Valutazione di MiSeq per l'identificazione microbica nei campioni

Lo scopo di questo studio è valutare e ottimizzare i test che utilizzano uno strumento di sequenziamento del DNA di nuova generazione, Illumina MiSeq, insieme all'infrastruttura informatica associata e al software di bioinformatica necessari per l'analisi della sequenza. Questo sistema è infine destinato all'uso da parte del Dipartimento di medicina di laboratorio del Centro clinico NIH per identificare gli agenti infettivi nei campioni dei pazienti primari. Si prevede che le tecniche di sequenziamento di nuova generazione basate sul sequenziamento del DNA totale da campioni primari presentino molti vantaggi rispetto agli approcci microbiologici classici. Questi includono il rilevamento di agenti patogeni direttamente da campioni primari che possono essere difficili o impossibili da coltivare.

In questo studio, i campioni dei pazienti scartati e il materiale dell'autopsia saranno testati con il sistema MiSeq per identificare e classificare batteri, virus e altri agenti patogeni. Ai fini di questo studio, il termine campioni si riferirà a qualsiasi campione come tamponi, biopsie tissutali, sangue, feci, saliva, urina, ferita, ecc. Gli investigatori che analizzano i risultati del sequenziamento saranno all'oscuro dei risultati della coltura microbiologica per un sottoinsieme di campioni di convalida da testare con il sistema MiSeq. I risultati dell'analisi MiSeq saranno convertiti in un formato che può essere confrontato con i risultati della coltura ufficiale dei servizi di microbiologia che sono memorizzati nel sistema informatico del laboratorio (software di SCC SOFT Computer [Clearwater, FL, USA]).