Denne side blev automatisk oversat, og nøjagtigheden af ​​oversættelsen er ikke garanteret. Der henvises til engelsk version for en kildetekst.

Udvikling af målrettet RNA-Seq til Amyotrofisk Lateral Sclerose Diagnose (ROSA)

15. maj 2025 opdateret af: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Genetisk diagnose af amyotrofisk lateral sklerose (ALS) kunne identificere oprindelsen af ​​sygdommen, hvilket potentielt giver patienten mulighed for at forfølge målrettet/genterapi. Imidlertid er mange familiære former for ALS genetisk udiagnosticeret, enten fordi der ikke er påvist nogen variant i generne af interesse, eller fordi de(n) påviste variant(er) har usikker betydning. I øjeblikket foregår molekylær diagnose i to trin: 1) Søg efter GGGGCC-udvidelsen i C9ORF72-genet ved RP-PCR; 2) Analyse af de kodende regioner ved high-throughput sekventering af et panel af 30 gener involveret i ALS.

Mange af disse varianter af usikker betydning påvirker splejsning. Deres effekt kan forudsiges ved hjælp af in silico-værktøjer, men kun en analyse af patientens RNA kan bekræfte deres patogene natur. I øjeblikket udføres analysen af ​​transkriptioner kun a posteriori, når en variant, der forudsiges at påvirke splejsning, detekteres på patientens DNA. RT-PCR efterfulgt af Sanger-sekventering verificerer derefter virkningen af ​​splejsningsvarianterne. Denne metode bekræftede virkningen af ​​visse splejsningsvarianter hos patienter. Denne metode er dog tidskrævende og kræver tilpasset udvikling og er mutations-/gen-/patientafhængig. I modsætning hertil analyserer high-throughput RNA-sekventering (RNA-Seq) samtidig splejsningen af ​​adskillige gener med en global tilgang, der gælder for alle patienter. Denne tilgang undgår det brugerdefinerede design af primere, som kan være forudindtaget af fortolkningen af ​​splejsningsforudsigelser, mens RNA-Seq systematisk fanger og sekvenserer alle transkripterne. Endelig giver RNA-Seq yderligere information sammenlignet med DNA-sekventering, såsom påvisning af exon-spring, intron-inklusion og oprettelse af fusions-transkripter.

I GTEx-projektet (GTEx Consortium, 2013) blev ekspressionsniveauer af humane genomtransskriptioner kvantificeret ved RNA-Seq. Ved hjælp af disse resultater målte undersøgelsens efterforskere ekspression af transkripter af kendte ALS-gener i fuldblod. Ved at anvende en tærskelværdi på 0,5 transkriptioner pr. million aflæsninger (TPM), kunne 25 af de 30 ALS-gener, der i øjeblikket analyseres af NGS i rutinediagnostik på Nîmes University Hospital, være berettiget til en komplet analyse af RNA-Seq. Ingen af ​​de franske laboratorier, der udfører genetiske analyser af ALS, har endnu udviklet RNA-Seq som et rutinemæssigt diagnostisk værktøj. Studielaboratoriet modtager mere end 600 anmodninger om genetisk diagnosticering af ALS-patienter om året. Formålet med denne undersøgelse er derfor at udvikle en global metode til at analysere RNA-transkripter af ALS-gener for at kategorisere mutationerne for at forbedre den diagnostiske behandling af patienter.

Studieoversigt

Status

Rekruttering

Betingelser

Intervention / Behandling

Undersøgelsestype

Observationel

Tilmelding (Anslået)

192

Kontakter og lokationer

Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.

Studiekontakt

Studiesteder

  • Frankrig
      • Bordeaux, Frankrig
        • Rekruttering
        • CHU de Bordeaux
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Gwendal Le Masson
        • Underforsker:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, Frankrig
        • Rekruttering
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Nathalie Guy
        • Underforsker:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Frankrig
      • Marseille, Frankrig
        • Rekruttering
        • La Timone
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Annie Verschueren
        • Underforsker:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Frankrig
        • Rekruttering
        • CHU de Montpellier
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Elisa De la Cruz
        • Underforsker:
          • Florence Esselin
        • Underforsker:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Frankrig
        • Rekruttering
        • CHU de Nîmes
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Frankrig
        • Rekruttering
        • CHU de Toulouse
        • Kontakt:
        • Ledende efterforsker:
          • Blandine Acket

Deltagelseskriterier

Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.

Berettigelseskriterier

Aldre berettiget til at studere

  • Voksen
  • Ældre voksen

Tager imod sunde frivillige

Ingen

Prøveudtagningsmetode

Ikke-sandsynlighedsprøve

Studiebefolkning

Patienter vil blive rekrutteret under en konsultation til en klinisk diagnose af ALS, for hvilken der er stillet en anmodning om en genetisk diagnose i et af ordinationscentrene: CHU Lyon, Montpellier University Hospital, Marseille University Hospital, Clermont-Ferrand University Hospital, Bordeaux University Hospital, Toulouse Universitetshospital.

Beskrivelse

Inklusionskriterier:

  • Få en recept til en genetisk diagnose af ALS (eller familiær hyperkolesterolæmi for kontrolkohorten)
  • Har givet deres informerede samtykke til den genetiske undersøgelse og biobanken
  • Patienten skal være medlem eller begunstiget af en sygesikringsplan

Ekskluderingskriterier:

  • Patienten er under beskyttelse af retfærdigheden eller statens værgemål

Studieplan

Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.

Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?

Design detaljer

Kohorter og interventioner

Gruppe / kohorte
Intervention / Behandling
Positive kontroller
6 patienter allerede i databasen. De 6 bekræftede splejsningsmutationer er: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4): c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4): c.3039-5T>G
Andet: RNA-sekventering
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra patientens blodprøve
Negativ kontrol
30 patienter med familiær hyperkolesterolæmi. Fraværet af splejsningsanomalier i SLA-generne efter bekræftelse med RT-PCR efterfulgt af Sanger-sekventering af fraværet af anomalier for de 6 varianter anført ovenfor for hver af de 30 individer.
Andet: RNA-sekventering
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra patientens blodprøve
Udforskende kohorte
156 ALS: 20 ALS-patienter med splejsningsvarianter, der forventes at være skadelige af in silico-forudsigelsessoftware; 136 panel-analyse-negative ALS-patienter (prioritet vil blive givet til familiær ALS)
Andet: RNA-sekventering
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) fra patientens blodprøve

Hvad måler undersøgelsen?

Primære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
Overensstemmelse mellem RNA-Seq-resultaterne (indekstekst) versus RT-PCR efterfulgt af Sanger-sekventering (referenceteknik) på positive plus negative kontroller
Tidsramme: Dag 0
Sashimi Plot visualiseret i Integrative Genomics Viewer
Dag 0

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
Hyppighed af splejsningsanomalier påvist hos ALS-patienter i den "udforskende kohorte" versus negative kontroller.
Tidsramme: Dag 0
Frekvens
Dag 0

Samarbejdspartnere og efterforskere

Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.

Sponsor

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Samarbejdspartnere

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Efterforskere

  • Ledende efterforsker: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Datoer for undersøgelser

Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.

Studer store datoer

Studiestart (Faktiske)

22. november 2023

Primær færdiggørelse (Anslået)

1. maj 2027

Studieafslutning (Anslået)

1. maj 2027

Datoer for studieregistrering

Først indsendt

9. oktober 2023

Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier

9. oktober 2023

Først opslået (Faktiske)

16. oktober 2023

Opdateringer af undersøgelsesjournaler

Sidste opdatering sendt (Anslået)

20. maj 2025

Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier

15. maj 2025

Sidst verificeret

1. maj 2025

Mere information

Begreber relateret til denne undersøgelse

Yderligere relevante MeSH-vilkår

Andre undersøgelses-id-numre

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Plan for individuelle deltagerdata (IPD)

Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?

INGEN

Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter

Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt

Ingen

Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt

Ingen

produkt fremstillet i og eksporteret fra U.S.A.

Ingen

Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .

Kliniske forsøg med Amyotrofisk lateral sklerose

Kliniske forsøg med RNA-sekventering

Søg i lignende forsøg

Sponsorer og samarbejdspartnere

Medicinske tilstande

Narkotikainterventioner

CROs by country

CROs in Oman

Betingelser

Sjældne sygdomme

Narkotikainterventioner

Kosttilskud

Sponsor / samarbejdspartnere

Placeringer

Abonner