Kliniczne sekwencjonowanie raka i repozytorium tkanek: OncoGenomics

Tło:

• Badania laboratoryjne przyczyniły się do lepszego zrozumienia biologii raka i opracowania nowych terapii nowotworów złośliwych.
• Badanie omiczne może zidentyfikować nowe czynniki w linii zarodkowej lub guzie dla nowotworów wysokiego ryzyka, nawrotowych, opornych lub rzadkich.
• Badanie omiczne może zidentyfikować zmiany zarodkowe lub somatyczne, które są medycznie uzasadnione i/lub mogą umożliwić precyzyjną terapię.

Cele - Cel główny:

- Zidentyfikuj przypadkowe i wtórne odkrycia w DNA linii zarodkowej i możliwe do zastosowania mutacje somatyczne w celu zgłaszania wyników klinicznych z laboratorium z certyfikatem CLIA do dokumentacji medycznej CRIS.

Kwalifikowalność — Dorośli lub Pediatryczni pacjenci w każdym wieku z jednym z poniższych:

• Rozpoznanie dowolnego nowotworu, choroby nowotworowej, stanu przednowotworowego lub rodzinnego zespołu podejrzenia podatności na raka, niezależnie od wieku pacjenta; LUB
• Osoby bez historii nowotworów złośliwych, które przechodzą operację; LUB
• Osoby bez raka w wywiadzie, ale z dziedzicznym zespołem nowotworowym na podstawie wywiadu rodzinnego i/lub innymi objawami zespołu przedrakowego (np. polipowatość, nerwiakowłókniaki splotowate, choroba mielodysplastyczna); LUB
• Pacjent włączony do zatwierdzonego protokołu towarzyszącego.
• Tkanka (w tym tkanka nowotworowa, prawidłowa, krew, szpik kostny, surowica, osocze lub inne tkanki), która została wcześniej pobrana w ramach CLIA i utrzymywana w laboratorium CLIA, które jest dostępne do analizy CLIA.
• Tkanka (w tym tkanka nowotworowa, prawidłowa, krew, szpik kostny, surowica, osocze lub inne tkanki), która została wcześniej pobrana i jest dostępna do analizy naukowej.
• Próbki biologiczne można pobierać przy minimalnym dodatkowym ryzyku dla pacjenta podczas pobierania próbek lub procedur wymaganych w rutynowej opiece nad pacjentem.
• Osoba może przechodzić leczenie z powodu nowotworu złośliwego, stanu przednowotworowego lub otrzymywać inną opiekę związaną z wrodzonym zespołem nowotworowym.
• Pacjenci mogą być kierowani do głównego badacza z instytucji zewnętrznych.
• Zdolność podmiotu lub prawnie upoważnionego przedstawiciela (LAR) do zrozumienia i gotowość do podpisania pisemnej świadomej zgody LUB
• Zwolnienie IRB z wymogu uzyskania świadomej zgody w przypadku określonych rodzajów tkanek.

Projekt:

• Badanie to pozwoli na pobranie próbek do zgłaszania przez CLIA mutacji germinalnych i somatycznych. W ramach badania zostaną również pobrane próbki do repozytorium tkanek oraz do innych badań opisanych poniżej.

• Działania testowe CLIA będą obejmować

  • DNA wyekstrahowane z próbki guza, tkanki złośliwej, krwi lub szpiku kostnego do analizy sekwencji mutacji somatycznych
  • DNA linii zarodkowej wyekstrahowane z limfocytów, śliny, skóry lub jakichkolwiek normalnych niezajętych tkanek do analizy sekwencji w celu identyfikacji zmian somatycznych w raku oraz do zgłaszania przypadkowych wyników o ustalonej ważności klinicznej i użyteczności.

• Działalność badawcza może obejmować:

  • Analizy omiczne DNA, RNA i białek z wyekstrahowanych tkanek prawidłowych i/lub nowotworowych; pozostała część tkanki guza zostanie zmagazynowana.
  • Analizy DNA i RNA linii zarodkowej z wyekstrahowanych limfocytów lub innej normalnej niezwiązanej tkanki.
  • Sekwencjonowanie receptora komórek T (TCR) lub B z krwi, guza lub tkanki złośliwej.
  • Ustanawianie modeli pochodzących od pacjentów, takich jak ksenoprzeszczepy pochodzące od pacjentów (PDX), hodowle guzów in vitro z wczesnym pasażem i hodowle organoidów, linie warunkowo przeprogramowanych komórek (CRC), eksplantaty i linie komórkowe z próbek guza lub prawidłowych próbek przez NCI pochodzące od pacjentów Models Repository (PDMR) w Frederick National Laboratory for Cancer Research lub przez laboratorium OncoGenomics.
  • Kriokonserwacja żywotnych normalnych (np. PBMC) lub tkanek złośliwych.
  • Ustanowienie linii komórkowych transformowanych EBV z krwi do badań medycznych przez Instytut Coriell lub przez badaczy tego protokołu.
  • Prowadzone będą badania omiczne (genomika, proteomika, epigenetyka, metabolomika).
• Oczekiwane narastanie 50-500 pacjentów rocznie. Całkowity cel naliczania protokołu 5000 pacjentów.