Evaluatie van MiSeq voor microbiële identificatie in monsters

Het doel van deze studie is het evalueren en optimaliseren van tests die gebruik maken van een DNA-sequencing-instrument van de volgende generatie, Illumina MiSeq, samen met de bijbehorende computerinfrastructuur en bio-informaticasoftware die nodig is voor sequentieanalyse. Dit systeem is uiteindelijk bedoeld voor gebruik door de afdeling Laboratoriumgeneeskunde van het NIH Clinical Center om infectieuze agentia in primaire patiëntenmonsters te identificeren. Sequencing-technieken van de volgende generatie, gebaseerd op sequentiebepaling van totaal DNA van primaire monsters, zullen naar verwachting veel voordelen hebben ten opzichte van klassieke microbiologische benaderingen. Deze omvatten de detectie van ziekteverwekkers rechtstreeks van primaire exemplaren die moeilijk of onmogelijk te kweken zijn.

In deze studie zullen weggegooide patiëntmonsters en autopsiemateriaal worden getest met het MiSeq-systeem om bacteriën, virussen en andere ziekteverwekkers te identificeren en te classificeren. Voor de doeleinden van dit onderzoek verwijst de term monsters naar elk monster zoals uitstrijkjes, weefselbiopten, bloed, ontlasting, speeksel, urine, wond, enz. De onderzoekers die de sequentieresultaten analyseren, zijn blind voor de microbiologische kweekresultaten voor een validatiesubset van monsters die met het MiSeq-systeem moeten worden getest. De resultaten van de MiSeq-analyse worden omgezet in een vorm die kan worden vergeleken met de officiële kweekresultaten van Microbiology Services die zijn opgeslagen in het laboratoriuminformatiesysteem (software van SCC SOFT Computer [Clearwater, FL, VS]).