PaCIFiC-CUP классифицирует рак неизвестной первичной формы
22 апреля 2026 г. обновлено: Xiao-Peng Tian, Sun Yat-sen University
PaCIFiC-CUP: Интегрированный панраковый классификатор отпечатков пальцев для определения происхождения рака неизвестного первичного рака: многоцентровое двунаправленное когортное исследование
Это исследование направлено на первоначальное использование машинного обучения на данных о метилировании панраковой ДНК из общедоступных баз данных для создания модели классификации метилирования ДНК (PaCIFiC-CUP, интегрированный классификатор CUP для пан-раковых отпечатков пальцев) для диагностики различных типов рака, особенно первичного локализации. рака неизвестного первичного происхождения.
Цель состоит в том, чтобы поставить диагноз типа раковой патологии путем анализа закономерностей метилирования ДНК образцов рака, тем самым определяя последующее точное лечение рака.
Обзор исследования
Статус
Рекрутинг
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
120
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Контакты исследования
- Имя: Yiyang Zhang
- Номер телефона: +8615652797092
- Электронная почта: zhangyy@sysucc.org.cn
Места учебы
-
-
Guangdong
-
Guangzhou, Guangdong, Китай, 510060
- Рекрутинг
- Sun yat-sen University Cancer Center
-
Контакт:
- Yiyang Zhang
- Номер телефона: +8615652797092
- Электронная почта: zhangyy@sysucc.org.cn
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Популяция исследования состоит из пациентов с диагнозом CUP, которые соответствуют критериям включения и исключения.
Описание
Критерии включения:
- Образцы пациентов были получены из Онкологического центра Университета Сунь Ятсена и дочерних сотрудничающих центров с письменного согласия пациентов, разрешающего использование образцов в исследовательских целях.
- После стандартных обследований (история болезни, физикальное обследование, общий анализ крови, биохимия, компьютерная томография шеи, грудной клетки, живота и таза, целевая оценка всех симптоматических областей, патологии и иммуногистохимии) диагноз был установлен как первичный. опухоль неизвестной локализации (включая аденокарциному, плоскоклеточный рак, недифференцированный рак, нейроэндокринный рак, саркому и т. д.).
- Диагноз был подтвержден в участвующем учреждении, и пациент получил системную терапию.
- Могут быть получены полные клинические, патологические данные и данные последующего наблюдения за пациентами.
- Оценка статуса работоспособности ECOG: 0-2 балла.
Критерий исключения:
- Беременные или кормящие женщины.
- Размер образца опухолевой ткани слишком мал (опухолевая ткань составляет <70% в ткани биопсии или среза).
- Трансплантация органов или неаутологичная (аллогенная) трансплантация костного мозга или стволовых клеток в анамнезе.
- История предыдущих опухолей, при этом текущее состояние представляет собой рецидивирующую опухоль.
- Гематологические злокачественные новообразования (за исключением лимфомы).
- Другие заболевания, которые могут серьезно повлиять на выживаемость пациентов, такие как тяжелые сердечно-сосудистые или цереброваскулярные заболевания, сепсис, тяжелые травмы или ожоги и т. д.
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
|---|
|
Группа узкоспециализированной терапии
Эти пациенты с раком неизвестной первичной формы получали сайт-специфическую терапию, которая соответствовала конкретному сайту, предсказанному классификатором метилирования ДНК.
|
|
Группа эмпирической терапии
Эти пациенты с раком неизвестной первичной формы получали эмпирическую терапию, которая не соответствовала конкретному участку, предсказанному классификатором метилирования ДНК.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Общая выживаемость
Временное ограничение: От даты постановки диагноза до даты смерти по любой причине, по оценкам, до 24 месяцев.
|
Общая выживаемость относится к продолжительности жизни человека после того, как у него диагностирован рак неизвестной первичной формы, независимо от какой-либо конкретной причины смерти.
|
От даты постановки диагноза до даты смерти по любой причине, по оценкам, до 24 месяцев.
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Выживаемость без прогрессирования
Временное ограничение: От даты постановки диагноза до даты первого документированного прогрессирования или даты смерти по любой причине, в зависимости от того, что наступило раньше, оценивается до 24 месяцев.
|
Выживаемость без прогрессирования — это период времени, в течение которого пациент с раком неизвестной первичной формы остается живым без каких-либо признаков или симптомов прогрессирования заболевания.
|
От даты постановки диагноза до даты первого документированного прогрессирования или даты смерти по любой причине, в зависимости от того, что наступило раньше, оценивается до 24 месяцев.
