Klinické sekvenování rakoviny a tkáňového úložiště: OncoGenomics

Pozadí:

• Laboratorní výzkumy přispěly k lepšímu pochopení biologie rakoviny ak vývoji nových terapií malignit.
• Omics vyšetřování může identifikovat nové ovladače v zárodečné linii nebo nádoru pro vysoce rizikové, recidivující, refrakterní nebo vzácné druhy rakoviny.
• Omics vyšetřování může identifikovat zárodečné nebo somatické změny, které jsou lékařsky použitelné a nebo mohou umožnit přesnou terapii.

Cíle – primární cíl:

-Identifikujte náhodné a sekundární nálezy v zárodečné DNA a použitelné somatické mutace pro hlášení klinických výsledků z laboratoře s certifikací CLIA do lékařských záznamů CRIS.

Způsobilost – Dospělí nebo dětští pacienti jakéhokoli věku s jedním z následujících:

• Diagnóza jakéhokoli nádoru, malignity, premaligní poruchy nebo suspektního familiárního syndromu náchylnosti k rakovině, bez ohledu na věk pacienta; NEBO
• Jedinci bez malignity v anamnéze, kteří podstupují chirurgický zákrok; NEBO
• Jedinci, kteří nemají v anamnéze rakovinu, ale prokazují dědičný rakovinový syndrom na základě rodinné anamnézy a/nebo jiných projevů prekancerózního syndromu (např. polypóza, plexiformní neurofibromy, myelodysplastické onemocnění); NEBO
• Pacient zapsán do schváleného doprovodného protokolu.
• Tkáň (včetně nádorové, normální, krve, kostní dřeně, séra, plazmy nebo jiných tkání), která byla dříve odebrána pomocí CLIA a udržována v laboratoři CLIA, která je k dispozici pro analýzu CLIA.
• Tkáň (včetně nádorové, normální, krve, kostní dřeně, séra, plazmy nebo jiných tkání), která byla dříve odebrána a je k dispozici pro výzkumnou analýzu.
• Biovzorky lze odebírat s minimálním dodatečným rizikem pro subjekt během odběru vzorků nebo postupů požadovaných pro běžnou péči o pacienta.
• Jednotlivec může podstupovat léčbu malignity, premaligního stavu nebo dostávat jinou péči spojenou s dědičným rakovinovým syndromem.
• Pacienti mohou být hlavnímu zkoušejícímu odesláni z externích institucí.
• Schopnost subjektu nebo zákonně oprávněného zástupce (LAR) porozumět a ochota podepsat písemný informovaný souhlas NEBO
• IRB upuštění od požadavku informovaného souhlasu pro konkrétní typy tkání.

Design:

• Tato studie umožní sběr vzorků pro CLIA hlášení zárodečných a somatických mutací. Studie bude také shromažďovat vzorky pro tkáňové úložiště a pro další vyšetřování, jak je uvedeno níže.

• Testovací činnosti CLIA budou zahrnovat

  • DNA extrahovaná z řezu nádoru, maligní tkáně, krve nebo vzorků kostní dřeně pro analýzu sekvence somatických mutací
  • Zárodečná DNA extrahovaná z lymfocytů, slin, kůže nebo jakýchkoli normálních nezúčastněných tkání pro sekvenční analýzu pro identifikaci somatických změn v rakovině a pro hlášení náhodných nálezů se zavedenou klinickou platností a užitečností.

• Výzkumné činnosti mohou zahrnovat:

  • DNA, RNA a proteinové Omics analýzy z extrahovaných normálních a/nebo nádorových tkání; zbytek nádorové tkáně bude uložen.
  • Analýzy zárodečné DNA a RNA z extrahovaných lymfocytů nebo jiné normální nezapojené tkáně.
  • Sekvenování T (TCR) nebo B buněčného receptoru z krve, nádoru nebo maligní tkáně.
  • Vytváření modelů odvozených od pacientů, jako jsou xenoimplantáty odvozené od pacienta (PDX), in vitro nádorové kultury s časnou pasáží a organoidní kultury, linie podmíněně přeprogramovaných buněk (CRC), explantáty a buněčné linie z nádorových nebo normálních vzorků pomocí NCI Patient-Derived Models Repository (PDMR) ve Frederick National Laboratory for Cancer Research nebo laboratoří OncoGenomics.
  • Kryokonzervace životaschopného normálu (např. PBMC) nebo maligní tkáně.
  • Založení EBV transformovaných buněčných linií z krve pro lékařský výzkum buď Coriell Institute, nebo výzkumníky podle tohoto protokolu.
  • Budou provedeny studie omiky (genomika, proteomika, epigenetika, metabolomika).
• Očekávaný nárůst 50-500 pacientů ročně. Celkový přírůstkový cíl protokolu 5 000 pacientů.