Implementering av en nasjonal biobank for PD med WGS og funksjonell vurdering av polygen arv av iPSC-teknologi

Prosjektet er en multisentrisk observasjonsstudie. Institusjoner som er involvert er:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milan Italia (koordinator Operativ enhet (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italia (Operating Unit (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Operating Unit (OU3)) Prosjektet drar fordel av tilgjengelighet av en stor samling av PD-prøver (~800) PD fra kjente og sporadiske tilfeller, rekruttert hos IRCCS Neuromed, som vi allerede har samlet inn og lagret klinisk informasjon, genetiske data for, samt DNA, serum, plasma og perifere mononukleære blodceller ( PBMCs) for hele studiekullet.

Aktivitetene til IRCCS INM Neuromed er:

1. standardisering av klinisk rapportering, prøveinnsamling, lagring og identifikasjon mellom sentrene;
2. rekruttering av 100 PD-pasienter, 30 RBD-pasienter og 100 friske personer (pasientenes koner/ektemenn), som skal utføres under de planlagte polikliniske besøkene for disse pasientene;
3. helgenomsekvensering (WGS) og bioinformatisk analyse (i samarbeid med OU1) av en utvalgt kohort av PD-pasienter (200 prøver), negativ for mutasjoner/varianter i PD-kandidatgener;
4. WGS-analyse av REM-søvnatferdsforstyrrelse (RBD) prodromale pasienter som en modell for å identifisere tidlig biomarkør for PD;
5. utvikling av en innovativ protokoll for tidlig diagnose av PD basert på samarving av flere sjeldne skadelige varianter i PD-gener;
6. generering av induserte pluripotente cellelinjer (iPSC) ved å omprogrammere PBMC-er fra PD-pasienter og kjente friske givere.

Etter signert informert samtykke vil pasienter bli vurdert for sykdomsprogresjon (Stadio di Hoehn og Yahr, MDS-UPDRS del III, MOCA-test, ingen motoriske symptomer, terapi og LID-forekomst, søvnadferdssykdom). Hver pasient og kontroll vil bli utsatt for perifer blodprøvetaking for isolering av DNA, plasma, serum, PBMC. For en undergruppe av pasienter vil induserte pluripotente stamceller (iPSC) bli generert fra PBMC.

Helgenomsekvenseringstilnærming vil bli brukt for å identifisere nye assosierte vatianter.

Omfattende beregningsanalyse vil bli planlagt for å kartlegge SNP-ene til regulatoriske regioner som kontrollerer ekspresjonen av utvalgte gener. Denne innsatsen vil gi den første kunnskapen for å tegne sammenhengen mellom spesielle genomiske SNP-er og deres kombinasjoner med sporadisk PD. Denne bestrebelsen er avgjørende for å fremme vår forståelse av de genetiske røttene til PD og er i tråd med analoge pågående internasjonale studier som vil søke koordinering med. Suksessen til denne forskningen vil gi midler for å utvikle prediktiv genetisk testing og rådgivning av pasienter med PD og deres familier.

For å øke kraftanalysen vil data analyseres, inkludert WES-data fra en kohort på 800 PD-pasienter og 300 friske personer som allerede er tilgjengelige ved IRCCS INM Neuromed.