Klinisk sekvensering af kræft- og vævsdepot: OncoGenomics

Baggrund:

• Laboratoriebaserede undersøgelser har bidraget til en forbedret forståelse af kræftens biologi og til udviklingen af ​​nye terapier for maligne sygdomme.
• Omics-undersøgelser kan identificere nye drivere i kimlinien eller tumoren for højrisiko, recidiverende, refraktære eller sjældne kræftformer.
• Omics-undersøgelser kan identificere kimlinie- eller somatiske ændringer, der er medicinsk egnede og eller kan muliggøre præcisionsterapi.

Mål - Primært mål:

-Identificere tilfældige og sekundære fund i kimlinje-DNA og handlingsbare somatiske mutationer til rapportering af kliniske resultater fra et CLIA-certificeret laboratorium til CRIS-journaler.

Berettigelse - Voksne eller pædiatriske patienter i alle aldre med en af ​​følgende:

• Diagnose af enhver tumor, malignitet, præ-malign lidelse eller formodet cancermodtagelighed familiære syndromer, uanset patientens alder; ELLER
• Personer uden tidligere malignitet, som er under operation; ELLER
• Personer uden en historie med kræft, men tegn på et arveligt kræftsyndrom baseret på familiehistorie og/eller andre manifestationer af et præ-cancerøst syndrom (f. polypose, plexiforme neurofibromer, myelodysplastisk sygdom); ELLER
• Patient indskrevet i en godkendt ledsagerprotokol.
• Væv (herunder tumor-, normal-, blod-, knoglemarvs-, serum-, plasma- eller andet væv), som tidligere er blevet indsamlet under CLIA og vedligeholdt i et CLIA-laboratorium, som er tilgængeligt for CLIA-analyse.
• Væv (herunder tumor-, normal-, blod-, knoglemarvs-, serum-, plasma- eller andet væv), som tidligere er blevet indsamlet og er tilgængeligt til forskningsanalyse.
• Bioprøver kan indsamles med minimal yderligere risiko for forsøgspersonen under prøveudtagning eller procedurer, der kræves til rutinemæssig patientbehandling.
• Individet kan være i behandling for malignitet, præmalign tilstand eller modtage anden pleje forbundet med et arvelig cancersyndrom.
• Patienter kan henvises til den primære efterforsker fra eksterne institutioner.
• Subjektets eller juridisk autoriserede repræsentants (LAR) evne til at forstå og villighed til at underskrive et skriftligt informeret samtykke ELLER
• IRB frafalder kravet om informeret samtykke for specifikke typer væv.

Design:

• Denne undersøgelse vil give mulighed for indsamling af prøver til CLIA-rapportering af germline og somatiske mutationer. Undersøgelsen vil også indsamle prøver til et vævsdepot og til andre undersøgelser som beskrevet nedenfor.

• CLIA testaktiviteter vil omfatte

  • DNA ekstraheret fra en sektion af tumor, malignt væv, blod eller knoglemarvsprøver til somatisk mutationssekvensanalyse
  • Germline-DNA ekstraheret fra lymfocytter, spyt, hud eller et hvilket som helst normalt ikke-involveret væv til sekvensanalyse for at identificere somatiske ændringer i canceren og til rapportering af tilfældige fund af etableret klinisk validitet og anvendelighed.

• Forskningsaktiviteter kan omfatte:

  • DNA, RNA og protein Omics analyser fra ekstraheret normalt væv og/eller tumorvæv; resten af ​​tumorvævet vil blive opbevaret.
  • Germline DNA og RNA analyser fra ekstraherede lymfocytter eller andet normalt ikke-involveret væv.
  • T (TCR) eller B-cellereceptorsekventering fra blod, tumor eller ondartet væv.
  • Etablering af patientafledte modeller, såsom patientafledte xenografter (PDX'er), tidlig passage in vitro tumorkulturer og organoide kulturer, betinget omprogrammerede celler (CRC) linjer, eksplantater og cellelinjer fra tumor eller normale prøver af NCI Patient-Derived Models Repository (PDMR) ved Frederick National Laboratory for Cancer Research eller af OncoGenomics-laboratoriet.
  • Kryokonservering af levedygtig normal (f.eks. PBMC) eller ondartet væv.
  • Etablering af EBV-transformerede cellelinjer fra blod til medicinsk forskning enten af ​​Coriell Institute eller af efterforskere på denne protokol.
  • Omics (Genomics, Proteomic, Epigenetics, Metabolomics) undersøgelser vil blive udført.
• Forventet tilvækst 50-500 patienter om året. Samlet protokoloptjeningsmål 5.000 patienter.