Implementering af en national biobank for PD med WGS og funktionel vurdering af polygen arv ved iPSC-teknologi

Projektet er et multicentrisk observationsstudie. De involverede institutioner er:

IRCCS Hospital San Raffaele, Milano Italien (koordinator Operating Unit (OU1)) IRCCS INM Neuromed, Pozzilli, (IS) Italien (Operating Unit (OU2)) IRCCS San Raffaele Roma, (Operating Unit (OU3)) Projektet drager fordel af tilgængelighed af en stor samling af PD-prøver (~800) PD fra kendte og sporadiske tilfælde, rekrutteret hos IRCCS Neuromed, for hvilke vi allerede har indsamlet og opbevaret klinisk information, genetiske data samt DNA, serum, plasma og mononukleære celler fra perifert blod ( PBMC'er) for hele studiekohorten.

Aktiviteterne i IRCCS INM Neuromed er:

1. standardisering af den kliniske rapportering, prøveindsamling, opbevaring og identifikation mellem centrene;
2. rekruttering af 100 PD-patienter, 30 RBD-patienter og 100 raske forsøgspersoner (patienters hustruer/mænd), som skal udføres under de planlagte ambulante besøg for disse patienter;
3. helgenomsekventering (WGS) og bioinformatisk analyse (i samarbejde med OU1) af en udvalgt kohorte af PD-patienter (200 prøver), negativ for mutationer/varianter i PD-kandidatgener;
4. WGS-analyse af REM-søvnadfærdsforstyrrelse (RBD) prodromale patienter som en model til at identificere tidlig biomarkør for PD;
5. udvikling af en innovativ protokol til tidlig diagnose af PD baseret på co-arvning af flere sjældne skadelige varianter i PD-gener;
6. generering af inducerede pluripotente cellelinjer (iPSC) ved at omprogrammere PBMC'er fra PD-patienter og velkendte raske donorer.

Efter underskrevet informeret samtykke vil patienter blive vurderet for sygdomsprogression (Stadio di Hoehn og Yahr, MDS-UPDRS del III, MOCA-test, ingen motoriske symptomer, terapi og LID-forekomst, søvnadfærdssygdom). Hver patient og kontrol vil blive udsat for perifer blodprøve til isolering af DNA, plasma, serum, PBMC. For en undergruppe af patienter vil inducerede pluripotente stamceller (iPSC) blive genereret med udgangspunkt i PBMC.

Helgenomsekventeringstilgang vil blive brugt til at identificere nye associerede vatianter.

Omfattende beregningsanalyse vil blive planlagt for at kortlægge SNP'erne til regulatoriske regioner, der kontrollerer ekspressionen af ​​udvalgte gener. Denne indsats vil give den indledende viden til at tegne sammenhængen mellem særlige genomiske SNP'er og deres kombinationer med sporadisk PD. Denne bestræbelse er afgørende for at fremme vores forståelse af de genetiske rødder af PD og er i tråd med analoge igangværende internationale undersøgelser, som vil søge koordinering med. Succesen med denne forskning vil give midlerne til at udvikle prædiktiv genetisk testning og rådgivning af patienter med PD og deres familier.

For at øge effektanalysen vil data blive analyseret, herunder WES-data fra en kohorte på 800 PD-patienter og 300 raske forsøgspersoner, der allerede er tilgængelige på IRCCS INM Neuromed.