PaCIFiC-CUP klasifikuje rakovinu neznámé primární
20. listopadu 2023 aktualizováno: Xiao-Peng Tian, Sun Yat-sen University
PaCIFiC-CUP: Integrovaný klasifikátor otisků prstů pro pan-Cancer pro identifikaci původu rakoviny neznámého primárního: Multicentrická obousměrná kohortová studie
Tato studie si klade za cíl zpočátku využít strojové učení na datech o metylaci DNA pan-rakovin z veřejných databází k sestavení modelu klasifikace metylace DNA (PaCIFiC-CUP, integrovaný klasifikátor otisků prstů pro pan-rakovinu CUP) pro diagnostiku různých typů rakoviny, zejména primární lokalizace. rakoviny neznámého primárního.
Cílem je dosáhnout diagnózy typu patologie rakoviny analýzou vzorců metylace DNA vzorků rakoviny, a tím vést k následné přesné léčbě rakoviny.
Přehled studie
Postavení
Nábor
Podmínky
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
160
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Yiyang Zhang
- Telefonní číslo: +8615652797092
- E-mail: zhangyy@sysucc.org.cn
Studijní místa
-
-
Guangdong
-
Guangzhou, Guangdong, Čína, 510060
- Nábor
- Sun Yat-Sen University Cancer Center
-
Kontakt:
- Yiyang Zhang
- Telefonní číslo: +8615652797092
- E-mail: zhangyy@sysucc.org.cn
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Populaci studie tvoří pacienti s diagnózou CUP, kteří splňují kritéria pro zařazení a vyloučení.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Vzorky pacientů byly získány z Centra pro rakovinu Sun Yat-sen University a přidružených spolupracujících center s písemným souhlasem pacientů povolujícím použití vzorků pro výzkumné účely.
- Po standardních vyšetřeních (anamnéza, fyzikální vyšetření, kompletní krevní obraz, biochemie, počítačové tomografie krku, hrudníku, břicha a pánve, cílené vyšetření všech symptomatických oblastí, patologie a imunohistochemie) byla diagnóza stanovena jako primární nádor v místě neznámého (včetně adenokarcinomu, spinocelulárního karcinomu, nediferencovaného karcinomu, neuroendokrinního karcinomu, sarkomu atd.).
- Diagnóza byla potvrzena na zúčastněném pracovišti a pacient podstoupil systémovou léčbu.
- Lze získat kompletní klinická, patologická a následná data pro pacienty.
- Skóre stavu výkonu ECOG: 0–2 body.
Kritéria vyloučení:
- Těhotné nebo kojící pacientky.
- Velikost vzorku nádorové tkáně je příliš malá (tkáň nádoru tvoří < 70 % v biopsii nebo tkáni řezu).
- Transplantace orgánu nebo anamnéza neautologní (alogenní) transplantace kostní dřeně nebo kmenových buněk.
- Předchozí nádory v anamnéze, současný stav je recidivující nádor.
- Hematologické malignity (kromě lymfomu).
- Další onemocnění, která mohou vážně ovlivnit přežití pacienta, jako jsou těžká kardiovaskulární nebo cerebrovaskulární onemocnění, sepse, těžká traumata nebo popáleniny atd.
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
|---|
|
Skupina pro specifické terapie
Tito pacienti s rakovinou neznámého primárního dostávali místně specifickou terapii, která odpovídala konkrétnímu místu predikovanému klasifikátorem methylace DNA.
|
|
Skupina empirické terapie
Tito pacienti s rakovinou neznámého primárního dostávali empirickou terapii, která neodpovídala konkrétnímu místu predikovanému klasifikátorem methylace DNA.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Celkové přežití
Časové okno: Od data diagnózy do data úmrtí z jakékoli příčiny, hodnoceno do 24 měsíců
|
Celkové přežití se týká délky doby, po kterou osoba žije poté, co byla diagnostikována rakovina neznámé primární povahy, bez ohledu na jakoukoli konkrétní příčinu smrti.
|
Od data diagnózy do data úmrtí z jakékoli příčiny, hodnoceno do 24 měsíců
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Přežití bez progrese
Časové okno: Od data diagnózy do data první zdokumentované progrese nebo data úmrtí z jakékoli příčiny, podle toho, co nastane dříve, hodnoceno až do 24 měsíců
|
Přežití bez progrese označuje dobu, po kterou pacient s rakovinou neznámého primárního typu zůstává naživu bez jakýchkoli známek nebo příznaků progrese onemocnění.
|
Od data diagnózy do data první zdokumentované progrese nebo data úmrtí z jakékoli příčiny, podle toho, co nastane dříve, hodnoceno až do 24 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Spolupracovníci
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Kramer A, Bochtler T, Pauli C, Baciarello G, Delorme S, Hemminki K, Mileshkin L, Moch H, Oien K, Olivier T, Patrikidou A, Wasan H, Zarkavelis G, Pentheroudakis G, Fizazi K; ESMO Guidelines Committee. Electronic address: clinicalguidelines@esmo.org. Cancer of unknown primary: ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol. 2023 Mar;34(3):228-246. doi: 10.1016/j.annonc.2022.11.013. Epub 2022 Dec 20. No abstract available.
- Paziewska A, Dabrowska M, Goryca K, Antoniewicz A, Dobruch J, Mikula M, Jarosz D, Zapala L, Borowka A, Ostrowski J. DNA methylation status is more reliable than gene expression at detecting cancer in prostate biopsy. Br J Cancer. 2014 Aug 12;111(4):781-9. doi: 10.1038/bjc.2014.337. Epub 2014 Jun 17.
- Wehmas LC, Hester SD, Wood CE. Direct formalin fixation induces widespread transcriptomic effects in archival tissue samples. Sci Rep. 2020 Sep 2;10(1):14497. doi: 10.1038/s41598-020-71521-w.
- Capper D, Jones DTW, Sill M, Hovestadt V, Schrimpf D, Sturm D, Koelsche C, Sahm F, Chavez L, Reuss DE, Kratz A, Wefers AK, Huang K, Pajtler KW, Schweizer L, Stichel D, Olar A, Engel NW, Lindenberg K, Harter PN, Braczynski AK, Plate KH, Dohmen H, Garvalov BK, Coras R, Holsken A, Hewer E, Bewerunge-Hudler M, Schick M, Fischer R, Beschorner R, Schittenhelm J, Staszewski O, Wani K, Varlet P, Pages M, Temming P, Lohmann D, Selt F, Witt H, Milde T, Witt O, Aronica E, Giangaspero F, Rushing E, Scheurlen W, Geisenberger C, Rodriguez FJ, Becker A, Preusser M, Haberler C, Bjerkvig R, Cryan J, Farrell M, Deckert M, Hench J, Frank S, Serrano J, Kannan K, Tsirigos A, Bruck W, Hofer S, Brehmer S, Seiz-Rosenhagen M, Hanggi D, Hans V, Rozsnoki S, Hansford JR, Kohlhof P, Kristensen BW, Lechner M, Lopes B, Mawrin C, Ketter R, Kulozik A, Khatib Z, Heppner F, Koch A, Jouvet A, Keohane C, Muhleisen H, Mueller W, Pohl U, Prinz M, Benner A, Zapatka M, Gottardo NG, Driever PH, Kramm CM, Muller HL, Rutkowski S, von Hoff K, Fruhwald MC, Gnekow A, Fleischhack G, Tippelt S, Calaminus G, Monoranu CM, Perry A, Jones C, Jacques TS, Radlwimmer B, Gessi M, Pietsch T, Schramm J, Schackert G, Westphal M, Reifenberger G, Wesseling P, Weller M, Collins VP, Blumcke I, Bendszus M, Debus J, Huang A, Jabado N, Northcott PA, Paulus W, Gajjar A, Robinson GW, Taylor MD, Jaunmuktane Z, Ryzhova M, Platten M, Unterberg A, Wick W, Karajannis MA, Mittelbronn M, Acker T, Hartmann C, Aldape K, Schuller U, Buslei R, Lichter P, Kool M, Herold-Mende C, Ellison DW, Hasselblatt M, Snuderl M, Brandner S, Korshunov A, von Deimling A, Pfister SM. DNA methylation-based classification of central nervous system tumours. Nature. 2018 Mar 22;555(7697):469-474. doi: 10.1038/nature26000. Epub 2018 Mar 14.
- Koelsche C, Schrimpf D, Stichel D, Sill M, Sahm F, Reuss DE, Blattner M, Worst B, Heilig CE, Beck K, Horak P, Kreutzfeldt S, Paff E, Stark S, Johann P, Selt F, Ecker J, Sturm D, Pajtler KW, Reinhardt A, Wefers AK, Sievers P, Ebrahimi A, Suwala A, Fernandez-Klett F, Casalini B, Korshunov A, Hovestadt V, Kommoss FKF, Kriegsmann M, Schick M, Bewerunge-Hudler M, Milde T, Witt O, Kulozik AE, Kool M, Romero-Perez L, Grunewald TGP, Kirchner T, Wick W, Platten M, Unterberg A, Uhl M, Abdollahi A, Debus J, Lehner B, Thomas C, Hasselblatt M, Paulus W, Hartmann C, Staszewski O, Prinz M, Hench J, Frank S, Versleijen-Jonkers YMH, Weidema ME, Mentzel T, Griewank K, de Alava E, Martin JD, Gastearena MAI, Chang KT, Low SYY, Cuevas-Bourdier A, Mittelbronn M, Mynarek M, Rutkowski S, Schuller U, Mautner VF, Schittenhelm J, Serrano J, Snuderl M, Buttner R, Klingebiel T, Buslei R, Gessler M, Wesseling P, Dinjens WNM, Brandner S, Jaunmuktane Z, Lyskjaer I, Schirmacher P, Stenzinger A, Brors B, Glimm H, Heining C, Tirado OM, Sainz-Jaspeado M, Mora J, Alonso J, Del Muro XG, Moran S, Esteller M, Benhamida JK, Ladanyi M, Wardelmann E, Antonescu C, Flanagan A, Dirksen U, Hohenberger P, Baumhoer D, Hartmann W, Vokuhl C, Flucke U, Petersen I, Mechtersheimer G, Capper D, Jones DTW, Frohling S, Pfister SM, von Deimling A. Sarcoma classification by DNA methylation profiling. Nat Commun. 2021 Jan 21;12(1):498. doi: 10.1038/s41467-020-20603-4.
- Hovestadt V, Remke M, Kool M, Pietsch T, Northcott PA, Fischer R, Cavalli FM, Ramaswamy V, Zapatka M, Reifenberger G, Rutkowski S, Schick M, Bewerunge-Hudler M, Korshunov A, Lichter P, Taylor MD, Pfister SM, Jones DT. Robust molecular subgrouping and copy-number profiling of medulloblastoma from small amounts of archival tumour material using high-density DNA methylation arrays. Acta Neuropathol. 2013 Jun;125(6):913-6. doi: 10.1007/s00401-013-1126-5. Epub 2013 May 14. No abstract available.
- Pajtler KW, Witt H, Sill M, Jones DT, Hovestadt V, Kratochwil F, Wani K, Tatevossian R, Punchihewa C, Johann P, Reimand J, Warnatz HJ, Ryzhova M, Mack S, Ramaswamy V, Capper D, Schweizer L, Sieber L, Wittmann A, Huang Z, van Sluis P, Volckmann R, Koster J, Versteeg R, Fults D, Toledano H, Avigad S, Hoffman LM, Donson AM, Foreman N, Hewer E, Zitterbart K, Gilbert M, Armstrong TS, Gupta N, Allen JC, Karajannis MA, Zagzag D, Hasselblatt M, Kulozik AE, Witt O, Collins VP, von Hoff K, Rutkowski S, Pietsch T, Bader G, Yaspo ML, von Deimling A, Lichter P, Taylor MD, Gilbertson R, Ellison DW, Aldape K, Korshunov A, Kool M, Pfister SM. Molecular Classification of Ependymal Tumors across All CNS Compartments, Histopathological Grades, and Age Groups. Cancer Cell. 2015 May 11;27(5):728-43. doi: 10.1016/j.ccell.2015.04.002.
- Sturm D, Orr BA, Toprak UH, Hovestadt V, Jones DTW, Capper D, Sill M, Buchhalter I, Northcott PA, Leis I, Ryzhova M, Koelsche C, Pfaff E, Allen SJ, Balasubramanian G, Worst BC, Pajtler KW, Brabetz S, Johann PD, Sahm F, Reimand J, Mackay A, Carvalho DM, Remke M, Phillips JJ, Perry A, Cowdrey C, Drissi R, Fouladi M, Giangaspero F, Lastowska M, Grajkowska W, Scheurlen W, Pietsch T, Hagel C, Gojo J, Lotsch D, Berger W, Slavc I, Haberler C, Jouvet A, Holm S, Hofer S, Prinz M, Keohane C, Fried I, Mawrin C, Scheie D, Mobley BC, Schniederjan MJ, Santi M, Buccoliero AM, Dahiya S, Kramm CM, von Bueren AO, von Hoff K, Rutkowski S, Herold-Mende C, Fruhwald MC, Milde T, Hasselblatt M, Wesseling P, Rossler J, Schuller U, Ebinger M, Schittenhelm J, Frank S, Grobholz R, Vajtai I, Hans V, Schneppenheim R, Zitterbart K, Collins VP, Aronica E, Varlet P, Puget S, Dufour C, Grill J, Figarella-Branger D, Wolter M, Schuhmann MU, Shalaby T, Grotzer M, van Meter T, Monoranu CM, Felsberg J, Reifenberger G, Snuderl M, Forrester LA, Koster J, Versteeg R, Volckmann R, van Sluis P, Wolf S, Mikkelsen T, Gajjar A, Aldape K, Moore AS, Taylor MD, Jones C, Jabado N, Karajannis MA, Eils R, Schlesner M, Lichter P, von Deimling A, Pfister SM, Ellison DW, Korshunov A, Kool M. New Brain Tumor Entities Emerge from Molecular Classification of CNS-PNETs. Cell. 2016 Feb 25;164(5):1060-1072. doi: 10.1016/j.cell.2016.01.015.
- Pisanic TR 2nd, Wang Y, Sun H, Considine M, Li L, Wang TH, Wang TL, Shih IM. Methylomic Landscapes of Ovarian Cancer Precursor Lesions. Clin Cancer Res. 2020 Dec 1;26(23):6310-6320. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-20-0270. Epub 2020 Aug 17.
- Muller D, Gyorffy B. DNA methylation-based diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers in colorectal cancer. Biochim Biophys Acta Rev Cancer. 2022 May;1877(3):188722. doi: 10.1016/j.bbcan.2022.188722. Epub 2022 Mar 17.
- Liu MC, Oxnard GR, Klein EA, Swanton C, Seiden MV; CCGA Consortium. Sensitive and specific multi-cancer detection and localization using methylation signatures in cell-free DNA. Ann Oncol. 2020 Jun;31(6):745-759. doi: 10.1016/j.annonc.2020.02.011. Epub 2020 Mar 30.
- Nunes SP, Moreira-Barbosa C, Salta S, Palma de Sousa S, Pousa I, Oliveira J, Soares M, Rego L, Dias T, Rodrigues J, Antunes L, Henrique R, Jeronimo C. Cell-Free DNA Methylation of Selected Genes Allows for Early Detection of the Major Cancers in Women. Cancers (Basel). 2018 Sep 26;10(10):357. doi: 10.3390/cancers10100357.
- Moran S, Martinez-Cardus A, Sayols S, Musulen E, Balana C, Estival-Gonzalez A, Moutinho C, Heyn H, Diaz-Lagares A, de Moura MC, Stella GM, Comoglio PM, Ruiz-Miro M, Matias-Guiu X, Pazo-Cid R, Anton A, Lopez-Lopez R, Soler G, Longo F, Guerra I, Fernandez S, Assenov Y, Plass C, Morales R, Carles J, Bowtell D, Mileshkin L, Sia D, Tothill R, Tabernero J, Llovet JM, Esteller M. Epigenetic profiling to classify cancer of unknown primary: a multicentre, retrospective analysis. Lancet Oncol. 2016 Oct;17(10):1386-1395. doi: 10.1016/S1470-2045(16)30297-2. Epub 2016 Aug 27.
- Zhang Z, Lu Y, Vosoughi S, Levy JJ, Christensen BC, Salas LA. HiTAIC: hierarchical tumor artificial intelligence classifier traces tissue of origin and tumor type in primary and metastasized tumors using DNA methylation. NAR Cancer. 2023 Apr 19;5(2):zcad017. doi: 10.1093/narcan/zcad017. eCollection 2023 Jun.
- Greco FA, Lennington WJ, Spigel DR, Hainsworth JD. Molecular profiling diagnosis in unknown primary cancer: accuracy and ability to complement standard pathology. J Natl Cancer Inst. 2013 Jun 5;105(11):782-90. doi: 10.1093/jnci/djt099. Epub 2013 May 2.
- Maros ME, Capper D, Jones DTW, Hovestadt V, von Deimling A, Pfister SM, Benner A, Zucknick M, Sill M. Machine learning workflows to estimate class probabilities for precision cancer diagnostics on DNA methylation microarray data. Nat Protoc. 2020 Feb;15(2):479-512. doi: 10.1038/s41596-019-0251-6. Epub 2020 Jan 13.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
1. července 2023
Primární dokončení (Odhadovaný)
31. prosince 2025
Dokončení studie (Odhadovaný)
31. prosince 2025
Termíny zápisu do studia
První předloženo
14. listopadu 2023
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
20. listopadu 2023
První zveřejněno (Odhadovaný)
21. listopadu 2023
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)
21. listopadu 2023
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
20. listopadu 2023
Naposledy ověřeno
1. listopadu 2023
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- PaCIFiC-CUP
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .
Klinické studie na Neznámé primární nádory
-
SanofiDokončenoAdvance Solid TumorsJaponsko
-
Novartis PharmaceuticalsDokončenocMET Dysegulation Advanced Solid TumorsRakousko, Dánsko, Švédsko, Spojené království, Španělsko, Německo, Holandsko, Spojené státy
-
Nationwide Children's HospitalAktivní, ne nábor
-
Suzhou Zelgen Biopharmaceuticals Co.,LtdNáborKRAS G12C Mutant Advanced Solid TumorsČína
-
AmgenAktivní, ne náborKRAS p.G12C Mutant Advanced Solid TumorsSpojené státy, Francie, Kanada, Španělsko, Belgie, Korejská republika, Rakousko, Austrálie, Maďarsko, Řecko, Německo, Japonsko, Rumunsko, Švýcarsko, Brazílie, Portugalsko
-
Chia Tai Tianqing Pharmaceutical Group Co., Ltd.NeznámýMSI-H nebo dMMR Advanced Solid TumorsČína
-
Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center at Johns...Bristol-Myers Squibb; National Cancer Institute (NCI)NáborRefrakterní MSI - H Solid Tumors Před terapií PD-(L) 1 | Nádory MSI-HSpojené státy
-
Merrimack PharmaceuticalsDokončenoMetastatický karcinom prsu | Her2 Amplified Solid TumorsSpojené státy
-
Novartis PharmaceuticalsNantCell, Inc.UkončenoPIK3CA mutované pokročilé solidní nádory | PIK3CA Amplified Advanced Solid TumorsŠpanělsko, Belgie, Spojené státy, Kanada
-
Southwest Oncology GroupNational Cancer Institute (NCI); Eastern Cooperative Oncology Group; NCIC Clinical... a další spolupracovníciDokončenoRakovina plicSpojené státy