Implementace národní biobanky PD s WGS a funkčním hodnocením polygenní dědičnosti technologií iPSC

Projekt je multicentrickou observační studií. Zapojené instituce jsou:

Nemocnice IRCCS San Raffaele, Milán Itálie (koordinátor Provozní jednotka (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Itálie (Provozní jednotka (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Provozní jednotka (OU3)) Projekt využívá výhody dostupnost velké sbírky vzorků PD (~ 800) PD od známých a sporadických případů, rekrutovaných v IRCCS Neuromed, pro které jsme již shromáždili a uložili klinické informace, genetická data a také mononukleární buňky DNA, séra, plazmy a periferní krve ( PBMC) pro celou kohortu studie.

Činnosti IRCCS INM Neuromed jsou:

1. standardizace klinického hlášení, odběru vzorků, skladování a identifikace mezi centry;
2. nábor 100 pacientů s PD, 30 pacientů s RBD a 100 zdravých subjektů (manželek/manželů pacientů), které mají být provedeny během plánovaných ambulantních návštěv u těchto pacientů;
3. celogenomové sekvenování (WGS) a bioinformatická analýza (ve spolupráci s OU1) vybrané kohorty pacientů s PD (200 vzorků), negativní na mutace/varianty v kandidátských genech PD;
4. WGS analýza prodromálních pacientů s poruchou chování ve spánku REM (RBD) jako model pro identifikaci časného biomarkeru pro PD;
5. vývoj inovativního protokolu pro časnou diagnostiku PD založeného na ko-dědičnosti mnoha vzácných škodlivých variant v genech PD;
6. generace indukovaných pluripotentních buněčných linií (iPSC) přeprogramováním PBMC od pacientů s PD a známých zdravých dárců.

Po podepsaném informovaném souhlasu bude u pacientů hodnocena progrese onemocnění (Stadio di Hoehn a Yahr, MDS-UPDRS část III, MOCA test, žádné motorické symptomy, terapie a výskyt LID, onemocnění ve spánku). Každý pacient a kontrola budou podrobeni odběru vzorků periferní krve pro izolaci DNA, plazmy, séra, PBMC. Pro podskupinu pacientů budou indukované pluripotentní kmenové buňky (iPSC) generovány počínaje PBMC.

K identifikaci nových asociovaných vatiantů bude použit přístup sekvenování celého genomu.

Bude naplánována rozsáhlá výpočetní analýza pro mapování SNP na regulační oblasti řídící expresi vybraných genů. Toto úsilí poskytne počáteční znalosti pro návrh asociace mezi konkrétními genomickými SNP a jejich kombinacemi se sporadickou PD. Toto úsilí je zásadní pro pokrok v našem porozumění genetickým kořenům PD a je v souladu s obdobnými probíhajícími mezinárodními studiemi, s nimiž budeme hledat koordinaci. Úspěch tohoto výzkumu poskytne prostředky pro vývoj prediktivního genetického testování a poradenství pro pacienty s PD a jejich rodiny.

Pro zvýšení analýzy výkonu budou analyzována data včetně WES dat kohorty 800 pacientů s PD a 300 zdravých subjektů, které jsou již dostupné na IRCCS INM Neuromed.