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Спонсор
Соавторы
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Kramer A, Bochtler T, Pauli C, Baciarello G, Delorme S, Hemminki K, Mileshkin L, Moch H, Oien K, Olivier T, Patrikidou A, Wasan H, Zarkavelis G, Pentheroudakis G, Fizazi K; ESMO Guidelines Committee. Electronic address: clinicalguidelines@esmo.org. Cancer of unknown primary: ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol. 2023 Mar;34(3):228-246. doi: 10.1016/j.annonc.2022.11.013. Epub 2022 Dec 20. No abstract available.
- Paziewska A, Dabrowska M, Goryca K, Antoniewicz A, Dobruch J, Mikula M, Jarosz D, Zapala L, Borowka A, Ostrowski J. DNA methylation status is more reliable than gene expression at detecting cancer in prostate biopsy. Br J Cancer. 2014 Aug 12;111(4):781-9. doi: 10.1038/bjc.2014.337. Epub 2014 Jun 17.
- Wehmas LC, Hester SD, Wood CE. Direct formalin fixation induces widespread transcriptomic effects in archival tissue samples. Sci Rep. 2020 Sep 2;10(1):14497. doi: 10.1038/s41598-020-71521-w.
- Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, Koelsche C, Sahm F, Chavez L, Reuss DE, Kratz A, Wefers AK, Huang K, Pajtler KW, Schweizer L, Stichel D, Olar A, Engel NW, Lindenberg K, Harter PN, Braczynski AK, Plate KH, Dohmen H, Garvalov BK, Coras R, Holsken A, Hewer E, Bewerunge-Hudler M, Schick M, Fischer R, Beschorner R, Schittenhelm J, Staszewski O, Wani K, Varlet P, Pages M, Temming P, Lohmann D, Selt F, Witt H, Milde T, Witt O, Aronica E, Giangaspero F, Rushing E, Scheurlen W, Geisenberger C, Rodriguez FJ, Becker A, Preusser M, Haberler C, Bjerkvig R, Cryan J, Farrell M, Deckert M, Hench J, Frank S, Serrano J, Kannan K, Tsirigos A, Bruck W, Hofer S, Brehmer S, Seiz-Rosenhagen M, Hanggi D, Hans V, Rozsnoki S, Hansford JR, Kohlhof P, Kristensen BW, Lechner M, Lopes B, Mawrin C, Ketter R, Kulozik A, Khatib Z, Heppner F, Koch A, Jouvet A, Keohane C, Muhleisen H, Mueller W, Pohl U, Prinz M, Benner A, Zapatka M, Gottardo NG, Driever PH, Kramm CM, Muller HL, Rutkowski S, von Hoff K, Fruhwald MC, Gnekow A, Fleischhack G, Tippelt S, Calaminus G, Monoranu CM, Perry A, Jones C, Jacques TS, Radlwimmer B, Gessi M, Pietsch T, Schramm J, Schackert G, Westphal M, Reifenberger G, Wesseling P, Weller M, Collins VP, Blumcke I, Bendszus M, Debus J, Huang A, Jabado N, Northcott PA, Paulus W, Gajjar A, Robinson GW, Taylor MD, Jaunmuktane Z, Ryzhova M, Platten M, Unterberg A, Wick W, Karajannis MA, Mittelbronn M, Acker T, Hartmann C, Aldape K, Schuller U, Buslei R, Lichter P, Kool M, Herold-Mende C, Ellison DW, Hasselblatt M, Snuderl M, Brandner S, Korshunov A, von Deimling A, Pfister SM. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 22;555(7697):469-474. doi: 10.1038/nature26000. Epub 2018 Mar 14.
