Bewertung von MiSeq für die mikrobielle Identifizierung in Proben

Der Zweck dieser Studie ist die Bewertung und Optimierung von Tests, die ein DNA-Sequenzierungsinstrument der nächsten Generation, Illumina MiSeq, zusammen mit der zugehörigen Computerinfrastruktur und der für die Sequenzanalyse erforderlichen Bioinformatik-Software verwenden. Dieses System ist letztendlich für die Verwendung durch das NIH Clinical Center Department of Laboratory Medicine vorgesehen, um Infektionserreger in primären Patientenproben zu identifizieren. Es wird erwartet, dass Sequenzierungstechniken der nächsten Generation, die auf der Sequenzierung von Gesamt-DNA aus Primärproben basieren, viele Vorteile gegenüber klassischen mikrobiologischen Ansätzen haben werden. Dazu gehört der Nachweis von Krankheitserregern direkt aus Primärproben, die möglicherweise nur schwer oder gar nicht kultiviert werden können.

In dieser Studie werden verworfene Patientenproben und Autopsiematerial mit dem MiSeq-System getestet, um Bakterien, Viren und andere Krankheitserreger zu identifizieren und zu klassifizieren. Für die Zwecke dieser Studie bezieht sich der Begriff Proben auf alle Proben wie Abstriche, Gewebebiopsien, Blut, Kot, Speichel, Urin, Wunde usw. Die Ermittler, die die Sequenzierungsergebnisse analysieren, werden gegenüber den mikrobiologischen Kulturergebnissen für eine Validierungsuntergruppe von Proben, die mit dem MiSeq-System getestet werden sollen, verblindet. Die Ergebnisse der MiSeq-Analyse werden in eine Form umgewandelt, die mit den offiziellen Kulturergebnissen des Microbiology Services verglichen werden kann, die im Laborinformationssystem (Software von SCC SOFT Computer [Clearwater, FL, USA]) gespeichert sind.