Klinische sequentiebepaling van kanker- en weefselrepository: OncoGenomics

Achtergrond:

• Laboratoriumonderzoeken hebben bijgedragen tot een beter begrip van de biologie van kanker en tot de ontwikkeling van nieuwe therapieën voor maligniteiten.
• Omics-onderzoek kan nieuwe factoren in de kiembaan of tumor identificeren voor risicovolle, recidiverende, refractaire of zeldzame kankers.
• Omics-onderzoek kan kiembaan- of somatische veranderingen identificeren die medisch bruikbaar zijn en/of precisietherapie mogelijk maken.

Doelstellingen - Primaire doelstelling:

- Identificeer incidentele en secundaire bevindingen in kiembaan-DNA en bruikbare somatische mutaties voor het rapporteren van klinische resultaten van een CLIA-gecertificeerd laboratorium in medische CRIS-dossiers.

Geschiktheid - Volwassen of pediatrische patiënten van elke leeftijd met een van de volgende:

• Diagnose van elke tumor, maligniteit, premaligne aandoening of vermoedelijke familiale syndromen met vatbaarheid voor kanker, ongeacht de leeftijd van de patiënt; OF
• Personen zonder voorgeschiedenis van maligniteit die een operatie ondergaan; OF
• Personen zonder een voorgeschiedenis van kanker, maar aanwijzingen van een erfelijk kankersyndroom op basis van familiegeschiedenis en/of andere manifestaties van een precancereus syndroom (bijv. polyposis, plexiforme neurofibromen, myelodysplastische ziekte); OF
• Patiënt ingeschreven in een goedgekeurd begeleidend protocol.
• Weefsel (waaronder tumorweefsel, normaal weefsel, bloed, beenmerg, serum, plasma of andere weefsels) dat eerder onder CLIA is verzameld en wordt bewaard in een CLIA-laboratorium dat beschikbaar is voor CLIA-analyse.
• Weefsel (waaronder tumorweefsel, normaal weefsel, bloed, beenmerg, serum, plasma of ander weefsel) dat eerder is verzameld en beschikbaar is voor onderzoeksanalyse.
• Biospecimens kunnen worden verzameld met minimaal extra risico voor de proefpersoon tijdens bemonstering of procedures die nodig zijn voor routinematige patiëntenzorg.
• Individu kan een behandeling ondergaan voor maligniteit, premaligne aandoening of andere zorg ontvangen die verband houdt met een erfelijk kankersyndroom.
• Patiënten kunnen door externe instellingen worden doorverwezen naar de hoofdonderzoeker.
• Bekwaamheid van de proefpersoon of wettelijk gemachtigde vertegenwoordiger (LAR) om een ​​schriftelijke geïnformeerde toestemming te begrijpen en de bereidheid om een ​​schriftelijke geïnformeerde toestemming te ondertekenen OF
• IRB ontheffing van de eis van geïnformeerde toestemming voor specifieke soorten weefsel.

Ontwerp:

• Deze studie zal het verzamelen van specimens voor CLIA-rapportage van kiembaan- en somatische mutaties mogelijk maken. De studie zal ook monsters verzamelen voor een Tissue Repository en voor andere onderzoeken zoals hieronder beschreven.

• CLIA-testactiviteiten zullen omvatten

  • DNA geëxtraheerd uit een deel van tumor-, kwaadaardig weefsel-, bloed- of beenmergmonsters voor somatische mutatiesequentieanalyse
  • Kiembaan-DNA geëxtraheerd uit lymfocyten, speeksel, huid of andere normale niet-aangedane weefsels voor sequentieanalyse om somatische veranderingen in de kanker te identificeren en voor het rapporteren van incidentele bevindingen met bewezen klinische validiteit en bruikbaarheid.

• Onderzoeksactiviteiten kunnen zijn:

  • DNA-, RNA- en eiwit-Omics-analyses van geëxtraheerd normaal weefsel en/of tumorweefsel; de rest van het tumorweefsel wordt opgeslagen.
  • Kiembaan-DNA- en RNA-analyses van geëxtraheerde lymfocyten of ander normaal niet-betrokken weefsel.
  • T (TCR) of B-celreceptor-sequencing uit bloed, tumor of kwaadaardig weefsel.
  • Vaststellen van patiënt-afgeleide modellen zoals patiënt-afgeleide xenotransplantaten (PDX's), vroege passage in vitro tumorculturen en organoïde culturen, conditioneel geherprogrammeerde cellen (CRC) lijnen, explantaten en cellijnen van tumor- of normale monsters door de NCI Patient-Derived Models Repository (PDMR) bij het Frederick National Laboratory for Cancer Research of bij het OncoGenomics-laboratorium.
  • Cryopreservatie van levensvatbaar normaal (bijv. PBMC) of kwaadaardige weefsels.
  • Vaststelling van EBV-getransformeerde cellijnen uit bloed voor medisch onderzoek, hetzij door het Coriell Institute, hetzij door onderzoekers van dit protocol.
  • Omics (Genomics, Proteomic, Epigenetics, Metabolomics) studies zullen uitgevoerd worden.
• Verwachte opbouw 50-500 patiënten per jaar. Totale protocoltoename doel 5.000 patiënten.