- Koelsche C, Schrimpf D, Stichel D, Sill M, Sahm F, Reuss DE, Blattner M, Worst B, Heilig CE, Beck K, Horak P, Kreutzfeldt S, Paff E, Stark S, Johann P, Selt F, Ecker J, Sturm D, Pajtler KW, Reinhardt A, Wefers AK, Sievers P, Ebrahimi A, Suwala A, Fernandez-Klett F, Casalini B, Korshunov A, Hovestadt V, Kommoss FKF, Kriegsmann M, Schick M, Bewerunge-Hudler M, Milde T, Witt O, Kulozik AE, Kool M, Romero-Perez L, Grunewald TGP, Kirchner T, Wick W, Platten M, Unterberg A, Uhl M, Abdollahi A, Debus J, Lehner B, Thomas C, Hasselblatt M, Paulus W, Hartmann C, Staszewski O, Prinz M, Hench J, Frank S, Versleijen-Jonkers YMH, Weidema ME, Mentzel T, Griewank K, de Alava E, Martin JD, Gastearena MAI, Chang KT, Low SYY, Cuevas-Bourdier A, Mittelbronn M, Mynarek M, Rutkowski S, Schuller U, Mautner VF, Schittenhelm J, Serrano J, Snuderl M, Buttner R, Klingebiel T, Buslei R, Gessler M, Wesseling P, Dinjens WNM, Brandner S, Jaunmuktane Z, Lyskjaer I, Schirmacher P, Stenzinger A, Brors B, Glimm H, Heining C, Tirado OM, Sainz-Jaspeado M, Mora J, Alonso J, Del Muro XG, Moran S, Esteller M, Benhamida JK, Ladanyi M, Wardelmann E, Antonescu C, Flanagan A, Dirksen U, Hohenberger P, Baumhoer D, Hartmann W, Vokuhl C, Flucke U, Petersen I, Mechtersheimer G, Capper D, Jones DTW, Frohling S, Pfister SM, von Deimling A. Sarcoma classification by DNA methylation profiling. Nat Commun. 2021 Jan 21;12(1):498. doi: 10.1038/s41467-020-20603-4.
- Hovestadt V, Remke M, Kool M, Pietsch T, Northcott PA, Fischer R, Cavalli FM, Ramaswamy V, Zapatka M, Reifenberger G, Rutkowski S, Schick M, Bewerunge-Hudler M, Korshunov A, Lichter P, Taylor MD, Pfister SM, Jones DT. Robust molecular subgrouping and copy-number profiling of medulloblastoma from small amounts of archival tumour material using high-density DNA methylation arrays. Acta Neuropathol. 2013 Jun;125(6):913-6. doi: 10.1007/s00401-013-1126-5. Epub 2013 May 14. No abstract available.
- Pajtler KW, Witt H, Sill M, Jones DT, Hovestadt V, Kratochwil F, Wani K, Tatevossian R, Punchihewa C, Johann P, Reimand J, Warnatz HJ, Ryzhova M, Mack S, Ramaswamy V, Capper D, Schweizer L, Sieber L, Wittmann A, Huang Z, van Sluis P, Volckmann R, Koster J, Versteeg R, Fults D, Toledano H, Avigad S, Hoffman LM, Donson AM, Foreman N, Hewer E, Zitterbart K, Gilbert M, Armstrong TS, Gupta N, Allen JC, Karajannis MA, Zagzag D, Hasselblatt M, Kulozik AE, Witt O, Collins VP, von Hoff K, Rutkowski S, Pietsch T, Bader G, Yaspo ML, von Deimling A, Lichter P, Taylor MD, Gilbertson R, Ellison DW, Aldape K, Korshunov A, Kool M, Pfister SM. Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell. 2015 May 11;27(5):728-43. doi: 10.1016/j.ccell.2015.04.002.
- Sturm D, Orr BA, Toprak UH, Hovestadt V, Jones DTW, Capper D, Sill M, Buchhalter I, Northcott PA, Leis I, Ryzhova M, Koelsche C, Pfaff E, Allen SJ, Balasubramanian G, Worst BC, Pajtler KW, Brabetz S, Johann PD, Sahm F, Reimand J, Mackay A, Carvalho DM, Remke M, Phillips JJ, Perry A, Cowdrey C, Drissi R, Fouladi M, Giangaspero F, Lastowska M, Grajkowska W, Scheurlen W, Pietsch T, Hagel C, Gojo J, Lotsch D, Berger W, Slavc I, Haberler C, Jouvet A, Holm S, Hofer S, Prinz M, Keohane C, Fried I, Mawrin C, Scheie D, Mobley BC, Schniederjan MJ, Santi M, Buccoliero AM, Dahiya S, Kramm CM, von Bueren AO, von Hoff K, Rutkowski S, Herold-Mende C, Fruhwald MC, Milde T, Hasselblatt M, Wesseling P, Rossler J, Schuller U, Ebinger M, Schittenhelm J, Frank S, Grobholz R, Vajtai I, Hans V, Schneppenheim R, Zitterbart K, Collins VP, Aronica E, Varlet P, Puget S, Dufour C, Grill J, Figarella-Branger D, Wolter M, Schuhmann MU, Shalaby T, Grotzer M, van Meter T, Monoranu CM, Felsberg J, Reifenberger G, Snuderl M, Forrester LA, Koster J, Versteeg R, Volckmann R, van Sluis P, Wolf S, Mikkelsen T, Gajjar A, Aldape K, Moore AS, Taylor MD, Jones C, Jabado N, Karajannis MA, Eils R, Schlesner M, Lichter P, von Deimling A, Pfister SM, Ellison DW, Korshunov A, Kool M. New Brain Tumor Entities Emerge from Molecular Classification of CNS-PNETs. Cell. 2016 Feb 25;164(5):1060-1072. doi: 10.1016/j.cell.2016.01.015.
- Pisanic TR 2nd, Wang Y, Sun H, Considine M, Li L, Wang TH, Wang TL, Shih IM. Methylomic Landscapes of Ovarian Cancer Precursor Lesions. Clin Cancer Res. 2020 Dec 1;26(23):6310-6320. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-20-0270. Epub 2020 Aug 17.
- Muller D, Gyorffy B. DNA methylation-based diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in colorectal cancer. Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2022 May;1877(3):188722. doi: 10.1016/j.bbcan.2022.188722. Epub 2022 Mar 17.
- Liu MC, Oxnard GR, Klein EA, Swanton C, Seiden MV; CCGA Consortium. Sensitive and specific multi-cancer detection and localization using methylation signatures in cell-free DNA. Ann Oncol. 2020 Jun;31(6):745-759. doi: 10.1016/j.annonc.2020.02.011. Epub 2020 Mar 30.
- Nunes SP, Moreira-Barbosa C, Salta S, Palma de Sousa S, Pousa I, Oliveira J, Soares M, Rego L, Dias T, Rodrigues J, Antunes L, Henrique R, Jeronimo C. Cell-Free DNA Methylation of Selected Genes Allows for Early Detection of the Major Cancers in Women. Cancers (Basel). 2018 Sep 26;10(10):357. doi: 10.3390/cancers10100357.
- Moran S, Martinez-Cardus A, Sayols S, Musulen E, Balana C, Estival-Gonzalez A, Moutinho C, Heyn H, Diaz-Lagares A, de Moura MC, Stella GM, Comoglio PM, Ruiz-Miro M, Matias-Guiu X, Pazo-Cid R, Anton A, Lopez-Lopez R, Soler G, Longo F, Guerra I, Fernandez S, Assenov Y, Plass C, Morales R, Carles J, Bowtell D, Mileshkin L, Sia D, Tothill R, Tabernero J, Llovet JM, Esteller M. Epigenetic profiling to classify cancer of unknown primary: a multicentre, retrospective analysis. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1386-1395. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30297-2. Epub 2016 Aug 27.
- Zhang Z, Lu Y, Vosoughi S, Levy JJ, Christensen BC, Salas LA. HiTAIC: hierarchical tumor artificial intelligence classifier traces tissue of origin and tumor type in primary and metastasized tumors using DNA methylation. NAR Cancer. 2023 Apr 19;5(2):zcad017. doi: 10.1093/narcan/zcad017. eCollection 2023 Jun.
- Greco FA, Lennington WJ, Spigel DR, Hainsworth JD. Molecular profiling diagnosis in unknown primary cancer: accuracy and ability to complement standard pathology. J Natl Cancer Inst. 2013 Jun 5;105(11):782-90. doi: 10.1093/jnci/djt099. Epub 2013 May 2.
- Maros ME, Capper D, Jones DTW, Hovestadt V, von Deimling A, Pfister SM, Benner A, Zucknick M, Sill M. Machine learning workflows to estimate class probabilities for precision cancer diagnostics on DNA methylation microarray data. Nat Protoc. 2020 Feb;15(2):479-512. doi: 10.1038/s41596-019-0251-6. Epub 2020 Jan 13.
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
1 июля 2023 г.
Первичное завершение (Оцененный)
31 декабря 2026 г.
Завершение исследования (Оцененный)
31 декабря 2026 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
14 ноября 2023 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
20 ноября 2023 г.
Первый опубликованный (Действительный)
21 ноября 2023 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
23 апреля 2026 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
22 апреля 2026 г.
Последняя проверка
1 апреля 2026 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- PaCIFiC-CUP
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕТ
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
продукт, произведенный в США и экспортированный из США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .