Utvikler nye sirkulerende epigenetiske biomarkører for tidlig påvisning av lungekreft

Lungekreft er den ledende årsaken til kreftdød, og sto for 2,09 millioner tilfeller i 2018 over hele verden. Det er en enorm etterspørsel globalt etter sensitive og pålitelige analyser for å avskjære lungekreft i tidlige stadier når den kan kureres. Tidligere studier har vist at sirkulerende cellefritt tumor-DNA (ctDNA) som utskilles fra tumorceller inneholder de samme mutasjonene og metyleringsmønstrene som de opprinnelige tumorcellene. Nye bevis har indikert tilstedeværelsen av systemisk immundysregulering hos kreftpasienter, og at tumorreaktive T-celler har en distinkt molekylær profil sammenlignet med andre tilstedeværende celler. Dermed kan molekylær abnormitet av ctDNA og tumorreaktive T-celler være et av de tidlige tegnene som antyder tilstedeværelsen av malignitet, og det kan tjene som et lovende mål for utvikling av blodbaserte analyser i tidlig lungekreft for enkelhets skyld og ikke. -invasivitet i motsetning til invasiv tumorbiopsi, eller avbildningsbaserte metoder som begrenses av utilfredsstillende sensitivitet/spesifisitet.

Etterforskerne tar sikte på å identifisere nye markører for tidlig oppdagelse av lungekreft, samt å utvikle nye teknologier som er klinisk anvendelige med høy sensitivitet og spesifisitet. Målene med dette forslaget er mangefasetterte: (1) Etterforskerne vil generere genomomfattende metyleringsatlas av sirkulerende cellefritt DNA og av sirkulerende T-celler hos lungekreftpasienter vs. ikke-kreftsubjekter. (2) Etterforskerne vil utvikle en beriket metode for å forbedre ytelsen til multiplex droplet digital PCR (ddPCR)-teknologi med økt følsomhet og redusert input-DNA-krav. (Enriched methylation-specific droplet digital PCR, EMS-ddPCR) (3) Etterforskerne vil utvikle et enkeltcellet, locus-spesifikt DNA-metyleringsdeteksjonssystem som er bisulfittfritt og ikke-PCR-basert. Systemet kan kobles med flowcytometri eller massecytometri for å muliggjøre celletypespesifikk metyleringsdeteksjon. (enkeltcellet, locus-spesifikk metyleringsdeteksjon, scLSM-FACS) (4) Etterforskerne vil identifisere en ny metyleringssignatur bestående av tumoravledede og immunavledede biomarkører for tidlig påvisning av lungekreft.