Rozwój mikroflory jelitowej u wcześniaków i przeszczep kału matki (PREFLOR)

Na Oddziale Położnictwa Szpitala Uniwersyteckiego w Helsinkach zrekrutujemy 36 kobiet w ciąży (po uwzględnieniu pozytywnego wyniku badań przesiewowych) pomiędzy 29 a 34 tygodniem ciąży, na przykład ze stanem przedrzucawkowym lub niewydolnością szyjki macicy, ale poza tym zdrowych. Próbka kału matki jest dokładnie sprawdzana pod kątem chorób zakaźnych. Naszym celem jest rekrutacja 18 matek z negatywnymi próbkami do badań przesiewowych.

Niemowlęta rodzą się w 30-35 tygodniu ciąży drogą pochwową lub metodą cesarską. Grupa A (grupa badana): 10 wcześniaków urodzonych metodą CS. Niemowlętom tym zostanie podany matczyny FMT, jeśli tolerują one mleko w dawce 40 ml/dobę. Grupa B (grupa porównawcza): 8 wcześniaków pochodzących od matek, które uzyskały wynik negatywny w badaniach przesiewowych oraz 4 niemowlęta od matek, które uzyskały pozytywny wynik w próbkach przesiewowych (w przypadku pozytywnego wyniku w postaci łagodnego patogenu, np. Dientamoeba fragilis lub Blastocystis hominis) urodzonych przez CS. W przypadku antybiotykoterapii niemowlęcia przeszczep wykonuje się nie wcześniej niż 48 godzin od ostatniej dawki, ale nie później niż w 7. dniu życia. Grupa C: Grupa porównawcza wcześniaków urodzonych drogami natury w 30-35 tygodniu ciąży. Dla grupy porównawczej pobiera się, jak w pozostałych grupach, wyłącznie próbki kału.

W przypadku grupy A krew pobierana jest w dniu przeszczepu oraz 1 i 3 dni po przeszczepieniu. Próbki są takie same jak w badaniu głównym SECFLOR: próbki badawcze i ocena rutynowych markerów stanu zapalnego (takich jak CBC i CRP).

Z grupy porównawczej (B) pobiera się próbki CRP i morfologii krwi zgodnie z zaleceniem lekarza prowadzącego. W celu oceny markerów immunologicznych pobiera się próbkę o objętości 1 ml w wieku 5-7 dni wraz z próbkami krwi zleconymi przez lekarza prowadzącego. Z grupy, w której poród odbywał się drogą pochwową, nie są pobierane żadne dodatkowe próbki.

Ze wszystkich grup: Pobiera się próbkę smółki, a następnie kału w dniu przeszczepu oraz dwa dni po i począwszy od 1. tygodnia życia co tydzień aż do 4. tygodnia życia lub do wypisu z oddziału intensywnej terapii. Po wypisaniu rodzice pobiorą próbkę kału dziecka w wieku 3, 6, 9 i 12 miesięcy.

Od wszystkich dzieci urodzonych metodą CS (grupa A i B) w wieku trzech i sześciu miesięcy pobiera się próbki krwi o objętości 1–3 ml w celu oceny rozwoju odporności.

Metody Próbki kału: Matki proszone są o dostarczenie próbki świeżego kału w 29-34 tygodniu. Jest ono przetwarzane w celu izolacji DNA i przechowywane w soli fizjologicznej i glicerynie. Dostarczony jest domowy zestaw do pobierania próbek kału matki i dziecka z pieluszek. Mikroflorę jelitową matek i niemowląt określa się za pomocą analizy opartej na 16S rRNA i sekwencjonowaniu nowej generacji. DNA z kału ekstrahuje się poprzez wielokrotne ubijanie kulek i przetwarza w celu sekwencjonowania przy użyciu wcześniej zdefiniowanych starterów. Ekstrakcje DNA i przebiegi MiSeq obejmują wewnętrzne próbki referencyjne i próbną społeczność. Zasadniczo zostanie przeprowadzona analiza metagenomiczna. Geny oporności zostaną scharakteryzowane poprzez mapowanie odczytów metagenomicznych nukleotyd na nukleotyd w bazach danych CARD i Resfinder w celu wyszukiwania nabytych genów oporności na antybiotyki (ARG).

Próbki krwi: Rozwój wszystkich głównych populacji komórek odpornościowych analizuje się za pomocą cytometrii masowej, a 267 białek osocza za pomocą testów immunologicznych. Pobiera się około 100 ul krwi pełnej do analizy metodą cytometrii masowej i miesza ze stabilizatorem komórek pełnej krwi Cytodelics w stosunku 1:1, inkubuje w temperaturze pokojowej przez 10 minut i przenosi do zamrażarki o temperaturze 80°C w celu długotrwałego przechowywania w oczekiwaniu na analizę. Otrzymuje się próbki osocza, PBMC izoluje się metodą separacji w oparciu o gradient gęstości.