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Développement d'ARN-Seq ciblé pour le diagnostic de la sclérose latérale amyotrophique (ROSA)

15 mai 2025 mis à jour par: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Le diagnostic génétique de la sclérose latérale amyotrophique (SLA) pourrait identifier l'origine de la maladie, permettant potentiellement au patient de poursuivre une thérapie génique ciblée. Cependant, de nombreuses formes familiales de SLA ne sont pas diagnostiquées génétiquement, soit parce qu’aucune variante n’a été détectée dans les gènes d’intérêt, soit parce que la ou les variantes détectées ont une signification incertaine. Actuellement, le diagnostic moléculaire se déroule en deux étapes : 1) Recherche de l'expansion GGGGCC dans le gène C9ORF72 par RP-PCR ; 2) Analyse des régions codantes par séquençage haut débit d'un panel de 30 gènes impliqués dans la SLA.

Beaucoup de ces variantes, d’importance incertaine, affectent l’épissage. Leur impact peut être prédit grâce à des outils in silico, mais seule une analyse de l'ARN du patient peut confirmer leur caractère pathogène. Actuellement, l'analyse des transcriptions n'est effectuée qu'a posteriori, lorsqu'un variant susceptible d'avoir un impact sur l'épissage est détecté sur l'ADN du patient. La RT-PCR suivie du séquençage Sanger vérifie ensuite l’impact des variantes d’épissage. Cette méthode a confirmé l’impact de certaines variantes d’épissage chez les patients. Cependant, cette méthode prend du temps et nécessite un développement personnalisé, et dépend de la mutation/gène/patient. En revanche, le séquençage d’ARN à haut débit (RNA-Seq) analyse simultanément l’épissage de nombreux gènes, avec une approche globale, applicable à tous les patients. Cette approche évite la conception personnalisée d’amorces, qui peut être biaisée par l’interprétation des prédictions d’épissage, tandis que RNA-Seq capture et séquence systématiquement toutes les transcriptions. Enfin, RNA-Seq fournit des informations supplémentaires par rapport au séquençage de l'ADN, telles que la détection du saut d'exon, l'inclusion d'introns et la création de transcrits de fusion.

Dans le projet GTEx (GTEx Consortium, 2013), les niveaux d'expression des transcrits du génome humain ont été quantifiés par RNA-Seq. À l’aide de ces résultats, les chercheurs de l’étude ont mesuré l’expression des transcrits des gènes connus de la SLA dans le sang total. En appliquant une valeur seuil de 0,5 transcrit par million de lectures (TPM), 25 des 30 gènes de la SLA actuellement analysés par NGS en diagnostic de routine au CHU de Nîmes pourraient être éligibles à une analyse complète par RNA-Seq. Aucun des laboratoires français réalisant des analyses génétiques de la SLA n'a encore développé le RNA-Seq comme outil de diagnostic de routine. Le laboratoire d'étude reçoit plus de 600 demandes de diagnostic génétique de patients SLA par an. Le but de cette étude est donc de développer une méthode globale d’analyse des transcrits d’ARN des gènes de la SLA pour catégoriser les mutations afin d’améliorer la prise en charge diagnostique des patients.

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

192

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

Lieux d'étude

  • France
      • Bordeaux, France
        • Recrutement
        • CHU de Bordeaux
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Gwendal Le Masson
        • Sous-enquêteur:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, France
        • Recrutement
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Nathalie Guy
        • Sous-enquêteur:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, France
      • Marseille, France
        • Recrutement
        • La Timone
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Annie Verschueren
        • Sous-enquêteur:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, France
        • Recrutement
        • CHU de Montpellier
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Elisa De la Cruz
        • Sous-enquêteur:
          • Florence Esselin
        • Sous-enquêteur:
          • Alix Durand
      • Nîmes, France
        • Recrutement
        • CHU de Nîmes
        • Contact:
          • Anissa Megzari
          • Numéro de téléphone: 04.66.68.42.36
          • E-mail: drc@chu-nimes.fr
        • Chercheur principal:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, France
        • Recrutement
        • CHU de Toulouse
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Blandine Acket

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Non

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Les patients seront recrutés lors d'une consultation pour un diagnostic clinique de SLA pour laquelle une demande de diagnostic génétique a été formulée dans l'un des centres prescripteurs : CHU de Lyon, CHU de Montpellier, CHU de Marseille, CHU de Clermont-Ferrand, Université de Bordeaux. Hôpital, CHU de Toulouse.

La description

Critère d'intégration:

  • Avoir une prescription pour un diagnostic génétique de SLA (ou d'hypercholestérolémie familiale pour la cohorte témoin)
  • Avoir donné son consentement éclairé pour l'étude génétique et la biobanque
  • Le patient doit être membre ou bénéficiaire d'un régime d'assurance maladie

Critère d'exclusion:

  • Le patient est sous sauvegarde de justice ou sous tutelle de l’État

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Intervention / Traitement
Contrôles positifs
6 patients déjà dans la base de données. Les 6 mutations d'épissage confirmées sont : DCTN1 (NM_004082.5) : c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4) : c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4) : c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4) : c.3039-5T>G
Autre: Séquençage de l'ARN
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) à partir d'un échantillon de sang du patient
Contrôles négatifs
30 patients atteints d'hypercholestérolémie familiale. L'absence d'anomalies d'épissage dans les gènes SLA après confirmation par RT-PCR suivi par séquençage Sanger de l'absence d'anomalies pour les 6 variants listés ci-dessus pour chacun des 30 individus.
Autre: Séquençage de l'ARN
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) à partir d'un échantillon de sang du patient
Cohorte exploratoire
156 SLA : 20 patients SLA présentant des variantes d'épissage prédites comme étant délétères par un logiciel de prédiction in silico ; 136 patients SLA avec analyse de panel négative (la priorité sera donnée à la SLA familiale)
Autre: Séquençage de l'ARN
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) à partir d'un échantillon de sang du patient

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Concordance entre les résultats RNA-Seq (texte index) versus RT-PCR suivi du séquençage Sanger (technique de référence) sur contrôles positifs et négatifs
Délai: Jour 0
Graphique Sashimi visualisé dans Integrative Genomics Viewer
Jour 0

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Fréquence des anomalies d'épissage détectées chez les patients SLA dans la « cohorte exploratoire » par rapport aux témoins négatifs.
Délai: Jour 0
Fréquence
Jour 0

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Collaborateurs

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

22 novembre 2023

Achèvement primaire (Estimé)

1 mai 2027

Achèvement de l'étude (Estimé)

1 mai 2027

Dates d'inscription aux études

Première soumission

9 octobre 2023

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

9 octobre 2023

Première publication (Réel)

16 octobre 2023

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Estimé)

20 mai 2025

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

15 mai 2025

Dernière vérification

1 mai 2025

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

NON

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

produit fabriqué et exporté des États-Unis.

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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