Lung HIV Microbiome Project (Michigan Site) (LHMP)
14 de setembro de 2016 atualizado por: Jeffrey L. Curtis, University of Michigan
Understanding the Lung Microbiome in HIV-Infected & HIV-Uninfected Individuals
In its original phase, this cohort study recruited subjects who were either HIV-positive or HIV-negative healthy controls, to analyze the community structure of the lung microbiome. Original recruitment was planned to occur both at the University of Michigan Medical Center and clinics, and at VA Ann Arbor Healthcare System.
Enrollment for the original cohort is completed, and all current activity of this project is occurring at VA Ann Arbor, where both Veteran subjects and non-Veteran subjects are eligible to participate. This study is currently recruiting only healthy HIV-negative subjects. Participation, described below, involves a research bronchoscopy procedure.
Visão geral do estudo
Status
Concluído
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
This is a non-interventional cohort study with single time point cross-sectional comparisons and longitudinal analyses, with the primary study aims of: evaluating how the immune deficiency associated with HIV infection influences the lung microbiome and lung function, and evaluating changes in lung microbiota over time.
The study also aims to characterize the microbiome of the lower respiratory tract, determine the relationship between the lower respiratory Microbiome and the upper respiratory and gastrointestinal tract microbiomes, evaluate the influence of smoking on the microbiome compared with the influence of smoking on pulmonary function and respiratory systems, and to evaluate how Pneumocystis infection influences HIV-infected and HIV-uninfected individuals.
Tipo de estudo
Observacional
Inscrição (Real)
59
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Locais de estudo
-
-
Michigan
-
Ann Arbor, Michigan, Estados Unidos, 48105
- VA Ann Arbor Healthcare System
-
-
Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
18 anos a 80 anos (Adulto, Adulto mais velho)
Aceita Voluntários Saudáveis
Não
Gêneros Elegíveis para o Estudo
Tudo
Método de amostragem
Amostra Não Probabilística
População do estudo
Healthy individuals with no more than mild treated chronic diseases that would not preclude a research bronchoscopy under moderate conscious sedation.
Both never-smokers and active smokers are welcome.
Descrição
Inclusion Criteria:
- Negative HIV testing (by ELISA) during initial study visit
- No signs of respiratory infection at enrollment, such as: fever; recent change in quantity of quality of sputum; chest pain; recent change in shortness of breath or exertional activity
- Willing and able to sign the informed consent document
- If female of child-bearing potential, negative pregnancy test during initial study visit
Exclusion Criteria:
- Pregnancy
- Signs or symptoms of respiratory infection at enrollment
- Unwilling or unable to sign the informed consent document
- Unstable heart disease
- Other systemic disease and unlikely to survive at least 2 years
- Mental incompetence
- Participation in another interventional protocol within the last 6 weeks
- Use of antibiotics for a lung infection within the last 4 weeks
- Renal Failure (creatinine >3)
- Child's Class C Cirrhosis
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Modelos de observação: Caso-somente
- Perspectivas de Tempo: Prospectivo
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
|
healthy volunteers
no intervention to be administered in this observational study, although all participants will undergo fiberoptic bronchoscopy.
|
All subjects will undergo a research fiberoptic bronchoscopy under moderate conscious sedation.
There is no randomization
|
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Lung bacterial microbiome community structure
Prazo: at time of bronchoscopy
|
biological samples will be analyzed by culture-independent microbiological and bioinformatic techniques to determine the constituent members of the bacterial microbiome at each sampled site, to the level of "operational taxonomic unit" at 97% similarity to published sequences.
|
at time of bronchoscopy
|
Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: Jeffrey L. Curtis, MD, Professor of Internal Medicine & Staff Physician, VA Ann Arbor
Publicações e links úteis
A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.
