Implementatie van een nationale biobank van PD met WGS en functionele beoordeling van polygene overerving door iPSC-technologie

Het project is een multicentrische observatiestudie. Betrokken instellingen zijn:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milaan Italië (coördinator Operationele Eenheid (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italië (Opererende Eenheid (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Opererende Eenheid (OU3)) Het project profiteert van de beschikbaarheid van een grote verzameling PD-monsters (~800) PD van bekende en sporadische gevallen, gerekruteerd bij IRCCS Neuromed, waarvoor we al klinische informatie, genetische gegevens en DNA, serum, plasma en mononucleaire bloedcellen uit perifeer bloed hebben verzameld en opgeslagen ( PBMC's) voor het gehele studiecohort.

De activiteiten van de IRCCS INM Neuromed zijn:

1. standaardisatie van de klinische rapportering, staalafname, opslag en identificatie tussen de centra;
2. werving van 100 PD-patiënten, 30 RBD-patiënten en 100 gezonde proefpersonen (vrouwen/echtgenoten van patiënten), uit te voeren tijdens de geplande poliklinische bezoeken voor deze patiënten;
3. sequentiebepaling van het gehele genoom (WGS) en bio-informatica-analyse (in samenwerking met OU1) van een geselecteerd cohort van PD-patiënten (200 monsters), negatief voor mutaties/varianten in PD-kandidaatgenen;
4. WGS-analyse van prodromale patiënten met REM-slaapgedragsstoornis (RBD) als een model om vroege biomarker voor PD te identificeren;
5. ontwikkeling van een innovatief protocol voor vroege diagnose van PD op basis van de co-overerving van meerdere zeldzame schadelijke varianten in PD-genen;
6. generatie van geïnduceerde pluripotente cellijnen (iPSC) door PBMC's van PD-patiënten en bekende gezonde donoren te herprogrammeren.

Na ondertekende geïnformeerde toestemming zullen patiënten worden beoordeeld op ziekteprogressie (Stadio di Hoehn en Yahr, MDS-UPDRS deel III, MOCA-test, geen motorische symptomen, therapie en LID-optreden, slaapgedragsziekte). Elke patiënt en controle zal worden onderworpen aan perifere bloedmonsters voor de isolatie van DNA, plasma, serum, PBMC. Voor een subset van patiënten zullen geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC) worden gegenereerd uitgaande van PBMC.

De sequentiebepalingsbenadering van het hele genoom zal worden gebruikt om nieuwe geassocieerde varianten te identificeren.

Uitgebreide computationele analyse zal worden gepland om de SNP's in kaart te brengen in regulerende regio's die de expressie van geselecteerde genen regelen. Deze inspanning zal de eerste kennis opleveren om de associatie op te stellen tussen bepaalde genomische SNP's en hun combinaties met sporadische PD. Dit streven is van cruciaal belang om ons begrip van de genetische wortels van PD te vergroten en is in overeenstemming met analoge lopende internationale onderzoeken waarmee coördinatie zal worden gezocht. Het succes van dit onderzoek zal de middelen verschaffen voor het ontwikkelen van voorspellende genetische tests en counseling van patiënten met de ziekte van Parkinson en hun families.

Om het vermogen te vergroten, zullen analysegegevens worden geanalyseerd, waaronder WES-gegevens van een cohort van 800 PD-patiënten en 300 gezonde proefpersonen die al beschikbaar zijn bij IRCCS INM Neuromed.