筋萎縮性側索硬化症診断のための標的RNA-Seqの開発 (ROSA)

筋萎縮性側索硬化症（ALS）の遺伝子診断により疾患の原因が特定され、患者が標的療法や遺伝子療法を行えるようになる可能性があります。 しかし、家族性 ALS の多くは、目的の遺伝子に変異が検出されていないか、検出された変異の重要性が不確かであるため、遺伝的に診断されていません。 現在、分子診断は 2 段階で行われます。1) RP-PCR により C9ORF72 遺伝子内の GGGGCC 伸長を検索します。 ２）ＡＬＳに関与する３０個の遺伝子パネルのハイスループットシークエンシングによるコード領域の分析。

重要性が不確かなこれらの変異体の多くは、スプライシングに影響を与えます。 それらの影響はインシリコツールを使用して予測できますが、その病原性を確認できるのは患者の RNA の分析だけです。 現在、転写物の分析は、スプライシングに影響を与えると予測される変異が患者の DNA で検出された場合にのみ事後的に行われています。 次に、RT-PCR とそれに続くサンガー シーケンスにより、スプライス バリアントの影響を検証します。 この方法により、患者における特定のスプライス変異の影響が確認されました。 ただし、この方法は時間がかかり、カスタム開発が必要であり、変異/遺伝子/患者に依存します。 対照的に、ハイスループット RNA シーケンス (RNA-Seq) は、すべての患者に適用できる包括的なアプローチで多数の遺伝子のスプライシングを同時に解析します。 このアプローチは、スプライシング予測の解釈によって偏る可能性のあるプライマーのカスタム設計を回避する一方で、RNA-Seq は体系的にすべての転写産物を捕捉して配列決定します。 最後に、RNA-Seq は、エクソンスキッピング、イントロンインクルージョン、融合転写物の作成などの検出など、DNA シークエンシングと比較して追加の情報を提供します。

GTEx プロジェクト (GTEx コンソーシアム、2013) では、ヒトゲノム転写物の発現レベルが RNA-Seq によって定量化されました。 これらの結果を使用して、研究者らは全血中の既知の ALS 遺伝子の転写産物の発現を測定しました。 100 万リードあたり 0.5 転写産物 (TPM) という閾値を適用すると、ニーム大学病院の日常診断で NGS によって現在分析されている 30 個の ALS 遺伝子のうち 25 個が、RNA-Seq による完全な分析の対象となる可能性があります。 ALS の遺伝子解析を行っているフランスの研究機関はまだ、日常的な診断ツールとして RNA-Seq を開発していません。 研究機関には、ALS 患者の遺伝子診断の依頼が年間 600 件以上寄せられています。 したがって、この研究の目的は、ALS 遺伝子の RNA 転写物を分析して変異を分類し、患者の診断管理を改善するための包括的な方法を開発することです。