Utvecklar nya cirkulerande epigenetiska biomarkörer för tidig upptäckt av lungcancer

Lungcancer är den vanligaste orsaken till cancerdöd och stod för 2,09 miljoner fall 2018 över hela världen. Det finns en enorm efterfrågan globalt på känsliga och pålitliga analyser för att fånga upp lungcancer i tidiga skeden när den kan botas. Tidigare studier har visat att cirkulerande cellfritt tumör-DNA (ctDNA) som avges från tumörceller innehåller samma mutationer och metyleringsmönster som de ursprungliga tumörcellerna. Nya bevis har indikerat närvaron av systemisk immunförändring hos cancerpatienter och att tumörreaktiva T-celler har en distinkt molekylär profil jämfört med andra åskådarceller. Således kan molekylär abnormitet hos ctDNA och tumörreaktiva T-celler vara ett av de tidiga tecknen som antyder förekomsten av malignitet, och det kan fungera som ett lovande mål för utveckling av blodbaserade analyser vid tidig lungcancer för dess bekvämlighet och icke -invasivitet i motsats till invasiv tumörbiopsi, eller avbildningsbaserade metoder som begränsas av otillfredsställande sensitivitet/specificitet.

Utredarna strävar efter att identifiera nya markörer för tidig upptäckt av lungcancer samt att utveckla nya teknologier som är kliniskt tillämpbara med hög känslighet och specificitet. Målen för detta förslag är mångfacetterade: (1) Utredarna kommer att generera genomomfattande metyleringsatlas av cirkulerande cellfritt DNA och cirkulerande T-celler hos lungcancerpatienter kontra icke-cancerpatienter. (2) Utredarna kommer att utveckla en berikad metod för att förbättra prestandan hos multiplex droplet digital PCR (ddPCR)-teknologi med ökad känslighet och minskat inmatat DNA-krav. (Enriched methylation-specific droplet digital PCR, EMS-ddPCR) (3) Utredarna kommer att utveckla ett encelligt, lokusspecifikt DNA-metyleringssystem som är bisulfitfritt och icke-PCR-baserat. Systemet kan kopplas med flödescytometri eller masscytometri för att möjliggöra celltypsspecifik metyleringsdetektion. (encellig, lokusspecifik metyleringsdetektion, scLSM-FACS) (4) Utredarna kommer att identifiera en ny metyleringssignatur bestående av tumörhärledda och immunhärledda biomarkörer för tidig upptäckt av lungcancer.