Micobiota buccale vaginale, placentare e neonatale e microbioma nella nascita pretermine

La nascita pretermine è responsabile di oltre il 70% di tutte le morti neonatali e infantili. Inoltre, il rischio di paralisi cerebrale nei bambini nati pretermine è 10 volte superiore a quello dei nati a termine. Il rischio di parto pretermine è inversamente proporzionale alla lunghezza cervicale a metà gestazione. Studi randomizzati controllati che coinvolgono gravidanze singole con una lunghezza cervicale corta (meno di 25 mm) hanno dimostrato che l'uso profilattico del progesterone riduce significativamente il tasso di parto pretermine e morte neonatale. È stata documentata la relazione del microbiota vaginale con la nascita pretermine. Tuttavia, l'impatto della breve lunghezza cervicale e del trattamento con progesterone sul microbiota vaginale, neonatale e placentare e sul micobiota non è stato valutato. Gli obiettivi del presente studio sono di affrontare i seguenti punti;

1. La profilazione metagenomica longitudinale materna (vaginale), fetale (orale) e placentare (piastra basale e parenchima) basata su 16S e 18S con metagenomica dedotta rivelerà comunità microbiche distinte in associazione con la nascita pretermine.
2. Confronto di 16s rRNA vaginale, neonatale (buccale) e placentare (piatto basale e parenchima) con batteri e 18s rRNA con funghi in donne in gravidanza con una lunghezza cervicale corta con quelle con lunghezza cervicale normale;

2. Confronto tra rRNA 16s materno (vaginale), neonatale (orale) e placentare (piastra basale e parenchima) con batteri e rRNA 18s con funghi in donne gravide con lunghezza cervicale corta che hanno partorito pretermine con quelle che hanno partorito a termine; 3. L'effetto del progesterone sull'rRNA 16s materno (vaginale), neonatale (buccale) e placentare (piastra basale e parenchima) con batteri e 18s rRNA con funghi.

Le misurazioni della lunghezza cervicale verranno eseguite in due diversi periodi di gravidanza (11-14 e 18-22 settimane di gestazione) in gravidanze singole. In primo luogo, i tamponi vaginali saranno raccolti dalle donne che accettano di partecipare allo studio a 11-14 settimane di gestazione poco prima della misurazione della lunghezza cervicale. Inoltre, i tamponi vaginali verranno rifatti a 18-22 settimane di gestazione come spiegato sopra. Il progesterone micronizzato verrà avviato nelle donne con una lunghezza cervicale uguale o inferiore a 25 mm (inferiore al 3° percentile) a 18-22 settimane di gestazione. Il farmaco (progesterone 200 mg) verrà somministrato per via intravaginale ogni notte prima di coricarsi e continuerà fino alla 36a settimana gestazionale a meno che la paziente non partorisca. La misurazione della lunghezza cervicale verrà ripetuta per via transvaginale alla 28a e 32a settimana gestazionale e i campioni saranno ottenuti con un tampone cervicale prima di queste misurazioni. Al fine di valutare la presenza di micobiota e microbiota placentare, 1 cm x 1 cm x 1 cm del campione di tessuto dalla placenta che si trova 3 cm lateralmente all'inserzione del cordone verrà prelevato in condizioni sterili dopo la nascita. Al fine di valutare il compartimento amniotico, verrà prelevato un tampone di mucosa buccale dai neonati subito dopo la nascita. Tutti i campioni verranno consegnati immediatamente al nostro laboratorio di ricerca e conservati in un armadio a -80 ℃ fino alla valutazione. Le regioni V3-V4 mediante il metodo di sequenziamento dell'RNA ribosomiale 16s saranno sequenziate con il dispositivo Illumina MiSeq ei dati saranno analizzati secondo i protocolli standardizzati nel progetto Human Microbiome.

I campioni di DNA che saranno classificati dai dati da sequenziare secondo il protocollo del metabiota della regione ITS1 saranno valutati nell'ambito del progetto Human Microbiome.

Pseudomonas, Escherichia, Neisseria, Streptococcus, Lactobacillus, Candida, Actinomyces saranno utilizzati come controlli positivi e le regioni V3-V4 e ITS saranno abbinate per microbiota batterico e microbiota fungino. Dopo aver configurato le "Unità tassonomiche operative" degli ampliconi con il programma VSEARCH, le analisi saranno effettuate con dati di microbiota e micobiota GENBANK.