PD:n kansallisen biopankin käyttöönotto WGS:llä ja polygeenisen periytymisen toiminnallinen arviointi iPSC-tekniikalla

Projekti on monikeskinen havaintotutkimus. Mukana olevat laitokset ovat:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milano Italia (koordinaattori Operating Unit (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italia (Operating Unit (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Operating Unit (OU3)) Projekti hyödyntää saatavilla on suuri kokoelma PD-näytteitä (~800) PD-näytteitä tutuista ja satunnaisista tapauksista, rekrytoitu IRCCS Neuromediin, jota varten olemme jo keränneet ja tallentaneet kliinisiä tietoja, geneettisiä tietoja sekä DNA:ta, seerumia, plasmaa ja perifeerisen veren mononukleaarisoluja ( PBMC:t) koko tutkimuskohortille.

IRCCS INM Neuromedin toiminta on:

1. kliinisen raportoinnin, näytteiden keräämisen, varastoinnin ja tunnistamisen standardointi keskuksien välillä;
2. 100 PD-potilaan, 30 RBD-potilaan ja 100 terveen koehenkilön (potilaiden vaimot/aviomiehet) rekrytointi näiden potilaiden suunniteltujen avohoitokäyntien aikana;
3. koko genomin sekvensointi (WGS) ja bioinformaattinen analyysi (yhteistyössä OU1:n kanssa) valitulle PD-potilaiden kohortille (200 näytettä), negatiivinen PD-kandidaattigeenien mutaatioille/varianteille;
4. REM-unikäyttäytymishäiriön (RBD) prodromaalisten potilaiden WGS-analyysi mallina PD:n varhaisen biomarkkerin tunnistamiseksi;
5. innovatiivisen protokollan kehittäminen PD-geenien varhaiseen diagnosointiin, joka perustuu useiden harvinaisten haitallisten varianttien periytymiseen PD-geeneissä;
6. indusoitujen pluripotenttien solulinjojen (iPSC) luominen ohjelmoimalla uudelleen PD-potilaiden ja tuttujen terveiden luovuttajien PBMC:itä.

Allekirjoitetun tietoisen suostumuksen jälkeen potilaista arvioidaan taudin eteneminen (Stadio di Hoehn and Yahr, MDS-UPDRS osa III, MOCA-testi, ei motorisia oireita, terapia ja LID-esiintyminen, unikäyttäytymissairaus). Jokaiselle potilaalle ja verrokille otetaan perifeerinen verinäyte DNA:n, plasman, seerumin ja PBMC:n eristämiseksi. Osalle potilaista muodostetaan indusoituja pluripotentteja kantasoluja (iPSC) alkaen PBMC:stä.

Koko genomin sekvensointimenetelmää käytetään uusien assosioituneiden vatanttien tunnistamiseen.

Laaja laskennallinen analyysi suunnitellaan SNP:iden kartoittamiseksi säätelyalueille, jotka kontrolloivat valittujen geenien ilmentymistä. Tämä pyrkimys antaa alustavan tiedon laatia assosiaatio tiettyjen genomisten SNP:iden ja niiden yhdistelmien välillä satunnaisen PD:n kanssa. Tämä pyrkimys on kriittinen edistääksemme ymmärrystämme PD:n geneettisistä juurista ja on linjassa vastaavien meneillään olevien kansainvälisten tutkimusten kanssa, joiden kanssa haetaan koordinointia. Tämän tutkimuksen menestys tarjoaa keinot kehittää ennakoivaa geneettistä testausta ja neuvontaa PD-potilaille ja heidän perheilleen.

Tehon lisäämiseksi analysoidaan dataa, mukaan lukien WES-tiedot 800 PD-potilaan ja 300 terveen henkilön kohortista, jotka ovat jo saatavilla IRCCS INM Neuromedissa.