Sammenligning av KRAS/BRAF mutasjonsstatus med konvensjonelle teknikker og analyse av plasmaprøver (KPLEX2)

Å analysere kvalitativt og kvantitativt genetiske endringer med en effektiv, enkel og kostnadseffektiv test fra blodprøver kan optimere terapeutisk beslutningstaking og personlig kreftbehandling. Nivåer av cellefritt DNA (ccfDNA) i plasma hos CRC-pasienter er betydelig høyere enn hos friske pasienter. Disse nivåene avtar progressivt hos tumorfrie pasienter i løpet av oppfølgingsperioden og øker hos pasienter med residiv eller metastaser. I nær fremtid vil påvisning av sirkulerende DNA (ccfDNA) derfor kunne representere et teknologisk gjennombrudd for diagnose, prognose, påvisning av tumorvekst og oppfølging av kreftpasienter.

Vi designet en raffinert og innovativ metode som samtidig tillater bestemmelse av tre parametere: den spesifikke kvantifiseringen av tumoravledet ccfDNA, ccfDNA-fragmenteringsindeksen og SNP (Single Nucleotide Polymorphism) eller punktmutasjonsdeteksjon. I tillegg til sin enestående sensitivitet og spesifisitet, er denne qPCR-baserte metoden (kalt IntPlex®), nylig patentert av CNRS, enkel og rask, og den første multipleksede testen for ccfDNA.

Evaluering og validering av IntPlex®-testen ble undersøkt som svar på det presserende behovet for å bestemme KRAS/BRAF-mutasjonsstatusen før anti-EGFR-behandling hos CRC-pasienter. Som en konsekvens ble metoden tilpasset for å oppdage de seks hyppigere KRAS-mutasjonene i CRC (G12D, G12V, G13D, G12S, G12C, G12A) og BRAF V600E. Vi utførte deretter den første blindede prospektive studien for å sammenligne KRAS- og BRAF-mutasjonsstatusdata oppnådd fra analyse av tumorvev ved rutinemessige gullstandardmetoder og av plasma-DNA ved bruk av vår opprinnelige metode (ASCO oral kommunikasjon). Mutasjonsstatusen ble bestemt ved begge metodene i 70 pasientprøver. Resultatene våre viste tydelig for første gang at ccfDNA-analyse for KRAS-mutasjon med fordel kunne erstatte tumorseksjonsanalyse. CcfDNA-analyse viste 100 % spesifisitet og sensitivitet for BRAF V600E-mutasjonen. For de seks testede KRAS-punktmutasjonene viste metoden 100 % spesifisitet og 87 % sensitivitet med en konkordansverdi på 96 %.

Målet med denne multisenter prospektive studien er å validere, og til slutt oversette i rutinemessig klinisk praksis, bruken av plasmaanalyse av ccfDNA for bestemmelse av KRAS-mutasjonsstatus hos mCRC-pasienter.