Identifikace klinicky nevýznamného nebo významného karcinomu prostaty pomocí platformy miR Scientific Sentinel™

Platforma miR Scientific Sentinel® Prostate Cancer Classifier Platform (Sentinel® PCC4 Test) je nový molekulární test, který zkoumá 442 malých nekódujících RNA extrahovaných z močových exozomů. Sentinel® PCC4 Test poskytuje urologům časnou, neinvazivní a přesnou indikaci stavu onemocnění u mužů s klinickým podezřením na rakovinu prostaty. Test poskytuje počáteční klasifikaci stavu onemocnění buď jako žádný molekulární důkaz rakoviny prostaty (NMEPC), nebo molekulární důkaz (MEPC) s nízkým, středním nebo vysokým rizikem agresivního karcinomu prostaty. Současný standard péče (SOC) posuzuje riziko rakoviny prostaty na základě informací, které zahrnují podezřelé DRE a „zvýšené“ sérové ​​PSA (obvykle vyšší než 3 ng/ml podle současných doporučení NCCN, ale v klinické praxi může být často nižší nebo vyšší než 3 ng/ml, v závislosti na praxi). Odhadovaná senzitivita (44 %) a specificita (68 %) současné SOC znamená, že značná část případů rakoviny prostaty není identifikována a mnoho biopsií s výslednými komorbiditami je zbytečných.

Pacienti, kteří se zapíší do této studie, obdrží aktuální SOC a podstoupí biopsii fúzního jádra řízenou TRUS nebo MRI. Biopsie budou číst patologové sdružení v každé zúčastněné klinické instituci, ve které byla biopsie provedena. Na každém místě bude shromážděno Gleasonovo skóre, staging nádoru a anatomická poloha každého pozitivního jádra a vzorky moči s čárovým kódem budou přes noc odeslány do vědeckých laboratoří miR pro analýzu Sentinel® PCC4 Test. Aby se minimalizovala možnost variability mezi pozorovateli, bude patologie biopsií jádrové jehly u každého pacienta také přezkoumána nezávislým centrálním patologem, který není spojen s miR Scientific.

Po posouzení patologie, anatomického přínosu a dalších klinických údajů (zejména DRE a hladin PSA v séru), které informují o hodnocení Grade Group a hodnocení rizika NCCN, bude konečné hodnocení rizikové skupiny jak pro primární cíl studie č. 1, tak pro primární cíl studie č. 2 určí patolog. Konečné stanovení rizikové skupiny pro každého pacienta bude použito individuálně k reprezentaci rizikového stavu poskytovaného aktuální SOC pro srovnání s molekulárními klasifikacemi poskytovanými Sentinel® PCC4 Test.

Provedení testu Sentinel® PCC4 ke klasifikaci stavu onemocnění budoucího pacienta (s neznámým skutečným stavem onemocnění) buď jako bez molekulárního důkazu rakoviny prostaty, nebo u pacientů s molekulárním důkazem rakoviny prostaty jako s nízkým rizikem, střední -pro oba primární cíle studie bude stanoveno riziko nebo vysoké riziko agresivního karcinomu prostaty.

Primární cíl studie č. 1: Stanovit výkonnostní charakteristiky platformy Sentinel® pro klasifikaci rakoviny prostaty (test Sentinel® PCC4) pomocí patologického hodnocení (Grade Grouping na základě Gleasonova skóre, jak navrhl Epstein a kolegové v roce 2013) jako srovnávací základ pro hodnocení zdraví prostaty u mužů ve věku 45-75 let s podezřením na rakovinu prostaty.

Výkonnostní charakteristiky testu Sentinel® PCC4, jak jsou popsány v Primárních cílech studie, budou posouzeny ve srovnání se zprávou o biopsii jádrové jehly pomocí klasifikátorů rizika klasifikace patologie Gleasonovým skóre (Grade Group), kde GG1 je indikativní nebo s nízkým rizikem, GG2 jako střední riziko a GG3-5 jako vysoce riziková agresivní rakovina prostaty. Bude stanovena citlivost, specificita, pozitivní a negativní prediktivní hodnoty testu Sentinel® PCC4 pro klasifikaci rizika v souladu s hodnocením rizika GG.

