Evaluering af MiSeq til mikrobiel identifikation i prøver

Formålet med denne undersøgelse er at evaluere og optimere test, der bruger et næste generations DNA-sekventeringsinstrument, Illumina MiSeq, sammen med den tilhørende computerinfrastruktur og bioinformatiksoftware, der kræves til sekvensanalyse. Dette system er i sidste ende beregnet til brug af NIH Clinical Center Department of Laboratory Medicine til at identificere infektiøse agenser i primære patientprøver. Næste generations sekventeringsteknikker baseret på sekventering af totalt DNA fra primære prøver forventes at have mange fordele i forhold til klassiske mikrobiologiske tilgange. Disse omfatter påvisning af patogener direkte fra primære prøver, som kan være vanskelige eller umulige at dyrke.

I denne undersøgelse vil kasserede patientprøver og obduktionsmateriale blive testet med MiSeq-systemet for at identificere og klassificere bakterier, vira og andre patogener. Med henblik på denne undersøgelse vil udtrykket prøver referere til enhver prøve såsom podninger, vævsbiopsier, blod, afføring, spyt, urin, sår osv. Efterforskerne, der analyserer sekventeringsresultaterne, vil blive blindet over for mikrobiologiske kulturresultater for en valideringsundergruppe af prøver, der skal testes med MiSeq-systemet. Resultaterne af MiSeq-analysen vil blive konverteret til en form, der kan sammenlignes med Microbiology Services officielle dyrkningsresultater, der er gemt i laboratoriets informationssystem (software fra SCC SOFT Computer [Clearwater, FL, USA]).