Pochwa, łożysko i noworodkowa mykobiota policzkowa i mikrobiom w porodach przedwczesnych

Poród przedwczesny odpowiada za ponad 70% wszystkich zgonów noworodków i niemowląt. Ponadto ryzyko mózgowego porażenia dziecięcego u dzieci urodzonych przedwcześnie jest 10 razy większe niż u dzieci urodzonych o czasie. Ryzyko porodu przedwczesnego jest odwrotnie proporcjonalne do długości szyjki macicy w połowie ciąży. Badania z randomizacją i grupą kontrolną obejmujące ciąże pojedyncze z krótką szyjką macicy (poniżej 25 mm) wykazały, że profilaktyczne stosowanie progesteronu znacząco zmniejsza częstość porodów przedwczesnych i zgonów noworodków. Udokumentowano związek mikroflory pochwy z porodem przedwczesnym. Jednak wpływ krótkiej szyjki macicy i leczenia progesteronem na mikroflorę i mykobiom pochwy, noworodka i łożyska nie został oceniony. Celem niniejszego badania jest zajęcie się następującymi kwestiami;

1. Podłużne profilowanie metagenomiczne matki (pochwy), płodu (ustnie) i łożyska (płytka podstawna i miąższ) oparte na 16S i 18S z wywnioskowaną metagenomiką ujawni odrębne społeczności drobnoustrojów w związku z porodem przedwczesnym.
2. Porównanie 16s rRNA pochwy, noworodków (policzkowych) i łożyskowych (płytka podstawna i miąższ) 16s rRNA z bakteriami i 18s rRNA z grzybami u kobiet ciężarnych z krótką szyjką macicy z tymi z normalną długością szyjki macicy;

2. Porównanie matczynego (dopochwowego), noworodkowego (doustnego) i łożyskowego (płytka podstawna i miąższ) rRNA 16s z bakteriami i 18s rRNA z grzybami u kobiet ciężarnych z krótką szyjką macicy, które urodziły przedwcześnie, z tymi, które urodziły o czasie; 3. Wpływ progesteronu na matczyny (pochwowy), noworodkowy (policzkowy) i łożyskowy (płytka podstawna i miąższ) rRNA 16s u bakterii i 18s rRNA u grzybów.

Pomiary długości szyjki macicy będą wykonywane w dwóch różnych okresach ciąży (11-14 i 18-22 tydzień ciąży) w ciążach pojedynczych. W pierwszej kolejności wymazy z pochwy zostaną pobrane od kobiet, które wyrażą zgodę na udział w badaniu w 11-14 tygodniu ciąży, tuż przed pomiarem długości szyjki macicy. Ponadto wymazy z pochwy zostaną ponownie wykonane w 18-22 tygodniu ciąży, jak wyjaśniono powyżej. Mikronizowany progesteron rozpocznie się u kobiet z szyjką macicy o długości równej lub mniejszej niż 25 mm (mniej niż 3 percentyl) w 18-22 tygodniu ciąży. Lek (progesteron 200 mg) będzie podawany dopochwowo każdej nocy przed snem i będzie podawany do 36 tygodnia ciąży, chyba że pacjentka urodzi. Pomiar długości szyjki macicy zostanie powtórzony przezpochwowo w 28. i 32. tygodniu ciąży, a próbki zostaną pobrane za pomocą wymazu z szyjki macicy przed tymi pomiarami. W celu oceny obecności mykobioty i mikrobiomu łożyska, po urodzeniu w sterylnych warunkach zostanie pobrana próbka tkanki z łożyska o wymiarach 1 cm x 1 cm x 1 cm w odległości 3 cm od wprowadzenia pępowiny. W celu oceny przedziału owodniowego od noworodków bezpośrednio po urodzeniu zostanie pobrany wymaz z błony śluzowej policzka. Wszystkie próbki zostaną niezwłocznie dostarczone do naszego Laboratorium Badawczego i będą przechowywane w szafie -80 ℃ do czasu oceny. Regiony V3-V4 metodą sekwencjonowania rybosomalnego RNA 16s zostaną zsekwencjonowane za pomocą urządzenia Illumina MiSeq, a dane zostaną przeanalizowane zgodnie z protokołami standaryzowanymi w Human Microbiome Project.

Próbki DNA, które zostaną uszeregowane na podstawie danych do sekwencjonowania zgodnie z protokołem metabioty regionu ITS1, zostaną ocenione w ramach Human Microbiome Project.

Pseudomonas, Escherichia, Neisseria, Streptococcus, Lactobacillus, Candida, Actinomyces zostaną użyte jako kontrole pozytywne, a regiony V3-V4 i ITS zostaną dopasowane pod kątem mikroflory bakteryjnej i grzybiczej. Po skonfigurowaniu „Operacyjnych jednostek taksonomicznych” amplikonów za pomocą programu VSEARCH, analizy zostaną przeprowadzone z wykorzystaniem danych mikrobiomu i mikobioty GENBANK.