Publicações Gerais
- Twigg HL 3rd, Morris A, Ghedin E, Curtis JL, Huffnagle GB, Crothers K, Campbell TB, Flores SC, Fontenot AP, Beck JM, Huang L, Lynch S, Knox KS, Weinstock G; Lung HIV Microbiome Project. Use of bronchoalveolar lavage to assess the respiratory microbiome: signal in the noise. Lancet Respir Med. 2013 Jul;1(5):354-6. doi: 10.1016/S2213-2600(13)70117-6. Epub 2013 Jul 8. No abstract available.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Huffnagle GB. The role of the bacterial microbiome in lung disease. Expert Rev Respir Med. 2013 Jun;7(3):245-57. doi: 10.1586/ers.13.24.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Freeman CM, Walker N, Scales BS, Beck JM, Martinez FJ, Curtis JL, Lama VN, Huffnagle GB. Changes in the lung microbiome following lung transplantation include the emergence of two distinct Pseudomonas species with distinct clinical associations. PLoS One. 2014 May 15;9(5):e97214. doi: 10.1371/journal.pone.0097214. eCollection 2014.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Huffnagle GB. Towards an ecology of the lung: new conceptual models of pulmonary microbiology and pneumonia pathogenesis. Lancet Respir Med. 2014 Mar;2(3):238-46. doi: 10.1016/S2213-2600(14)70028-1.
- Dickson RP, Martinez FJ, Huffnagle GB. The role of the microbiome in exacerbations of chronic lung diseases. Lancet. 2014 Aug 23;384(9944):691-702. doi: 10.1016/S0140-6736(14)61136-3.
- Scales BS, Dickson RP, LiPuma JJ, Huffnagle GB. Microbiology, genomics, and clinical significance of the Pseudomonas fluorescens species complex, an unappreciated colonizer of humans. Clin Microbiol Rev. 2014 Oct;27(4):927-48. doi: 10.1128/CMR.00044-14.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Prescott HC, Martinez FJ, Curtis JL, Lama VN, Huffnagle GB. Intraalveolar Catecholamines and the Human Lung Microbiome. Am J Respir Crit Care Med. 2015 Jul 15;192(2):257-9. doi: 10.1164/rccm.201502-0326LE. No abstract available.
- Curtis JL, Freeman CM, Huffnagle GB. "B" for Bad, Beneficial, or Both? Lung Lymphoid Neogenesis in Chronic Obstructive Pulmonary Disease. Am J Respir Crit Care Med. 2015 Sep 15;192(6):648-51. doi: 10.1164/rccm.201506-1230ED. No abstract available.
- Curtis JL, Freeman CM. Why do we need a nonhuman primate model of smoking-induced COPD? Am J Pathol. 2015 Mar;185(3):610-3. doi: 10.1016/j.ajpath.2014.12.002. Epub 2015 Jan 7.
- Huang YJ, Erb-Downward JR, Dickson RP, Curtis JL, Huffnagle GB, Han MK. Understanding the role of the microbiome in chronic obstructive pulmonary disease: principles, challenges, and future directions. Transl Res. 2017 Jan;179:71-83. doi: 10.1016/j.trsl.2016.06.007. Epub 2016 Jun 23.
- Adar SD, Huffnagle GB, Curtis JL. The respiratory microbiome: an underappreciated player in the human response to inhaled pollutants? Ann Epidemiol. 2016 May;26(5):355-9. doi: 10.1016/j.annepidem.2016.03.010. Epub 2016 Apr 7.
- Lozupone C, Cota-Gomez A, Palmer BE, Linderman DJ, Charlson ES, Sodergren E, Mitreva M, Abubucker S, Martin J, Yao G, Campbell TB, Flores SC, Ackerman G, Stombaugh J, Ursell L, Beck JM, Curtis JL, Young VB, Lynch SV, Huang L, Weinstock GM, Knox KS, Twigg H, Morris A, Ghedin E, Bushman FD, Collman RG, Knight R, Fontenot AP; Lung HIV Microbiome Project. Widespread colonization of the lung by Tropheryma whipplei in HIV infection. Am J Respir Crit Care Med. 2013 May 15;187(10):1110-7. doi: 10.1164/rccm.201211-2145OC.
- Morris A, Beck JM, Schloss PD, Campbell TB, Crothers K, Curtis JL, Flores SC, Fontenot AP, Ghedin E, Huang L, Jablonski K, Kleerup E, Lynch SV, Sodergren E, Twigg H, Young VB, Bassis CM, Venkataraman A, Schmidt TM, Weinstock GM; Lung HIV Microbiome Project. Comparison of the respiratory microbiome in healthy nonsmokers and smokers. Am J Respir Crit Care Med. 2013 May 15;187(10):1067-75. doi: 10.1164/rccm.201210-1913OC.
