Séquençage clinique du cancer et banque de tissus : OncoGenomics

Fond:

• Les recherches en laboratoire ont contribué à une meilleure compréhension de la biologie du cancer et au développement de nouvelles thérapies pour les tumeurs malignes.
• L'investigation en omique peut identifier de nouveaux facteurs dans la lignée germinale ou la tumeur pour les cancers à haut risque, récidivants, réfractaires ou rares.
• L'investigation en omique peut identifier des altérations germinales ou somatiques qui sont médicalement exploitables et/ou peuvent permettre une thérapie de précision.

Objectifs - Objectif principal :

-Identifiez les découvertes fortuites et secondaires dans l'ADN germinal et les mutations somatiques exploitables pour rapporter les résultats cliniques d'un laboratoire certifié CLIA dans les dossiers médicaux CRIS.

Admissibilité - Patients adultes ou pédiatriques de tout âge présentant l'un des éléments suivants :

• Diagnostic de toute tumeur, malignité, trouble précancéreux ou syndrome familial suspecté de susceptibilité au cancer, quel que soit l'âge du patient ; OU ALORS
• Les personnes sans antécédents de malignité qui subissent une intervention chirurgicale ; OU ALORS
• Les personnes sans antécédent de cancer mais présentant des signes d'un syndrome de cancer héréditaire basé sur des antécédents familiaux et/ou d'autres manifestations d'un syndrome précancéreux (par ex. polypose, neurofibromes plexiformes, maladie myélodysplasique) ; OU ALORS
• Patient inscrit dans un protocole d'accompagnement approuvé.
• Tissu (y compris tumeur, normal, sang, moelle osseuse, sérum, plasma ou autres tissus) qui a été précédemment collecté sous CLIA et conservé dans un laboratoire CLIA disponible pour l'analyse CLIA.
• Tissu (y compris tumoral, normal, sang, moelle osseuse, sérum, plasma ou autres tissus) qui a été précédemment prélevé et qui est disponible pour une analyse de recherche.
• Les échantillons biologiques peuvent être prélevés avec un risque supplémentaire minimal pour le sujet lors de l'échantillonnage ou des procédures requises pour les soins de routine aux patients.
• La personne peut suivre un traitement pour une tumeur maligne, une affection précancéreuse ou recevoir d'autres soins associés à un syndrome de cancer héréditaire.
• Les patients peuvent être référés au chercheur principal par des établissements extérieurs.
• Capacité du sujet ou du représentant légalement autorisé (LAR) à comprendre et volonté de signer un consentement éclairé écrit OU
• Dispense par la CISR de l'exigence de consentement éclairé pour certains types de tissus.

Concevoir:

• Cette étude permettra la collecte d'échantillons pour la déclaration CLIA des mutations germinales et somatiques. L'étude collectera également des échantillons pour un dépôt de tissus et pour d'autres investigations, comme indiqué ci-dessous.

• Les activités de test CLIA comprendront

  • ADN extrait d'une section d'échantillons de tumeur, de tissu malin, de sang ou de moelle osseuse pour l'analyse de la séquence de mutation somatique
  • ADN germinal extrait des lymphocytes, de la salive, de la peau ou de tout tissu normal non impliqué pour l'analyse de séquence afin d'identifier les altérations somatiques du cancer et pour signaler les découvertes fortuites de validité et d'utilité cliniques établies.

• Les activités de recherche peuvent inclure :

  • Analyses d'ADN, d'ARN et de protéines Omiques à partir de tissus normaux et/ou tumoraux extraits ; le reste du tissu tumoral sera stocké.
  • Analyses d'ADN et d'ARN de lignée germinale à partir de lymphocytes extraits ou d'autres tissus normaux non impliqués.
  • Séquençage des récepteurs des cellules T (TCR) ou B à partir du sang, d'une tumeur ou d'un tissu malin.
  • Établir des modèles dérivés de patients tels que des xénogreffes dérivées de patients (PDX), des cultures de tumeurs in vitro à passage précoce et des cultures d'organoïdes, des lignées de cellules reprogrammées conditionnellement (CRC), des explants et des lignées cellulaires à partir d'échantillons tumoraux ou normaux par le NCI Patient-Derived Models Repository (PDMR) au Frederick National Laboratory for Cancer Research ou par le laboratoire OncoGenomics.
  • Cryoconservation de normaux viables (par ex. PBMC) ou des tissus malins.
  • Établissement de lignées cellulaires transformées par EBV à partir de sang pour la recherche médicale soit par l'Institut Coriell, soit par des chercheurs sur ce protocole.
  • Des études omiques (génomique, protéomique, épigénétique, métabolomique) seront réalisées.
• Attribution prévue de 50 à 500 patients par an. Objectif total de cumul du protocole 5 000 patients.