Tato stránka byla automaticky přeložena a přesnost překladu není zaručena. Podívejte se prosím na anglická verze pro zdrojový text.

Vývoj cílené RNA-Seq pro diagnostiku amyotrofické laterální sklerózy (ROSA)

15. května 2025 aktualizováno: Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Genetická diagnostika amyotrofické laterální sklerózy (ALS) by mohla identifikovat původ onemocnění a potenciálně umožnit pacientovi pokračovat v cílené/genové terapii. Mnoho familiárních forem ALS však není geneticky diagnostikováno, buď proto, že nebyla detekována žádná varianta v zájmových genech, nebo proto, že detekovaná varianta (varianty) má nejistý význam. V současné době probíhá molekulární diagnostika ve dvou fázích: 1) Hledání expanze GGGGCC v genu C9ORF72 pomocí RP-PCR; 2) Analýza kódujících oblastí pomocí vysoce výkonného sekvenování panelu 30 genů zapojených do ALS.

Mnoho z těchto variant nejistého významu ovlivňuje sestřih. Jejich dopad lze předvídat pomocí nástrojů in silico, ale pouze analýza pacientovy RNA může potvrdit jejich patogenní povahu. V současné době se analýza transkriptů provádí pouze a posteriori, když je na pacientově DNA detekována varianta, u které se předpokládá dopad sestřihu. RT-PCR následovaná Sangerovým sekvenováním pak ověřuje dopad sestřihových variant. Tato metoda potvrdila dopad určitých sestřihových variant na pacienty. Tato metoda je však časově náročná a vyžaduje vlastní vývoj a je závislá na mutaci/genu/pacientovi. Naproti tomu vysoce výkonné sekvenování RNA (RNA-Seq) současně analyzuje sestřih mnoha genů s globálním přístupem použitelným pro všechny pacienty. Tento přístup se vyhýbá vlastnímu návrhu primerů, který může být ovlivněn interpretací předpovědí sestřihu, zatímco RNA-Seq systematicky zachycuje a sekvenuje všechny transkripty. Konečně RNA-Seq poskytuje další informace ve srovnání se sekvenováním DNA, jako je detekce přeskočení exonu, inkluze intronu a vytvoření fúzních transkriptů.

V projektu GTEx (GTEx Consortium, 2013) byly hladiny exprese transkriptů lidského genomu kvantifikovány pomocí RNA-Seq. Pomocí těchto výsledků vyšetřovatelé studie měřili expresi transkriptů známých genů ALS v plné krvi. Při použití prahové hodnoty 0,5 transkriptů na milion čtení (TPM) by 25 z 30 genů ALS, které v současnosti analyzuje NGS při rutinní diagnostice ve fakultní nemocnici v Nîmes, mohlo být způsobilých pro kompletní analýzu pomocí RNA-Seq. Žádná z francouzských laboratoří provádějících genetické analýzy ALS dosud nevyvinula RNA-Seq jako rutinní diagnostický nástroj. Laboratoř studie přijímá ročně více než 600 žádostí o genetickou diagnostiku pacientů s ALS. Cílem této studie je proto vyvinout globální metodu pro analýzu RNA transkriptů genů ALS za účelem kategorizace mutací pro zlepšení diagnostického managementu pacientů.

Přehled studie

Postavení

Nábor

Podmínky

Intervence / Léčba

Typ studie

Pozorovací

Zápis (Odhadovaný)

192

Kontakty a umístění

Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.

Studijní kontakt

Studijní místa

  • Francie
      • Bordeaux, Francie
        • Nábor
        • CHU de Bordeaux
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Gwendal Le Masson
        • Dílčí vyšetřovatel:
          • Stephane Mathis
      • Clermont-Ferrand, Francie
        • Nábor
        • CHU de Clermont-Ferrand
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Nathalie Guy
        • Dílčí vyšetřovatel:
          • Annaick Desmaison
      • Lyon, Francie
      • Marseille, Francie
        • Nábor
        • La Timone
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Annie Verschueren
        • Dílčí vyšetřovatel:
          • Aude-Marie Grapperon
      • Montpellier, Francie
        • Nábor
        • CHU de Montpellier
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Elisa De la Cruz
        • Dílčí vyšetřovatel:
          • Florence Esselin
        • Dílčí vyšetřovatel:
          • Alix Durand
      • Nîmes, Francie
        • Nábor
        • CHU de Nîmes
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Claire Guissart
      • Toulouse, Francie
        • Nábor
        • CHU de Toulouse
        • Kontakt:
        • Vrchní vyšetřovatel:
          • Blandine Acket

Kritéria účasti

Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.

