Klinisk sekvensering av cancer och vävnadsförråd: OncoGenomics

Bakgrund:

• Laboratoriebaserade undersökningar har bidragit till en förbättrad förståelse av cancerns biologi och till utvecklingen av nya terapier för maligniteter.
• Omics-undersökningar kan identifiera nya drivkrafter i könsceller eller tumör för högrisk, återfall, refraktär eller sällsynt cancer.
• Omics-undersökningar kan identifiera könsceller eller somatiska förändringar som är medicinskt genomförbara och eller kan möjliggöra precisionsterapi.

Mål - Primärt mål:

-Identifiera tillfälliga och sekundära fynd i könscells-DNA och handlingsbara somatiska mutationer för att rapportera kliniska resultat från ett CLIA-certifierat labb till CRIS medicinska journaler.

Behörighet - Vuxna eller pediatriska patienter i alla åldrar med något av följande:

• Diagnos av alla tumörer, maligniteter, pre-malign sjukdom eller misstänkt cancerkänslighet familjärt syndrom, oavsett patientens ålder; ELLER
• Individer utan tidigare malignitet som genomgår operation; ELLER
• Individer utan en historia av cancer men tecken på ett ärftligt cancersyndrom baserat på familjehistoria och/eller andra manifestationer av ett pre-canceröst syndrom (t. polypos, plexiforma neurofibromer, myelodysplastisk sjukdom); ELLER
• Patient inskriven i ett godkänt medföljande protokoll.
• Vävnad (inklusive tumör, normal, blod, benmärg, serum, plasma eller andra vävnader) som tidigare har samlats in under CLIA och underhållits i ett CLIA-labb som är tillgängligt för CLIA-analys.
• Vävnad (inklusive tumör, normal, blod, benmärg, serum, plasma eller andra vävnader) som tidigare har samlats in och är tillgänglig för forskningsanalys.
• Bioprover kan samlas in med minimal ytterligare risk för försökspersonen under provtagning eller procedurer som krävs för rutinmässig patientvård.
• Individen kan genomgå behandling för malignitet, premaligna tillstånd eller få annan vård i samband med ett ärftligt cancersyndrom.
• Patienter kan remitteras till huvudutredaren från externa institutioner.
• Förmåga hos subjekt eller juridiskt auktoriserad representant (LAR) att förstå och vilja att underteckna ett skriftligt informerat samtycke ELLER
• IRB undantag från kravet på informerat samtycke för specifika typer av vävnad.

Design:

• Denna studie kommer att möjliggöra insamling av prover för CLIA-rapportering av könsceller och somatiska mutationer. Studien kommer också att samla in prover för ett vävnadsförvar och för andra undersökningar som beskrivs nedan.

• CLIA-testaktiviteter kommer att omfatta

  • DNA extraherat från en sektion av tumör-, maligna vävnads-, blod- eller benmärgsprover för somatisk mutationssekvensanalys
  • Germline-DNA extraherat från lymfocyter, saliv, hud eller andra normala oinvolverade vävnader för sekvensanalys för att identifiera somatiska förändringar i cancern och för rapportering av tillfälliga fynd av etablerad klinisk validitet och användbarhet.

• Forskningsaktiviteter kan omfatta:

  • DNA, RNA och protein Omics analyser från extraherade normala och/eller tumörvävnader; resten av tumörvävnaden kommer att lagras.
  • Germline DNA och RNA analyser från extraherade lymfocyter eller annan normal oinvolverad vävnad.
  • T (TCR) eller B-cellsreceptorsekvensering från blod, tumör eller malign vävnad.
  • Etablering av patienthärledda modeller såsom patienthärledda xenotransplantat (PDX), tidig passage in vitro tumörkulturer och organoidkulturer, villkorligt omprogrammerade celler (CRC) linjer, explantat och cellinjer från tumör eller normala prover av NCI Patient-Derived Models Repository (PDMR) vid Frederick National Laboratory for Cancer Research eller av OncoGenomics-laboratoriet.
  • Kryokonservering av livskraftiga normala (t.ex. PBMC) eller maligna vävnader.
  • Etablering av EBV-transformerade cellinjer från blod för medicinsk forskning antingen av Coriell Institute eller av utredare på detta protokoll.
  • Omics (Genomics, Proteomic, Epigenetics, Metabolomics) studier kommer att utföras.
• Förväntat ackumulering av 50-500 patienter per år. Totalt protokollförvärvsmål 5 000 patienter.