Implementación de un Biobanco Nacional de EP con WGS y Evaluación Funcional de Herencia Poligénica por Tecnología iPSC

El proyecto es un estudio observacional multicéntrico. Las instituciones involucradas son:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milán Italia (unidad operativa coordinadora (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italia (Unidad operativa (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Unidad operativa (OU3)) El proyecto aprovecha la disponibilidad de una gran colección de muestras de PD (~800) PD de casos familiares y esporádicos, reclutados en IRCCS Neuromed, para los cuales ya recopilamos y almacenamos información clínica, datos genéticos, así como células mononucleares de ADN, suero, plasma y sangre periférica ( PBMC) para toda la cohorte del estudio.

Las actividades del IRCCS INM Neuromed son:

1. estandarización del reporte clínico, recolección de muestras, almacenamiento e identificación entre los centros;
2. reclutamiento de 100 pacientes con DP, 30 pacientes con RBD y 100 sujetos sanos (esposas/maridos de los pacientes), que se llevará a cabo durante las visitas ambulatorias programadas para estos pacientes;
3. secuenciación del genoma completo (WGS) y análisis bioinformático (en colaboración con OU1) de una cohorte seleccionada de pacientes con EP (200 muestras), negativos para mutaciones/variantes en genes candidatos para la EP;
4. Análisis WGS de pacientes prodrómicos con trastorno del comportamiento del sueño (RBD) REM como modelo para identificar biomarcadores tempranos para la EP;
5. desarrollo de un protocolo innovador para el diagnóstico temprano de la EP basado en la herencia conjunta de múltiples variantes deletéreas raras en los genes de la EP;
6. generación de líneas celulares pluripotentes inducidas (iPSC) mediante la reprogramación de PBMC de pacientes con EP y donantes sanos familiares.

Después de firmar el consentimiento informado, se evaluará a los pacientes para determinar la progresión de la enfermedad (Stadio di Hoehn and Yahr, MDS-UPDRS parte III, prueba MOCA, sin síntomas motores, terapia y ocurrencia de LID, enfermedad del comportamiento del sueño). Cada paciente y control serán sometidos a muestreo de sangre periférica para el aislamiento de ADN, plasma, suero, PBMC. Para un subconjunto de pacientes, se generarán células madre pluripotentes inducidas (iPSC) a partir de PBMC.

Se utilizará un enfoque de secuenciación del genoma completo para identificar variantes novedosas asociadas.

Se planificará un amplio análisis computacional para asignar los SNP a las regiones reguladoras que controlan la expresión de los genes seleccionados. Este esfuerzo proporcionará el conocimiento inicial para redactar la asociación entre SNP genómicos particulares y sus combinaciones con la enfermedad de Parkinson esporádica. Este esfuerzo es fundamental para avanzar en nuestra comprensión de las raíces genéticas de la EP y está en línea con estudios internacionales en curso análogos con los que buscaremos la coordinación. El éxito de esta investigación proporcionará los medios para desarrollar pruebas genéticas predictivas y asesoramiento para pacientes con EP y sus familias.

Para aumentar la potencia del análisis, se analizarán los datos, incluidos los datos WES de una cohorte de 800 pacientes con EP y 300 sujetos sanos ya disponibles en IRCCS INM Neuromed.