Udvikling af nye cirkulerende epigenetiske biomarkører til tidlig påvisning af lungekræft

Lungekræft er den førende årsag til kræftdødsfald og tegner sig for 2,09 millioner tilfælde i 2018 på verdensplan. Der er en enorm efterspørgsel globalt efter følsomme og pålidelige analyser til at opfange lungekræft på tidlige stadier, når den kan helbredes. Tidligere undersøgelser har vist, at cirkulerende cellefrit tumor-DNA (ctDNA) udskilt fra tumorceller indeholder de samme mutationer og methyleringsmønstre som de originale tumorceller. Nye beviser har indikeret tilstedeværelsen af ​​systemisk immun dysregulering hos cancerpatienter, og at tumorreaktive T-celler har en særskilt molekylær profil sammenlignet med andre tilstedeværende celler. Molekylær abnormitet af ctDNA og tumorreaktive T-celler kan således være et af de tidlige tegn, der antyder tilstedeværelsen af ​​malignitet, og det kan tjene som et lovende mål for udvikling af blodbaserede assays i tidlig lungekræft for nemheds skyld og ikke -invasivitet i modsætning til invasiv tumorbiopsi, eller billeddannelsesbaserede metoder, der er begrænset af utilfredsstillende sensitivitet/specificitet.

Efterforskerne sigter mod at identificere nye markører for tidlig påvisning af lungekræft samt at udvikle nye teknologier, der er klinisk anvendelige med høj sensitivitet og specificitet. Målene for dette forslag er mangefacetterede: (1) Efterforskerne vil generere genom-dækkende methyleringsatlas af cirkulerende cellefrit DNA og af cirkulerende T-celler i lungekræftpatienter vs. ikke-kræftpatienter. (2) Efterforskerne vil udvikle en beriget metode til at forbedre ydeevnen af ​​multiplex droplet digital PCR (ddPCR) teknologi med øget følsomhed og reduceret input-DNA-krav. (Beriget methyleringsspecifik dråbe digital PCR, EMS-ddPCR) (3) Efterforskerne vil udvikle et enkeltcellet, locus-specifikt DNA-methyleringsdetektionssystem, der er bisulfitfrit og ikke-PCR-baseret. Systemet kan kobles med flowcytometri eller massecytometri for at muliggøre celletypespecifik methyleringsdetektion. (enkeltcellet, locus-specifik methyleringsdetektion, scLSM-FACS) (4) Efterforskerne vil identificere en ny methyleringssignatur bestående af tumor-afledte og immun-afledte biomarkører til tidlig påvisning af lungekræft.