Ocena MiSeq do identyfikacji drobnoustrojów w próbkach

Celem tego badania jest ocena i optymalizacja testów wykorzystujących instrument do sekwencjonowania DNA nowej generacji, Illumina MiSeq, wraz z powiązaną infrastrukturą komputerową i oprogramowaniem bioinformatycznym wymaganym do analizy sekwencji. System ten jest ostatecznie przeznaczony do użytku przez Departament Medycyny Laboratoryjnej Centrum Klinicznego NIH w celu identyfikacji czynników zakaźnych w pierwotnych próbkach pacjentów. Oczekuje się, że techniki sekwencjonowania nowej generacji oparte na sekwencjonowaniu całkowitego DNA z próbek pierwotnych będą miały wiele zalet w porównaniu z klasycznymi metodami mikrobiologicznymi. Obejmują one wykrywanie patogenów bezpośrednio z próbek pierwotnych, których hodowla może być trudna lub niemożliwa.

W tym badaniu odrzucone próbki pacjentów i materiał z sekcji zwłok zostaną przetestowane za pomocą systemu MiSeq w celu identyfikacji i klasyfikacji bakterii, wirusów i innych patogenów. Do celów tego badania termin próbki będzie odnosił się do dowolnej próbki, takiej jak wymazy, biopsje tkanek, krew, kał, ślina, mocz, rana itp. Badacze analizujący wyniki sekwencjonowania nie będą znali wyników hodowli mikrobiologicznej dla walidacyjnego podzbioru próbek, które mają być testowane za pomocą systemu MiSeq. Wyniki analizy MiSeq zostaną przekształcone w postać, którą można porównać z oficjalnymi wynikami hodowli Microbiology Services przechowywanymi w laboratoryjnym systemie informatycznym (oprogramowanie firmy SCC SOFT Computer [Clearwater, FL, USA]).