Kritéria způsobilosti

Věk způsobilý ke studiu

  • Dospělý
  • Starší dospělý

Přijímá zdravé dobrovolníky

Ne

Metoda odběru vzorků

Vzorek nepravděpodobnosti

Studijní populace

Pacienti budou přijímáni během konzultace pro klinickou diagnózu ALS, pro kterou byla podána žádost o genetickou diagnózu v jednom z předepisujících center: CHU Lyon, Univerzitní nemocnice Montpellier, Univerzitní nemocnice Marseille, Univerzitní nemocnice Clermont-Ferrand, Univerzita Bordeaux Nemocnice, Toulouse University Hospital.

Popis

Kritéria pro zařazení:

  • Mít recept na genetickou diagnózu ALS (nebo familiární hypercholesterolémie pro kontrolní kohortu)
  • Dali informovaný souhlas s genetickou studií a biobankou
  • Pacient musí být členem nebo příjemcem plánu zdravotního pojištění

Kritéria vyloučení:

  • Pacient je pod ochranou spravedlnosti nebo státního opatrovnictví

Studijní plán

Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.

Jak je studie koncipována?

Detaily designu

Kohorty a intervence

Skupina / kohorta
Intervence / Léčba
Pozitivní kontroly
6 pacientů již v databázi. 6 potvrzených sestřihových mutací je: DCTN1 (NM_004082.5): c.3209G>T, OPTN (NM_001008211.1) : c.1613-7T>G, FUS (NM_004960.4) : c.764+8T>A, GRN (NM_002087.4): c.835+1G>A, GRN (NM_002087.4): c.709-3C>G, SPG11 (NM_025137.4): c.3039-5T>G
Jiný: RNA sekvenování
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) ze vzorku krve pacienta
Negativní kontroly
30 pacientů s familiární hypercholesterolemií. Absence sestřihových anomálií v SLA genech po potvrzení RT-PCR následovanou Sangerovým sekvenováním nepřítomnosti anomálií pro 6 výše uvedených variant pro každého z 30 jedinců.
Jiný: RNA sekvenování
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) ze vzorku krve pacienta
Průzkumná kohorta
156 ALS: 20 pacientů s ALS s variantami sestřihu, u kterých se předpokládalo, že budou škodlivé pomocí in silico predikčního softwaru; 136 panelově analyzovaných pacientů s ALS negativní (přednost bude mít familiární ALS)
Jiný: RNA sekvenování
RNA-Seq (Sureselect XT HS2 RNA) ze vzorku krve pacienta

Co je měření studie?

Primární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Shoda mezi výsledky RNA-Seq (text indexu) versus RT-PCR následovaná Sangerovým sekvenováním (referenční technika) na pozitivních a negativních kontrolách
Časové okno: Den 0
Sashimi Plot vizualizovaný v Integrative Genomics Viewer
Den 0

Sekundární výstupní opatření

Měření výsledku
Popis opatření
Časové okno
Frekvence sestřihových anomálií zjištěných u pacientů s ALS v „průzkumné kohortě“ oproti negativním kontrolám.
Časové okno: Den 0
Frekvence
Den 0

Spolupracovníci a vyšetřovatelé

Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.

Sponzor

Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes

Spolupracovníci

Association pour la Recherche sur la Sclérose Latérale Amyotrophique et autres maladies du motoneurones

Vyšetřovatelé

  • Vrchní vyšetřovatel: Claire Guissart, CHU de Nîmes

Termíny studijních záznamů

Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.

Hlavní termíny studia

Začátek studia (Aktuální)

22. listopadu 2023

Primární dokončení (Odhadovaný)

1. května 2027

Dokončení studie (Odhadovaný)

1. května 2027

Termíny zápisu do studia

První předloženo

9. října 2023

První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality

9. října 2023

První zveřejněno (Aktuální)

16. října 2023

Aktualizace studijních záznamů

Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)

20. května 2025

Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality

15. května 2025

Naposledy ověřeno

1. května 2025

Více informací

Termíny související s touto studií

Další relevantní podmínky MeSH

Další identifikační čísla studie

  • NIMAO/LOCAL/2023/CG-01

Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)

Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?

NE

Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty

Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA

Ne

Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA

Ne

produkt vyrobený a vyvážený z USA

Ne

Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .

Klinické studie na RNA sekvenování

Prohledejte podobné pokusy

Sponzoři a spolupracovníci

Zdravotní podmínky

Drogové intervence

CROs by country

CROs in Jordan

Podmínky

Vzácné nemoci

Drogové intervence

Doplňky stravy

Sponzor / Spolupracovníci

Místa

Předplatit