- Beck JM, Schloss PD, Venkataraman A, Twigg H 3rd, Jablonski KA, Bushman FD, Campbell TB, Charlson ES, Collman RG, Crothers K, Curtis JL, Drews KL, Flores SC, Fontenot AP, Foulkes MA, Frank I, Ghedin E, Huang L, Lynch SV, Morris A, Palmer BE, Schmidt TM, Sodergren E, Weinstock GM, Young VB; Lung HIV Microbiome Project. Multicenter Comparison of Lung and Oral Microbiomes of HIV-infected and HIV-uninfected Individuals. Am J Respir Crit Care Med. 2015 Dec 1;192(11):1335-44. doi: 10.1164/rccm.201501-0128OC.
- Erb-Downward JR, Sadighi Akha AA, Wang J, Shen N, He B, Martinez FJ, Gyetko MR, Curtis JL, Huffnagle GB. Use of direct gradient analysis to uncover biological hypotheses in 16s survey data and beyond. Sci Rep. 2012;2:774. doi: 10.1038/srep00774. Epub 2012 Oct 26.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Prescott HC, Martinez FJ, Curtis JL, Lama VN, Huffnagle GB. Cell-associated bacteria in the human lung microbiome. Microbiome. 2014 Aug 18;2:28. doi: 10.1186/2049-2618-2-28. eCollection 2014.
- Venkataraman A, Bassis CM, Beck JM, Young VB, Curtis JL, Huffnagle GB, Schmidt TM. Application of a neutral community model to assess structuring of the human lung microbiome. mBio. 2015 Jan 20;6(1):e02284-14. doi: 10.1128/mBio.02284-14.
- Bassis CM, Erb-Downward JR, Dickson RP, Freeman CM, Schmidt TM, Young VB, Beck JM, Curtis JL, Huffnagle GB. Analysis of the upper respiratory tract microbiotas as the source of the lung and gastric microbiotas in healthy individuals. mBio. 2015 Mar 3;6(2):e00037. doi: 10.1128/mBio.00037-15.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Freeman CM, McCloskey L, Beck JM, Huffnagle GB, Curtis JL. Spatial Variation in the Healthy Human Lung Microbiome and the Adapted Island Model of Lung Biogeography. Ann Am Thorac Soc. 2015 Jun;12(6):821-30. doi: 10.1513/AnnalsATS.201501-029OC.
- Erb-Downward JR, Thompson DL, Han MK, Freeman CM, McCloskey L, Schmidt LA, Young VB, Toews GB, Curtis JL, Sundaram B, Martinez FJ, Huffnagle GB. Analysis of the lung microbiome in the "healthy" smoker and in COPD. PLoS One. 2011 Feb 22;6(2):e16384. doi: 10.1371/journal.pone.0016384.
- Qin S, Clausen E, Lucht L, Michael H, Beck JM, Curtis JL, Freeman CM, Morris A. Presence of Tropheryma whipplei in Different Body Sites in a Cohort of Healthy Subjects. Am J Respir Crit Care Med. 2016 Jul 15;194(2):243-5. doi: 10.1164/rccm.201601-0162LE. No abstract available.
- Dickson RP, Erb-Downward JR, Freeman CM, McCloskey L, Falkowski NR, Huffnagle GB, Curtis JL. Bacterial Topography of the Healthy Human Lower Respiratory Tract. mBio. 2017 Feb 14;8(1):e02287-16. doi: 10.1128/mBio.02287-16.
Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo
1 de outubro de 2009
Conclusão Primária (Real)
1 de abril de 2015
Conclusão do estudo (Real)
1 de abril de 2015
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
12 de março de 2015
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
12 de março de 2015
Primeira postagem (Estimativa)
18 de março de 2015
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Estimativa)
16 de setembro de 2016
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
14 de setembro de 2016
Última verificação
1 de setembro de 2016
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- Curtis 0036
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Sim
Descrição do plano IPD
deidentified data and biological specimens deposited with NIH BioLNCC
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