Primární cíl studie č. 2: Stanovit výkonnostní charakteristiky testu Sentinel® PCC4 při použití upravených kritérií hodnocení rizik, která nedávno doporučila National Comprehensive Cancer Network (NCCN) jako základ pro hodnocení zdraví prostaty u mužů ve věku 45–75 let s podezřením na rakovinu prostaty.

Kromě patologického stupně nádoru zahrnuje hodnocení rizika NCCN další klinická měření spojená s progresí nádoru, včetně počtu pozitivních jader, procenta postižení nádorem na jádro, stadia nádoru (anatomické umístění pozitivních jader), sérové ​​PSA a hustoty PSA . K vyhodnocení obou primárních cílů u každého pacienta budou použita stejná data molekulární exprese z testu Sentine® PCC4.

Statistická metodika: Do této studie budou zařazeni pacienti navštěvující urologické kliniky za účelem počátečního klinického vyšetření na základě jakéhokoli klinického podezření na rakovinu prostaty. Studie vyhodnotí vlastnosti testu Sentinel® PCC4, který je založen na použití proprietárního klasifikačního systému k identifikaci pacientů bez molekulárních důkazů rakoviny prostaty a k prvotní klasifikaci rizika pacientů s rakovinou prostaty.

Pro dané srovnání dvou skupin řídí vlastní klasifikační algoritmus citlivost pro pacienta s neznámým skutečným stavem onemocnění na předem specifikované úrovni nebo nad ní, označované jako 1-α; například hodnota, která se v tomto návrhu předpokládá, je α=0,05. Všimněte si, že hodnota α představuje falešně negativní míru testu pro dané dvouskupinové srovnání.

Počáteční nominální označení klinických skupin bude provedeno samostatně při použití skupiny Gleasonova stupně (primární cíl studie č. 1) a nedávných definic NCCN (primární cíl studie č. 2), jak je podrobně popsáno výše. Křížová validace bude použita v tréninkové datové sadě ke stanovení klasifikačních mezních hodnot pro dané dvouskupinové srovnání v testu Sentinel® PCC4. Obecný popis tohoto postupu je následující. Pro každého účastníka v tréninkové datové sadě (aktuálního účastníka) bude určena dvouskupinová klasifikace pro tohoto aktuálního účastníka na základě zbývajících členů tréninkové datové sady pouze s použitím sekvence sncRNA aktuálního účastníka; přesnost tohoto určení bude posouzena porovnáním stanovené klasifikace skupiny se skutečným označením přiděleným aktuálnímu účastníkovi (buď Grade Group nebo NCCN skupina). To znamená, že štítek stavu onemocnění aktuálního účastníka v tréninkové datové sadě bude zaslepený, čímž napodobí nastavení pro klasifikaci budoucího pacienta. Tento postup se poté opakuje samostatně pro každý subjekt v sadě tréninkových dat. Parametry ladění a mezní hranice použité pro každou z dvouskupinových klasifikací zahrnujících test Sentinel® PCC4 se pak vypočítají tak, aby empirická citlivost vůči účastníkům v souboru tréninkových dat byla alespoň 1-α.

S těmito hraničními a klasifikačními pravidly určenými pomocí trénovací datové sady pro Sentinel® PCC4 Test budou klasifikace Sentinel® PCC4 pro každého člena validační datové sady určeny pouze pomocí informací generovaných z jejich úrovní exprese sekvencí sncRNA; odpovídající výsledky budou uloženy v uzamčeném souboru s datem, jak je popsáno výše. Klinická riziková skupina pro každého člena validační datové sady, jak ji určí centrální patolog, bude také uložena v uzamčeném souboru s datem. Jakmile budou oba soubory dokončeny, budou uvolněny vědeckému týmu miR a výkonnostní charakteristiky testu Sentinel® PCC4 budou stanoveny ve validačním souboru dat; všimněte si, že tato míra chyb se týká klasifikace budoucího pacienta s neznámým stavem onemocnění.