Vaginal, placental og neonatal bukkal mykobiota og mikrobiom ved prematur fødsel

Prematur fødsel er ansvarlig for mer enn 70 % av alle nyfødte og spedbarnsdødsfall. I tillegg er risikoen for cerebral parese blant barn født for tidlig 10 ganger enn de som er født til termin. Risikoen for prematur fødsel er omvendt relatert til cervikal lengde ved midgestasjon. Randomiserte kontrollerte studier som involverer singleton-graviditeter med kort cervikal lengde (mindre enn 25 mm) har vist at profylaktisk bruk av progesteron signifikant reduserer frekvensen av prematur fødsel og neonatal død. Forholdet mellom vaginal mikobiota og prematur fødsel er dokumentert. Likevel er virkningen av kort cervikal lengde og progesteronbehandling på vaginal, neonatal og placental mikrobiota og mykobiota ikke evaluert. Målet med denne studien er å ta for seg følgende punkter;

1. Longitudinell maternal (vaginal), føtal (oral) og placental (basalplate og parenkym) 16S-basert og 18S-basert metagenomisk profilering med antatt metagenomikk vil avsløre distinkte mikrobielle samfunn i forbindelse med prematur fødsel.
2. Sammenligning av vaginal, neonatal (bukkal) og placental (basal plate og parenkym) 16s rRNA med bakterier og 18s rRNA med sopp hos gravide kvinner med kort cervikal lengde med de med normal cervical lengde;

2. Sammenligning av mors (vaginal), neonatal (oral) og placental (basal plate og parenkym) 16s rRNA med bakterier og 18s rRNA med sopp hos gravide kvinner med kort livmorhalslengde som fødte for tidlig med de som fødte ved termin; 3. Effekten av progesteron på mors (vaginal), neonatal (bukkal) og placenta (basal plate og parenkym) 16s rRNA med bakterier og 18s rRNA med sopp.

Målingene av livmorhalslengde vil bli utført i to ulike svangerskapsperioder (11-14 og 18-22 svangerskapsuker) i singleton-svangerskap. For det første vil vaginale vattpinner bli samlet inn fra kvinner som aksepterer å delta i studien ved 11-14. svangerskapsuke like før måling av livmorhalslengde. Vaginale vattpinner vil også bli gjort på nytt ved 18-22 ukers svangerskap som forklart ovenfor. Mikronisert progesteron vil bli startet hos kvinner med en cervikal lengde lik eller mindre enn 25 mm (mindre enn 3. persentil) ved 18-22 ukers svangerskap. Medisinen (progesteron 200 mg) vil bli administrert intravaginalt hver kveld før leggetid og vil fortsette til 36. svangerskapsuke med mindre pasienten føder. Måling av cervikal lengde vil bli gjentatt transvaginalt ved 28. og 32. svangerskapsuke, og prøver vil bli tatt med en cervikal vattpinne før disse målingene. For å evaluere tilstedeværelsen av placenta mycobiota og mikrobiota, vil 1 cm x 1 cm x 1 cm av vevsprøven fra placenta som er 3 cm lateralt for ledningsinnsatsen tas under sterile forhold etter fødselen. For å evaluere fostervannsrommet, vil en munnslimhinnepinne bli samlet inn fra de nyfødte umiddelbart etter fødselen. Alle prøver vil bli levert til forskningslaboratoriet vårt umiddelbart og lagret i -80 ℃ skap frem til evalueringen. V3-V4-regionene ved 16s ribosomale RNA-sekvenseringsmetoden vil bli sekvensert med Illumina MiSeq-enheten og dataene vil bli analysert i henhold til protokollene standardisert i Human Microbiome Project.

DNA-prøver som vil bli rangert fra dataene som skal sekvenseres i henhold til ITS1-regionens metabiotaprotokoll vil bli evaluert innenfor Human Microbiome Project.

Pseudomonas, Escherichia, Neisseria, Streptococcus, Lactobacillus, Candida, Actinomyces vil bli brukt som positive kontroller, og V3-V4 og ITS-regioner vil bli matchet for bakteriell mikrobiota og soppmikrobiota. Etter at "Operational taxonomic units" til amplikonene er konfigurert med VSEARCH-programmet, vil analysene bli utført med GENBANK mikrobiota- og micobiotadata.