Вагинальная, плацентарная и неонатальная буккальная микобиота и микробиом при преждевременных родах

Преждевременные роды являются причиной более 70% всех неонатальных и младенческих смертей. Кроме того, риск детского церебрального паралича у недоношенных детей в 10 раз выше, чем у доношенных. Риск преждевременных родов обратно пропорционален длине шейки матки в середине беременности. Рандомизированные контролируемые исследования с участием одноплодных беременных с короткой длиной шейки матки (менее 25 мм) показали, что профилактическое применение прогестерона значительно снижает частоту преждевременных родов и неонатальной смертности. Задокументирована связь вагинальной микробиоты с преждевременными родами. Тем не менее, влияние короткой шейки матки и лечения прогестероном на вагинальную, неонатальную и плацентарную микробиоту и микобиоту не оценивалось. Цели настоящего исследования заключаются в решении следующих вопросов;

1. Продольное метагеномное профилирование на основе 16S и 18S с предполагаемой метагеномикой выявит различные микробные сообщества, связанные с преждевременными родами.
2. Сравнение вагинальной, неонатальной (щечной) и плацентарной (базальная пластинка и паренхима) 16s рРНК с бактериями и 18s рРНК с грибами у беременных с короткой шейкой матки и беременных с нормальной длиной шейки матки;

2. Сравнение материнской (вагинальной), неонатальной (оральной) и плацентарной (базальная пластинка и паренхима) 16s рРНК с бактериями и 18s рРНК с грибами у беременных с короткой шейкой матки, родивших преждевременно, с женщинами, родившими в срок; 3. Влияние прогестерона на материнскую (вагинальную), неонатальную (буккальную) и плацентарную (базальную пластинку и паренхиму) 16s рРНК бактерий и 18s рРНК грибов.

Измерения длины шейки матки будут проводиться в два разных периода беременности (11-14 и 18-22 недели гестации) при одноплодной беременности. Во-первых, вагинальные мазки будут взяты у женщин, которые согласились принять участие в исследовании, на 11-14-й неделе беременности непосредственно перед измерением длины шейки матки. Кроме того, вагинальные мазки будут снова взяты на 18-22 неделе беременности, как описано выше. Микронизированный прогестерон будет назначаться женщинам с длиной шейки матки, равной или менее 25 мм (меньше 3-го процентиля) в 18-22 недели беременности. Лекарство (прогестерон 200 мг) будет вводиться интравагинально каждую ночь перед сном и будет продолжаться до 36-й недели беременности, если пациентка не родит. Измерение длины шейки матки будет повторено трансвагинально на 28-й и 32-й неделе беременности, и образцы будут получены с помощью цервикального мазка до этих измерений. Чтобы оценить наличие плацентарной микобиоты и микробиоты, 1 см х 1 см х 1 см образца ткани из плаценты, которая находится на 3 см латеральнее места прикрепления пуповины, будет взята в стерильных условиях после рождения. Для оценки амниотического отдела у новорожденных сразу после рождения берут мазок со слизистой оболочки щеки. Все образцы будут немедленно доставлены в нашу исследовательскую лабораторию и храниться в шкафу с температурой -80 ℃ до оценки. Области V3-V4 с помощью метода секвенирования 16s рибосомной РНК будут секвенированы с помощью устройства Illumina MiSeq, а данные будут проанализированы в соответствии с протоколами, стандартизированными в проекте «Микробиом человека».

Образцы ДНК, которые будут ранжированы на основе данных, подлежащих секвенированию в соответствии с протоколом метабиоты региона ITS1, будут оцениваться в рамках проекта «Микробиом человека».

Pseudomonas, Escherichia, Neisseria, Streptococcus, Lactobacillus, Candida, Actinomyces будут использоваться в качестве положительных контролей, а области V3-V4 и ITS будут сопоставлены для бактериальной микробиоты и грибковой микробиоты. После того, как «Операционные таксономические единицы» ампликонов настроены с помощью программы VSEARCH, анализ будет проводиться с данными микробиоты и микробиоты GENBANK.