utforskende kohort
156 ALS: 20 ALS-pasienter med spleisevarianter spådd å være skadelig av in silico prediksjonsprogramvare; 136 panel-analyse-negative ALS-pasienter (prioritet vil bli gitt til familiær ALS)
|
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra pasientens blodprøve
|
Hva måler studien?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Overensstemmelse mellom RNA-Seq-resultatene (indekstekst) versus RT-PCR etterfulgt av Sanger-sekvensering (referanseteknikk) på positive pluss negative kontroller
Tidsramme: Dag 0
|
Sashimi Plot visualisert i Integrative Genomics Viewer
|
Dag 0
|
Sekundære resultatmål
Resultatmål |
Tiltaksbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Frekvens av spleiseanomalier oppdaget hos ALS-pasienter i den "utforskende kohorten" versus negative kontroller.
Tidsramme: Dag 0
|
Frekvens
|
Dag 0
|
Samarbeidspartnere og etterforskere
Samarbeidspartnere
Etterforskere
- Hovedetterforsker: Claire Guissart, CHU de Nîmes
Studierekorddatoer
Studer hoveddatoer
Studiestart (Faktiske)
Primær fullføring (Antatt)
Studiet fullført (Antatt)
Datoer for studieregistrering
Først innsendt
Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene
Først lagt ut (Faktiske)
Oppdateringer av studieposter
Sist oppdatering lagt ut (Antatt)
Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene
Sist bekreftet
Mer informasjon
Begreper knyttet til denne studien
Ytterligere relevante MeSH-vilkår
Andre studie-ID-numre
- NIMAO/LOCAL/2023/CG-01
Plan for individuelle deltakerdata (IPD)
Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?
Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter
Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt
Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt
produkt produsert i og eksportert fra USA
Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .