Значение уровня экспрессии длинной некодирующей РНК CCDC144NL-AS1/микроРНК-143-3p по оси как новый признак при колоректальном раке

1. Введение 1.1. Актуальность проблемы Колоректальный рак (КРР) является одним из злонамеренных злокачественных новообразований во всем мире, на его долю приходится почти 8% всех ежегодных смертей [1]. Он считается седьмым по распространенности раком в Египте, на его долю приходится около 3,47% мужских опухолей и 3% женских опухолей соответственно [2]. По оценкам, к 2030 году заболеваемость и смертность от КРР во всем мире возрастут на 60 % [3]. Ранняя стадия КРР обычно протекает бессимптомно, но когда симптомы проявляются, важно своевременное выявление, поскольку любая задержка в диагностике может увеличить уровень смертности [4].

   1.2. Проблема. Хирургическая резекция позволяет вылечить 90 % КРР на ранних стадиях. Тем не менее, у большинства пациентов прогноз зачастую плохой, поскольку они выявляются на поздних стадиях [5]. Хотя биопсия ткани при колоноскопии обычно используется для диагностики КРР, тем не менее, это инвазивный тест высокого риска, который неудобно использовать при рутинном медицинском обследовании для продольного мониторинга или прогноза, и он считается частично репрезентативным для межметастатической или опухолевой генетической гетерогенности. 6]. Классические циркулирующие опухолевые биомаркеры (ТМ), такие как углеводный антиген 19-9 (СА19-9) и карциноэмбриональный антиген (СЕА) [7], используются в качестве маркеров наблюдения или прогноза, несмотря на их ограниченную чувствительность и специфичность [8]. Таким образом, существует острая необходимость в более эффективных прогностических молекулярных биомаркерах, которые могли бы быть «эпи/генетическими молекулярными маркерами», имеющими два преимущества: во-первых, они обеспечивают потенциальную терапевтическую мишень(и) и, во-вторых, дополняют классические циркулирующие ТМ, чтобы для повышения точности CRC. Жидкая биопсия стала минимально инвазивным диагностическим инструментом для анализа опухолевых генетических и эпигенетических молекулярных маркеров, попадающих в кровоток. Жидкостная биопсия лучше фиксирует генетическую гетерогенность опухоли, отражая динамическую картину молекулярного ландшафта опухоли, с меньшим временем обработки и меньшими затратами, чем биопсия ткани [9]. Длинные некодирующие РНК (днРНК) представляют собой молекулы РНК длиной >200 нуклеотидов, которые регулируют экспрессию генов на транскрипционном, посттранскрипционном и трансляционном уровнях, но не могут кодировать синтез белков [10-12]. Множественные типы рака демонстрируют дерегуляцию lncRNAs, которые участвуют во всех признаках рака, включая генез рака, прогрессирование и метастазирование [13,14]. Новые исследования показали, что несколько lncRNAs участвуют в онкогенезе, метастазировании и прогрессировании CRC [15,16]. Помимо своего диагностического потенциала, днРНК также могут служить возможными терапевтическими мишенями [17]. Спиральный домен спиральной днРНК, содержащий 144 N-концевых антисмысловых антисмысловых участка 1 (CCDC144NL-AS1), расположенных на участке 17p11.2. хромосома человека — это новая онкогенная днРНК, которая, как недавно сообщалось, участвует в канцерогенезе [18]. Было обнаружено, что LncRNA CCDC144NL-AS1 активируется при различных видах рака, включая рак желудка (GC) [18], гепатоцеллюлярную карциному (HCC) [19], немелкоклеточный рак легких (НМРЛ) [20], рак яичников (OC) [20]. 21], остеосаркома [22] и КРР [23]. Однако его клиническая роль как биомаркера КРР требует выяснения. МикроРНК (миРНК или миР) представляют собой одноцепочечные небольшие молекулы РНК длиной 18–25 нуклеотидов [24]. Они выполняют регуляторную функцию в различных физиологических процессах, включая дифференцировку клеток, рост, апоптоз, иммунологический ответ, кроветворение и пролиферацию [25]. Несколько исследований показали, что миР играют решающую роль как в инициировании, так и в прогрессировании CRC, помимо их потенциала в качестве молекулярных биомаркеров и возможных терапевтических эффектов [26-28]. Hsa-миР-143, расположенный на хромосоме 5q32 человека [29], представляет собой опухолесупрессорную миР, уровень регуляции которой, как сообщается, снижается посредством миР-опосредованного посттранскрипционного молчания генов при некоторых видах рака человека, включая рак предстательной железы [30], рак шейки матки [31] ], OC [32] и B-клеточная лимфома [33]. 3'-плечо продукта-предшественника миР, hsa-miR-143-3p, регулируется при CRC, и будет ли оно способствовать инициации CRC [34] в настоящее время будет изучено клинически. Взаимодействие LncRNA-миР играет важную роль при развитии различных видов рака [35,36]. Сообщалось, что CCDC144NL-AS1 действует как конкурирующая эндогенная РНК (цРНК) для hsa-миР-143-3p во время прогрессирования GC, конкурируя с общими связывающими областями миР, чтобы изолировать их и, следовательно, изменить экспрессию миР, расположенных ниже по ходу транскрипции. гены-мишени или белки [18]. Будучи одобрен экспериментально Fan et al. [37] в GC lncRNA CCDC144NL-AS1 усиливает экспрессию в тканях GC и губчатом hsa-miR-143-3p с последующей повышенной экспрессией его прямого эндогенного белка-мишени. Аналогичным образом, клиническая корреляция между lncRNA CCDC144NL-AS1 и hsa-miR-143-3p в образцах периферической крови пациентов с КРР, которая ранее не оценивалась, может дополнительно прояснить наше понимание молекулярного патогенеза КРР и подтвердить результаты рака, документированные в кремний. Ген AT-hook 2 группы высокой мобильности (HMGA2), кодируемый 5 экзонами и открытой рамкой считывания из 330 пар оснований, обнаружен на участке хромосомы человека 12q13-15 [38]. Концентрация белка HMGA2 взрослых нормальных клеток минимальна или отсутствует в нормальных физиологических условиях, но она высоко экспрессируется во время эмбриогенеза [38] и канцерогенеза [39,40]. Пациенты с КРР, у которых наблюдается сверхэкспрессия HMGA2, имеют худший прогноз [41]. HMGA2 принимает участие почти во всех стадиях биологической активности CRC, включая деление клеток, пролиферацию, апоптоз, старение, инвазию опухоли, эпителиально-томезенхимальный переход (EMT), механизм репарации ДНК и способность стволовых клеток к самообновлению [42]. Сообщалось, что HMGA2 при остеосаркоме положительно модулируется CCDC144NL-AS1 [22].

   1.3. Цель: Онкогенная днРНК CCDC144NL-AS1, если она участвует в патогенезе КРР, действуя в качестве церРНК/спонжируя супрессор опухоли hsamiR-143-3p и, кроме того, усиливая экспрессию своей эндогенной мишени HMGA2 в качестве плеча взаимодействия, будет выделена в текущее исследование.

   1.4. Цели Выяснить роль днРНК CCDC144NL-AS1, hsa-miR-143-3p и белка HMGA2 в качестве неинвазивных эпигенетических молекулярных биомаркеров в жидкой биопсии египетских пациентов с КРР, индивидуально или в качестве компонента взаимодействия и в сравнении с обычным белком. ТМ. Кроме того, мы исследовали потенциальную роль днРНК CCDC144NL-AS1 в качестве медиатора развития и/или прогрессирования фенотипа рака, а также метастазирования КРР и ее связь как с hsa-miR-143-3p, так и с HMGA2, клинически и in silico. .

2. Предметы 2.1. Размер выборки и мощность исследования На основе предыдущего исследования Zhang et al. в 2019 г. днРНК CCDC144NL-AS1 нормально распределялась со стандартным отклонением (3,2) и большим размером эффекта (0,85) [43]. Если истинные различия между средними значениями группы CRC и контрольной группы составляют 1 и 3,3 соответственно, то размеры исследовательской группы составляют 34 пациента и 34 контрольных субъекта. Общий размер выборки составил 68 случаев, который был увеличен на 25 % из-за ожидаемых потерь, и в конечном итоге общая выборка составила 90 субъектов, 60 субъектов с КРР и 30 субъектов контроля (2:1). Это необходимо для того, чтобы иметь возможность отвергнуть нулевую гипотезу о том, что средние значения экспериментальных групп равны с вероятностью (степенью) 0,8. Вероятность ошибки типа I, связанная с этой проверкой нулевой гипотезы, равна (0,05). Оценка размера выборки была выполнена с помощью онлайн-калькулятора размера выборки G power* http://www.gpower.hhu.de/en.html, в зависимости от двустороннего уровня достоверности 95 %.

   2.2. Дизайн исследования Ретроспективное моноцентровое исследование «случай-контроль». 2.3. Заявление Институционального наблюдательного совета (IRB) Комитет по этике исследований фармацевтического факультета Университета Айн-Шамс предоставил этическое разрешение на проведение исследования в 2022 году. Все участники (контрольная группа или пациенты) были полностью осведомлены о цели исследования и подписали письменную, этически одобренную форму информированного согласия (I⋅C). Данное исследование проводилось в соответствии с Хельсинкской декларацией руководящих принципов, утвержденной в 2013 г. [44]. 2.4. Участники исследования 2.4.1. Группа пациентов В исследовании приняли участие в общей сложности 60 египетских пациентов с первичным КРР, госпитализированных в больницу Дар Аль-Шефа в Каире, Египет.

   2.4.1.1. Критерии включения пациентов. Пациенты, посещающие отделение колоноскопии для колоректального обследования, страдающие различными симптомами толстой кишки, включая тревожные симптомы КРР, запоры, боли в животе, ректальное кровотечение и внезапную потерю веса. Диагноз КРР был клинически подтвержден данными колоноскопии, рентгенографии брюшной полости и гистопатологически.

   2.4.1.2. Критерии исключения пациентов. Пациенты, страдающие воспалительными заболеваниями, гематологическими заболеваниями, любым раком, кроме КРР, или получающие химиотерапию, лучевую терапию или перенесшие хирургическое вмешательство, пациенты с гематологическими заболеваниями или любым раком, кроме КРР. Из исследования были исключены лица с недостаточными данными или отсутствующим гистопатологическим диагнозом, а также лица с отдаленными метастазами на момент постановки диагноза.

   2.4.2. Контрольная группа из 30 внешне здоровых добровольцев соответствующего возраста и пола, не получавших никаких лекарств или страдающих каким-либо заболеванием, в возрасте 30-60 лет, была включена в качестве контроля, соотношение мужчин и женщин 1:1 (15/15). Субъекты контрольной группы были набраны случайным образом во время плановых осмотров самих себя или во время сдачи крови.

   2.4.3. Демографические, клинические и патологические данные пациентов. Демографические данные пациентов, включая возраст, пол, статус курения и полную историю пациента, полученные из медицинских карт больницы. В дополнение к истории колоректальных операций пациентов регистрировали полную семейную историю рака, а также историю сахарного диабета (СД) и гипертонии (АГ) для определения статуса/влияния неинфекционных заболеваний. Из файлов пациентов были записаны следующие результаты химических лабораторных исследований: статистические корреляции, CEA, CA19-9 и рутинное биохимическое тестирование профиля функции печени аланинаминотрансаминазы (АЛТ), аспартатаминотрансаминазы (АСТ) и сывороточного альбумина, функциональные тесты почек. включая сывороточный креатинин и сывороточную мочевину. Гемоглобин (Hgb), а также протромбиновое время (ПВ), количество тромбоцитов, количество лимфоцитов, лактатдегидрогеназа (ЛДГ) и С-реактивный белок (СРБ) измерялись в крови в лаборатории клинической биохимии больницы Дар-эль-Шефа, Каир. , Египет. Местоположение опухоли, размер опухоли, тип опухоли (муцинозная или нет), метастазы в ЛУ (ЛНМ), опухолевая инвазия или сосудистая инвазия, дифференцировка опухоли, степень опухоли, стадия метастазирования опухолевого узла (ТНМ), статус воспаления как воспалительного заболевания кишечника (ВЗК) и расположение колоректального рака толстой или прямой кишки, а также поперечной, сигмовидной, ректосигмовидной и прямой кишки были собраны из файлов пациентов в статистическом отделении больницы Дар-эль-Шефа в Каире.

   Также были собраны патологические записи в соответствии с критериями Американского объединенного комитета (AJCC) по раку 2010 года [45]. Пациенты были разделены на три стадии: от II до IV: стадия I/II — локальный рак без поражения ЛУ (N0), стадия III с поражением ЛУ (N1-x) и стадия IV с отдаленными метастазами (M1). Стадия колоректального рака определялась по результатам колоноскопии, рентгенографии брюшной полости, патологоанатомическим данным и клинической оценке, при этом ранняя стадия Т2 указывает на инвазию опухолью в собственную мышечную оболочку, Т3 указывает на проникновение опухоли в подсерозную оболочку и собственную мышечную оболочку, тогда как поздняя стадия опухоли стадия Т4 указывает на то, что он проник в прямую кишку или несколько слоев толстой кишки.

3. Методы 3.1. Поиск и анализ баз данных In silico (по состоянию на октябрь 2021 г. и пересмотрено в июле 2023 г.) 3.1.1. Идентификация исследованных нкРНК методами биоинформатики Комитет по номенклатуре генов HUGO (HGNC) https://www. Genenames.org/ при поддержке гранта Национального института исследований генома человека, Национального центра биотехнологической информации (NCBI) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, Средство просмотра геномных данных NCBI (GDV) [46] (USA.gov) и базы данных Ensembl https://www.ensembl.org/index.

html для характеристики генов нкРНК человека (выпуск Ensembl 109), CCDC144NL-AS1 и MIR-143 показаны в таблице 1.

3.1.2. Экспрессия LncRNA заболевание v2.0 База данных LncRNA и заболеваний (версия 2.0) [47] http://www.rnanut.net/lncrnadisease/index.php/home для изучения экспрессии lncRNA CCDC144NL-AS1 при различных типах рака, полученных из проверенных экспериментальных данных. результаты в публикациях или прогнозах http://www. rnanut.net/lncrnadisease/index.php/home/detail/LDA0044869.

3.1.3. Экспрессия с помощью платформы анализа панраковых заболеваний ENCORI [48] https://rnasysu.com/encori/panCancer.php миР, днРНК или генов при 32 типах рака. Значения экспрессии генов из данных секвенирования РНК были масштабированы с помощью log2 (FPKM +0,01), тогда как значения из данных секвенирования микроРНК были масштабированы с помощью log2 (RPM + 0,01).

3.1.4. Ассоциация через базу данных miREnvironment [49,50] http://www.cuilab.cn/miren#fragment-1of тщательно подобранные и собранные экспериментально подтвержденные взаимодействия микроРНК и различных факторов окружающей среды (394 фактора) и связанные с ними фенотипы (28 июня 2011 г. была выпущена исходная база данных miREnvironment, последнее обновление: 9 сентября 2012 г.) для анализа has-miR-143 -3p как предсказание связи между факторами окружающей среды и болезнями человека.

3.1.5. Взаимодействие через lncRNASNP2-человек [51] lncRNA CCDC144NL-AS1 или HMGA2 как неконсервативные мишени микроРНК:hsa-miR-143 http://www.noncode.org/gene_trans_search.php search_type=keyword&keyword=CCDC144NL-AS1&sbt= Поиск.

3.1.5.1. Привязка целей взаимодействия. Цели связывания для hsa-miR-143-3p предсказаны с помощью базы данных RNAhybrid 2.2 https://mybiosoftware.com/rna 22-v2-microrna-target-detection.html [52], http://bibiserv.cebitec.uni. -bielefeld.de/rnahybrid [53] и обнаружение мишени микроРНК RNA22 v2 https://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive/ Центром вычислительной медицины Джефферсона (CMC) [54] для прогнозирования взаимодействия hsa-miR-143-3p с любой из днРНК CCDC144NL-AS1 или HMGA2 в качестве мишени и обнаружение мишени микроРНК в базе данных RNA22 v2.

3.1.6. Анализ функционального обогащения, целевые пути и тепловые карты 3.1.6.1. Целевые пути KEGG, кластеры/тепловая карта с использованием DIANA. Обратный поиск [55] https://dianalab.e-ce.uth.gr/html/universe/index. php?r=mirpath для идентификации миР, связанных с путями KEGG, с использованием Mirpath, с использованием тепловой карты DIANA-TarBase v7.0 с кластерной дендрограммой со статистически значимыми результатами, выделенными красным цветом, методом апостериорного анализа после выполнения анализа обогащения, набор пороговых значений p на уровне 0,05, а порог MicroT установлен на уровне 0,8 (по состоянию на 25 июля 2023 г.). Анализ функционального обогащения с использованием STRING версии 11.5 https://string-db.org/ [56]. Наконец, использование браузера генома (UCSC) [57], первая версия, декабрь 2013 г.; Выпуск патча 14, июнь 2022 г., избранные основные гены. Цели взаимодействий и путей HMGA2 из курируемых баз данных и анализа текста https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway. (По состоянию на 25 июля 2023 г.). 3.2. Образцы крови Пять миллилитров периферической венозной крови были взяты у контрольной группы и пациентов с КРР в строгих стерильных условиях, в соответствии со стандартными международными процедурами биобезопасности, в вакутейнеры с полимерным гелем-активатором свертывания крови (Greiner Bio-One GmbH, Австралия). При комнатной температуре (25 ◦С) полностью коагулированные образцы центрифугировали при 4000 об/мин в течение 10 мин. Полученные сыворотки разливали в три пробирки Эппендорфа, не содержащие ДНКазы/РНКазы, и хранили при -80°С для молекулярного анализа.

3.2.1. Экстракция тотальной РНК с использованием набора miRNeasy Mini (кат. №217004; Qiagen, Хильден, Германия) согласно протоколу производителя из образцов сыворотки крови проводили экстракцию РНК. Выделенную РНК элюировали в 40 мкл воды, не содержащей РНКазы.

3.2.2. Количественное определение очищенной РНК, включая микроРНК. С помощью спектрофотометра NanoDrop® 1000 (Thermo Scientific, Уилмингтон, Делавэр, США) определяли концентрацию и чистоту всех образцов РНК. Поглощение при 260 нм использовали для измерения концентрации. РНК в образце, тогда как для оценки чистоты РНК использовали соотношения 260/280 и 260/230 нм. После количественного определения выделенную и элюированную РНК хранили при

-80 ◦С в аликвотах. 3.2.3. Обратная транскрипция и измерение экспрессии нкРНК 3.2.3.1. Синтез кДНК и измерение экспрессии днРНК CCDC144NL-AS1 с использованием qRT-PCR. Тотальную РНК подвергали обратной транскрипции в кДНК с использованием набора для синтеза кДНК Xpert (кат. № ГК80.0100; Grisp Research Solutions, Руа Альфредо Аллен, Португалия), содержащие обратную транскриптазу Xpert (РНКаза H-), РНК-зависимую ДНК-полимеразу, подходящую для синтеза кДНК из длинных матриц РНК, в соответствии с протоколом производителя. Синтезированную кДНК затем хранили при температуре -20 ◦C до проведения qRT-PCR. Экспрессию днРНК CCDC144NL-AS1 измеряли с помощью Xpert Fast SYBR (кат. № ГЭ20.0100; Grisp Research Solutions, Руа Альфредо Аллен, Португалия) в соответствии с протоколом производителя. Праймер днРНК RT2 для анализа qPCR для человека CCDC144NL-AS1 (Hs04941765 m1, кат. №4426961) использовали для оценки уровня экспрессии днРНК CCDC144NL-AS1. Праймер GAPDH человека (LPH31725A-200, кат. №330701) использовали в качестве эндогенного контроля для нормализации экспрессии днРНК CCDC144NLAS1.

3.2.3.2. Синтез кДНК и измерение экспрессии hsa-miR-143-3p с помощью qRT-PCR. Для синтеза кДНК использовали набор miRCURY LNA RT (кат. №339340, Qiagen, Хильден, Германия) согласно инструкции производителя. Полученную кДНК хранили при температуре -20°С до количественного определения. qRT-PCR использовали для измерения экспрессии hsamiR-143-3p с использованием ПЦР-анализа miRCURY LNA miRNA (кат. №339306, Qiagen, Хильден, Германия). Праймер SNORD38B (hsa) miRCURY LNA miRNA PCR Assay (YP00203901, кат. №339306) использовали в качестве эндогенного контроля для нормализации экспрессии hsa-miR-143-3p. Реакцию проводили с использованием системы qRT-PCR PCRmax Eco™48 (PCRmax, Стаффордшир, США).

Последовательности праймеров приведены в таблице 2. Все эти учебники были разработаны Qiagen https://www.qiagen.com/workflow-configurator/. рабочие процессы intcmp=CM_QF_WFC_1121_OTHERS_QB_nav_products, за исключением lncRNA CCDC144NL-AS1, полученной от Thermofisher https://www.thermofisher.com/taqman-gene-expression/pr oduct/Hs04941765_m1 (по состоянию на октябрь 2021 г.). Относительную экспрессию РНК рассчитывали и нормализовали как кратность изменения с использованием метода порога цикла (Ct) (2-ΔΔCt) с GAPDH или SNORD38B (hsa) в качестве внутреннего контроля для lncRNA CCDC144NL-AS1 и hsa-miR-143-3p соответственно. . ΔCt определяли путем вычитания значений Ct GAPDH и SNORD38B (hsa) из значений lncRNA CCDC144NL-AS1 и hsa-miR-143-3p соответственно; где ΔΔCt = ΔCt образцов рака - ΔCt контрольных образцов [58].

3.2.4. Количественное определение концентрации белка HMGA2 с помощью ELISA Концентрацию белка HMGA2 измеряли в образцах сыворотки с помощью коммерчески доступных наборов ELISA от Bioassay Technology Laboratory (Кат.№ E7513Hu, Цзясин, Китай) согласно инструкции производителя. Реакция основана на предварительном покрытии планшета для ELISA человеческим антителом HMGA2, и HMGA2, присутствующий в добавленных образцах, связывается с антителами, покрывающими лунки. Биотинилированное человеческое антитело HMGA2 добавляли для связывания HMGA2 в образцах. Затем добавляли второе детекторное антитело для связывания биотинилированного антитела HMGA2. Добавляли раствор субстрата, который реагирует с комплексом фермент-антитело-мишень с образованием измеримого сигнала, измеренного при 450 нм.

3.2.5. Индексы и коэффициенты 3.2.5.1. Индекс массы тела (ИМТ кг/м2) рассчитывался в кг/м2 для каждого участника с помощью сайта https://www.nhlbi.nih.gov/health. /educational/lose wt/ИМТ/bmicalc.htm. У людей с нормальным весом ИМТ составляет 18,5-24,9. кг/м2, избыточный вес, ИМТ 25-29,9. кг/м2 и 30 кг/м2 и более при ожирении. 3.2.5.2. Отношение тромбоцитов к лимфоцитам (PLR) рассчитывали путем деления количества тромбоцитов пациента (x103 клеток/мкл) на количество лимфоцитов (x103 клеток/мкл). PLR является индикатором воспаления и предиктором иммунного ответа, который имеет более сильную связь с тяжестью воспалительных заболеваний, чем соотношение нейтрофилов и лимфоцитов (NLR) [59] или отдельные клетки в отдельности.

3.3. Статистический анализ. Данные были собраны и сведены в таблицы Excel в Microsoft Excel 2019. Статистический пакет для программного обеспечения для социальных исследований SPSS 26.0 (IBM, Армонк, Нью-Йорк) (https://www.ibm.com/products/spss-statistics) и GraphPad Prism® версии 8.01 (GraphPad Software, Сан-Диего, США) (htt PS://www.graphpad.com/scientific-software/prism/) использовались для цифр, а статистическое программное обеспечение MedCalc версии 19.2.6 (MedCalc Software, Остенде, Бельгия) (https://www.medcalc.org) использовался для анализа кривой рабочей характеристики приемника (ROC). Данные проверяли на нормальность с использованием критерия нормальности Шапиро-Уилка для данных как групп, так и подгрупп. Поскольку данные пациентов не были нормально распределены, данные были выражены в виде медианы (интерквартильный диапазон: IQR (25-75-й процентиль). Манна-Уитни (U) или Крускала-Уоллиса (H) проводились для сравнения любых двух или более независимых групп соответственно.

Кривая ROC использовалась для определения наилучшего порогового значения, чувствительности (SN), специфичности (SP), отрицательной прогностической ценности (NPV) и положительной прогностической ценности (PPV), при этом рассчитанная площадь под кривой (AUC) находилась в диапазоне от 0 до 1. В медицинских тестах отрицательные отношения правдоподобия (LR) используются для понимания диагностической или прогностической полезности теста. По сути, LR указывает на вероятность того, что у пациента есть состояние или заболевание. Вероятность того, что у них есть заболевание или состояние, увеличивается с увеличением соотношения. С другой стороны, низкое соотношение указывает на то, что они, скорее всего, этого не делают. Следовательно, врач может использовать эти соотношения, чтобы исключить или исключить заболевание. Соотношение, которое выражает вероятность наличия у кого-либо заболевания или состояния, поддерживает SN и SP, определенные кривой ROC. Альтернативное определение LR – SN и SP, где отрицательный LR = (100 – SN)/SP. Коэффициент корреляции Спирмена r использовался для оценки корреляции между различными переменными. Кроме того, уровни экспрессии белков lncRNA CCDC144NL-AS1, hsamiR-143-3p и HMGA2 были установлены по корреляции Спирмена r, а связь между двумя переменными - одной непрерывной и одной дихотомической - оценивалась с использованием точечной бисерийной корреляции. Уровень значимости устанавливался, если значение p теста двустороннего статистического анализа составляло <0,05.